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万見
- PDB-8ssf: Minimal protein-only/RNA-free Ribonuclease P from Hydrogenobacter... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ssf
タイトルMinimal protein-only/RNA-free Ribonuclease P from Hydrogenobacter thermophilus
要素RNA-free ribonuclease P
キーワードHYDROLASE / RNA-free ribonuclease P / Nuclease / RNA Binding Protein
機能・相同性RNA-free ribonuclease P / PINc domain ribonuclease / ribonuclease P / ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / PIN-like domain superfamily / RNA-free ribonuclease P
機能・相同性情報
生物種Hydrogenobacter thermophilus TK-6 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Mendoza, J. / Mallik, L. / Wilhelm, C.A. / Koutmos, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)117141 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Bacterial RNA-free RNase P: Structural and functional characterization of multiple oligomeric forms of a minimal protein-only ribonuclease P.
著者: Wilhelm, C.A. / Mallik, L. / Kelly, A.L. / Brotzman, S. / Mendoza, J. / Anders, A.G. / Leskaj, S. / Castillo, C. / Ruotolo, B.T. / Cianfrocco, M.A. / Koutmos, M.
履歴
登録2023年5月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-free ribonuclease P
B: RNA-free ribonuclease P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2545
ポリマ－44,9662
非ポリマー2883
水75742
1
A: RNA-free ribonuclease P
B: RNA-free ribonuclease P
ヘテロ分子

A: RNA-free ribonuclease P
B: RNA-free ribonuclease P
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,50710
ポリマ－89,9314
非ポリマー5766
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area9890 Å2
ΔGint-153 kcal/mol
Surface area31620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.579, 109.214, 106.152
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-305-

HOH

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要素

#1: タンパク質 RNA-free ribonuclease P / RNA-free RNase P / Protein-only RNase P


分子量: 22482.750 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hydrogenobacter thermophilus TK-6 (バクテリア)
遺伝子: HTH_1307 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D3DIV8, ribonuclease P
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03317 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月1日
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03317 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→69.72 Å / Num. obs: 18589 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.6 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.304 / Rpim(I) all: 0.111 / Rrim(I) all: 0.324 / Χ2: 0.84 / Net I/σ(I): 6.3 / Num. measured all: 159064
反射 シェル解像度: 2.5→2.6 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 4.001 / Num. measured all: 18292 / Num. unique obs: 2076 / CC1/2: 0.434 / Rpim(I) all: 1.443 / Rrim(I) all: 4.26 / Χ2: 0.73 / Net I/σ(I) obs: 1.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0403精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7F3E

7f3e


解像度: 2.5→69.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 13.139 / SU ML: 0.256 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.365 / ESU R Free: 0.255 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THEIR RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 964 5.193 %
Rwork0.2 --
obs-18563 100 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.9 Å / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 70.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.538 Å20 Å20 Å2
2---0.474 Å20 Å2
3----5.063 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→69.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2897 0 15 42 2954
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0122977
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0162853
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.91.6454021
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.571.5696554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3865350
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg9.306526
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.9910539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2445
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023442
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02710
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.2579
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2260.264
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.21434
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1320.236
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it9.0976.261406
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other9.0896.2591406
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it11.46711.2981751
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other11.46711.3011752
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it13.2317.6531571
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other13.2127.6441560
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it18.36513.5062269
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other18.31113.4832252
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.57 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 81 -
Rwork0.359 1269 -
obs--99.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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