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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ssd | ||||||
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タイトル | Methionine synthase, C-terminal fragment, Cobalamin and Reactivation Domains from Thermus thermophilus HB8 | ||||||
要素 | Methionine synthase5-メチルテトラヒドロ葉酸-ホモシステインメチルトランスフェラーゼ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Methyl transferase (メチルトランスフェラーゼ) / cobalamin-dependent / methionine synthase (5-メチルテトラヒドロ葉酸-ホモシステインメチルトランスフェラーゼ) / cobalamin binding (コバラミン) / one-carbon metabolism | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 5-メチルテトラヒドロ葉酸-ホモシステインメチルトランスフェラーゼ / methionine synthase activity / homocysteine metabolic process / cobalamin binding / tetrahydrofolate metabolic process / メチル化 / zinc ion binding / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Yamada, K. / Mendoza, J. / Koutmos, M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structure of full-length cobalamin-dependent methionine synthase and cofactor loading captured in crystallo. 著者: Mendoza, J. / Purchal, M. / Yamada, K. / Koutmos, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ssd.cif.gz | 313.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ssd.ent.gz | 252.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ssd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/8ssd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ss/8ssd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8sscC 8sseC 3bulS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 58605.441 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (サーマス・サーモフィルス) 遺伝子: TTHA0618 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q5SKM5, 5-メチルテトラヒドロ葉酸-ホモシステインメチルトランスフェラーゼ #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.51 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1 M Sodium Acetate, pH 4.6, 2 M Sodium Formate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å | ||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月22日 詳細: K-B pair of biomorph mirrors for vertical and horizontal focusing, with two horizontally deflecting mirrors | ||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.033 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 2.4→40.55 Å / Num. obs: 76051 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.4 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.177 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.187 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 711608 | ||||||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.45 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.903 / Num. measured all: 42258 / Num. unique obs: 4396 / CC1/2: 0.667 / Rpim(I) all: 0.306 / Rrim(I) all: 0.954 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I) obs: 2.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3BUL 解像度: 2.4→39.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.863 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.829 / SU B: 8.23 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.065 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THEIR RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.88 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→39.85 Å
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拘束条件 |
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