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万見
- PDB-8sqx: Solution structure of the basal pilin SpaB from Corynebacterium d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sqx
タイトルSolution structure of the basal pilin SpaB from Corynebacterium diphtheriae
要素Putative surface anchored protein
キーワードCELL ADHESION / Pilin / Basal / Minor / Isopeptide
機能・相同性carbohydrate metabolic process / Immunoglobulin-like fold / membrane / Surface anchored protein
機能・相同性情報
生物種Corynebacterium diphtheriae NCTC 13129 (ジフテリア菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Sue, C.K. / Mahoney, B.J. / Cheung, N.A. / Clubb, R.T.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI52217 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM007185 米国
引用ジャーナル: Biopolymers / 年: 2024
タイトル: The basal and major pilins in the Corynebacterium diphtheriae SpaA pilus adopt similar structures that competitively react with the pilin polymerase.
著者: Sue, C.K. / Cheung, N.A. / Mahoney, B.J. / McConnell, S.A. / Scully, J.M. / Fu, J.Y. / Chang, C. / Ton-That, H. / Loo, J.A. / Clubb, R.T.
履歴
登録2023年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.year
改定 1.32024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative surface anchored protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6051
ポリマ－13,6051
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, NMR relaxation study
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Putative surface anchored protein


分子量: 13605.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Corynebacterium diphtheriae NCTC 13129 (ジフテリア菌)
遺伝子: DIP2011 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6NF83

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic13D HN(CA)CB
151isotropic13D CBCA(CO)NH
1101isotropic13D HNCO
191isotropic13D HBHA(CO)NH
181isotropic13D HNHA
171isotropic13D HNHB
161isotropic23D H(CCO)NH
1132isotropic23D (H)CCH-COSY
1122isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1111isotropic13D 1H-15N TOCSY
1161isotropic23D 1H-15N NOESY
1152isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
1141isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.2 mM [U-13C; U-15N] SpaB, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.01 % sodium azide, 93% H2O/7% D2OSpaB_h2o93% H2O/7% D2O
solution21.2 mM [U-13C; U-15N] SpaB, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 0.01 % sodium azide, 100% D2OSpaB_d2o100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.2 mMSpaB[U-13C; U-15N]1
50 mMsodium phosphatenatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
0.01 %sodium azidenatural abundance1
1.2 mMSpaB[U-13C; U-15N]2
50 mMsodium phosphatenatural abundance2
100 mMsodium chloridenatural abundance2
0.01 %sodium azidenatural abundance2
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: SpaB_conditions / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE III HDBrukerAVANCE III HD6001
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH3.6Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIH3.6Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
CARA1.9.1.7Keller and Wuthrichchemical shift assignment
Xipp1.21.7Dan Garrettchemical shift assignment
Xipp1.21.7Dan Garrettpeak picking
UNIOTorsten Herrmannstructure calculation
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRFAM-SPARKYNational Magnetic Resonance Facility at Madison (Wisconsin)データ解析
TALOS-NCornilescu, Delaglio and Baxgeometry optimization
PROCHECK / PROCHECK-NMRLaskowski, MacArthur, Smith, Jones, Hutchinson, Morris, Moss and Thornton精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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