PDB-8ssg: Minimal protein-only/RNA-free Ribonuclease P from Hydrogenobacter...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ssg

タイトル

Minimal protein-only/RNA-free Ribonuclease P from Hydrogenobacter thermophilus

要素

RNA-free ribonuclease P

キーワード

HYDROLASE / RNA-free ribonuclease P / Nuclease

機能・相同性

RNA-free ribonuclease P / PINc domain ribonuclease / ribonuclease P / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / PIN-like domain superfamily / RNA-free ribonuclease P

機能・相同性情報

生物種

Hydrogenobacter thermophilus TK-6 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Mendoza, J. / Wilhelm, C.A. / Mallik, L. / Koutmos, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Bacterial RNA-free RNase P: Structural and functional characterization of multiple oligomeric forms of a minimal protein-only ribonuclease P.
著者: Wilhelm, C.A. / Mallik, L. / Kelly, A.L. / Brotzman, S. / Mendoza, J. / Anders, A.G. / Leskaj, S. / Castillo, C. / Ruotolo, B.T. / Cianfrocco, M.A. / Koutmos, M.

履歴

登録	2023年5月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年10月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ssg.cif.gz	268.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ssg.ent.gz	211.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ssg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/8ssg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/8ssg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ssfC 7f3eS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#260 - 2021年8月リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P) 類似性 (1) #3 - 2000年3月 DNAポリメラーゼ (DNA Polymerase) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA-free ribonuclease P

B: RNA-free ribonuclease P

C: RNA-free ribonuclease P

D: RNA-free ribonuclease P

E: RNA-free ribonuclease P

F: RNA-free ribonuclease P

G: RNA-free ribonuclease P

157 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RNA-free ribonuclease P

B: RNA-free ribonuclease P

C: RNA-free ribonuclease P

D: RNA-free ribonuclease P

E: RNA-free ribonuclease P

F: RNA-free ribonuclease P

G: RNA-free ribonuclease P

A: RNA-free ribonuclease P

B: RNA-free ribonuclease P

C: RNA-free ribonuclease P

D: RNA-free ribonuclease P

E: RNA-free ribonuclease P

F: RNA-free ribonuclease P

G: RNA-free ribonuclease P

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, mass spectrometry
315 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	102.317, 113.764, 155.306
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	THR	THR	1 - 190	1 - 190
2	1	1	THR	THR	1 - 190	1 - 190
3	2	2	THR	THR	1 - 190	1 - 190
4	2	2	THR	THR	1 - 190	1 - 190
5	3	3	THR	THR	1 - 190	1 - 190
6	3	3	THR	THR	1 - 190	1 - 190
7	4	4	THR	THR	1 - 190	1 - 190
8	4	4	THR	THR	1 - 190	1 - 190
9	5	5	LEU	LEU	1 - 189	1 - 189
10	5	5	LEU	LEU	1 - 189	1 - 189
11	6	6	THR	THR	1 - 190	1 - 190
12	6	6	THR	THR	1 - 190	1 - 190
13	7	7	THR	THR	1 - 190	1 - 190
14	7	7	THR	THR	1 - 190	1 - 190
15	8	8	THR	THR	1 - 190	1 - 190
16	8	8	THR	THR	1 - 190	1 - 190
17	9	9	THR	THR	1 - 190	1 - 190
18	9	9	THR	THR	1 - 190	1 - 190
19	10	10	LEU	LEU	1 - 189	1 - 189
20	10	10	LEU	LEU	1 - 189	1 - 189
21	11	11	THR	THR	1 - 190	1 - 190
22	11	11	THR	THR	1 - 190	1 - 190
23	12	12	THR	THR	1 - 190	1 - 190
24	12	12	THR	THR	1 - 190	1 - 190
25	13	13	THR	THR	1 - 190	1 - 190
26	13	13	THR	THR	1 - 190	1 - 190
27	14	14	LEU	LEU	1 - 189	1 - 189
28	14	14	LEU	LEU	1 - 189	1 - 189
29	15	15	THR	THR	1 - 190	1 - 190
30	15	15	THR	THR	1 - 190	1 - 190
31	16	16	THR	THR	1 - 190	1 - 190
32	16	16	THR	THR	1 - 190	1 - 190
33	17	17	LEU	LEU	1 - 189	1 - 189
34	17	17	LEU	LEU	1 - 189	1 - 189
35	18	18	THR	THR	1 - 190	1 - 190
36	18	18	THR	THR	1 - 190	1 - 190
37	19	19	LEU	LEU	1 - 189	1 - 189
38	19	19	LEU	LEU	1 - 189	1 - 189
39	20	20	THR	THR	1 - 190	1 - 190
40	20	20	THR	THR	1 - 190	1 - 190
41	21	21	LEU	LEU	1 - 189	1 - 189
42	21	21	LEU	LEU	1 - 189	1 - 189

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Global NCS restraints between domains: 1 2
2	Global NCS restraints between domains: 3 4
3	Global NCS restraints between domains: 5 6
4	Global NCS restraints between domains: 7 8
5	Global NCS restraints between domains: 9 10
6	Global NCS restraints between domains: 11 12
7	Global NCS restraints between domains: 13 14
8	Global NCS restraints between domains: 15 16
9	Global NCS restraints between domains: 17 18
10	Global NCS restraints between domains: 19 20
11	Global NCS restraints between domains: 21 22
12	Global NCS restraints between domains: 23 24
13	Global NCS restraints between domains: 25 26
14	Global NCS restraints between domains: 27 28
15	Global NCS restraints between domains: 29 30
16	Global NCS restraints between domains: 31 32
17	Global NCS restraints between domains: 33 34
18	Global NCS restraints between domains: 35 36
19	Global NCS restraints between domains: 37 38
20	Global NCS restraints between domains: 39 40
21	Global NCS restraints between domains: 41 42

