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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8sr2 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | particulate methane monooxygenase incubated with 4,4,4-trifluorobutanol | |||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | OXIDOREDUCTASE / metalloenzyme / membrane protein / nanodiscs | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 methane monooxygenase (particulate) / methane monooxygenase (soluble) / : / : / monooxygenase activity / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Methylococcus capsulatus str. Bath (バクテリア) | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.36 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Tucci, F.J. / Rosenzweig, A.C. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 6件
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引用 | ジャーナル: Nat Catal / 年: 2023 タイトル: Product analogue binding identifies the copper active site of particulate methane monooyxgenase 著者: Tucci, F.J. / Jodts, R.J. / Hoffman, B.M. / Rosenzweig, A.C. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8sr2.cif.gz | 706.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8sr2.ent.gz | 571.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8sr2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/8sr2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sr/8sr2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 40718MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Particulate methane monooxygenase ... , 2種, 6分子 AEIBJF
#1: タンパク質 | 分子量: 46129.746 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Methylococcus capsulatus str. Bath (バクテリア) 株: Bath 参照: UniProt: G1UBD1, methane monooxygenase (particulate) #2: タンパク質 | 分子量: 28445.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Methylococcus capsulatus str. Bath (バクテリア) 株: Bath 参照: UniProt: Q607G3, methane monooxygenase (particulate) |
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-タンパク質 , 1種, 3分子 CGK
#3: タンパク質 | 分子量: 29839.309 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Methylococcus capsulatus str. Bath (バクテリア) 株: Bath / 参照: UniProt: Q603F1, methane monooxygenase (soluble) |
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-非ポリマー , 7種, 467分子
#4: 化合物 | ChemComp-CU / #5: 化合物 | ChemComp-D10 / #6: 化合物 | ChemComp-PLC / #7: 化合物 | ChemComp-P1O / #8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-HXG / #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: particulate methane monooxygenase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1, #3 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 337.11 kDa/nm / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Methylococcus capsulatus str. Bath (バクテリア) |
緩衝液 | pH: 7.3 |
試料 | 濃度: 5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: OTHER / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm |
撮影 | 電子線照射量: 52.57 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 2.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 615783 / 対称性のタイプ: POINT |