#1: タンパク質	RNA-free ribonuclease P / RNA-free RNase P / Protein-only RNase P 分子量: 22482.750 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Hydrogenobacter thermophilus TK-6 (バクテリア) 遺伝子: HTH_1307 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D3DIV8, ribonuclease P
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.17 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 1.0 M Sodium Malonate, pH 5.0, 0.1 M Sodium Acetate trihydrate, pH 4.5, 2% (w/v) polyethylene glycol 20,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03317 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月1日
放射	モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03317 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→29.84 Å / Num. obs: 30570 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.116 / R_pim(I) all: 0.071 / R_rim(I) all: 0.137 / Net I/σ(I): 12.1
反射シェル	解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 1.799 / Num. unique obs: 4394 / CC_1/2: 0.43 / R_pim(I) all: 1.082 / R_rim(I) all: 2.104

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0411	精密化
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
DIALS		data processing
DIALS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7f3e

7f3e

解像度: 3.2→29.739 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / WR_factor R_free: 0.237 / WR_factor R_work: 0.187 / SU B: 26.21 / SU ML: 0.42 / Average fsc free: 0.9474 / Average fsc work: 0.9639 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.479
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2485	1524	4.991 %
R_work	0.1977	29011	-
all	0.2	-	-
obs	-	30535	99.81 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 120.427 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.565 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	2.988 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.423 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→29.739 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10010	0	0	30	10040

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	10337
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.076	1.642	13980
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.761	5	1221
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	18.126	5	90
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.443	10	1858
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.617	10	523
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.121	0.2	1539
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	7734
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.24	0.2	4278
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.314	0.2	7112
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.132	0.2	127
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.385	0.2	165
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.418	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	11.399	11.296	4899
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	17.283	20.268	6112
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	13.845	12.43	5438
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	21.133	22.26	7867
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	27.129	141.001	42291

Refine LS restraints NCS

Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: tight positional; tight thermal / Weight B_iso : 1.22473 / Weight position: 0.12247

Ens-ID	Dom-ID	Rms dev B_iso (Å²)	Rms dev position (Å)
1	1	10.95822	0.34122
1	2	10.95822	0.34122
2	3	13.67154	0.34916
2	4	13.67154	0.34916
3	5	12.88279	0.3042
3	6	12.88279	0.3042
4	7	17.3273	0.29238
4	8	17.3273	0.29238
5	9	13.63768	0.3277
5	10	13.63768	0.3277
6	11	17.8465	0.32311
6	12	17.8465	0.32311
7	13	13.71123	0.33725
7	14	13.71123	0.33725
8	15	13.14204	0.30727
8	16	13.14204	0.30727
9	17	18.21043	0.56052
9	18	18.21043	0.56052
10	19	13.98162	0.52818
10	20	13.98162	0.52818
11	21	18.7327	0.46269
11	22	18.7327	0.46269
12	23	14.38642	0.31856
12	24	14.38642	0.31856
13	25	15.94415	0.39887
13	26	15.94415	0.39887
14	27	13.5128	0.40712
14	28	13.5128	0.40712
15	29	16.30374	0.44679
15	30	16.30374	0.44679
16	31	18.41926	0.29683
16	32	18.41926	0.29683
17	33	15.21738	0.3012
17	34	15.21738	0.3012
18	35	20.01345	0.32021
18	36	20.01345	0.32021
19	37	12.30866	0.30147
19	38	12.30866	0.30147
20	39	12.53832	0.29575
20	40	12.53832	0.29575
21	41	13.92311	0.33239
21	42	13.92311	0.33239

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.2-3.282	0.353	109	0.346	2065	0.346	2174	0.87	0.903	100	0.347
3.282-3.371	0.355	102	0.316	2053	0.318	2155	0.901	0.92	100	0.316
3.371-3.467	0.285	95	0.282	2001	0.282	2096	0.939	0.941	100	0.272
3.467-3.573	0.288	100	0.231	1934	0.234	2034	0.95	0.962	100	0.217
3.573-3.688	0.3	104	0.221	1855	0.225	1959	0.944	0.966	100	0.207
3.688-3.815	0.279	87	0.209	1844	0.212	1931	0.95	0.971	100	0.189
3.815-3.957	0.295	77	0.204	1774	0.207	1851	0.936	0.973	100	0.184
3.957-4.115	0.226	78	0.188	1692	0.19	1770	0.963	0.976	100	0.167
4.115-4.295	0.22	81	0.163	1631	0.166	1713	0.967	0.983	99.9416	0.147
4.295-4.5	0.258	80	0.17	1570	0.174	1651	0.959	0.982	99.9394	0.15
4.5-4.737	0.18	83	0.16	1486	0.161	1569	0.977	0.985	100	0.145
4.737-5.016	0.26	74	0.171	1423	0.176	1497	0.958	0.981	100	0.157
5.016-5.352	0.206	81	0.179	1325	0.18	1406	0.973	0.98	100	0.164
5.352-5.765	0.229	71	0.159	1245	0.163	1316	0.974	0.984	100	0.143
5.765-6.292	0.264	70	0.2	1152	0.203	1222	0.953	0.976	100	0.18
6.292-6.995	0.287	65	0.214	1062	0.218	1127	0.949	0.973	100	0.196
6.995-8.004	0.238	52	0.187	953	0.189	1006	0.971	0.978	99.9006	0.182
8.004-9.63	0.22	41	0.163	830	0.165	871	0.976	0.983	100	0.17
9.63-12.957	0.221	44	0.171	671	0.174	715	0.971	0.982	100	0.195
12.957-29.739	0.269	30	0.304	445	0.301	476	0.939	0.932	99.7899	0.333

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