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- PDB-8sqr: Crystal Structure of Bacterioferritin (Bfr) from Brucella abortus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sqr
タイトルCrystal Structure of Bacterioferritin (Bfr) from Brucella abortus (iron bound, F16L mutant)
要素Bacterioferritin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


ferroxidase / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / intracellular iron ion homeostasis
類似検索 - 分子機能
Bacterioferritin signature. / Bacterioferritin / Ferritin-like diiron domain / Ferritin-like diiron domain profile. / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Bacterioferritin
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella abortus 2308 (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700059C 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD030394 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of Bacterioferritin (Bfr) from Brucella abortus (iron bound, F16L mutant)
著者: Lovell, S. / Liu, L. / Battaile, K.P.
履歴
登録2023年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacterioferritin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,27616
ポリマ－18,8561
非ポリマー1,42015
水2,198122
1
A: Bacterioferritin
ヘテロ分子
x 24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)486,629384
ポリマ－452,54824
非ポリマー34,081360
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation7_555-z,-x,y1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation10_555-y,z,-x1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
crystal symmetry operation13_555y,x,-z1
crystal symmetry operation14_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation15_555y,-x,z1
crystal symmetry operation16_555-y,x,z1
crystal symmetry operation17_555x,z,-y1
crystal symmetry operation18_555-x,z,y1
crystal symmetry operation19_555-x,-z,-y1
crystal symmetry operation20_555x,-z,y1
crystal symmetry operation21_555z,y,-x1
crystal symmetry operation22_555z,-y,x1
crystal symmetry operation23_555-z,y,x1
crystal symmetry operation24_555-z,-y,-x1
Buried area121760 Å2
ΔGint-3352 kcal/mol
Surface area126680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.032, 113.032, 113.032
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number207
Space group name H-MP432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-201-

MG

21A-204-

SO4

31A-204-

SO4

41A-205-

CL

51A-214-

HEM

61A-321-

HOH

71A-352-

HOH

81A-402-

HOH

91A-418-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Bacterioferritin


分子量: 18856.180 Da / 分子数: 1 / 変異: F16L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brucella abortus 2308 (ウシ流産菌)
遺伝子: bfr, BAB2_0675 / プラスミド: BrabA.00028.a.A1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2YKI4, ferroxidase

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非ポリマー , 8種, 137分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 21% MPD, 0.4M MgCl2, 0.1M Ac pH 4.6, BrabA.00028.a.A1.PW39164 at 10 mg/mL. Plate: Liu-S-066, well G9, 2. Puck: PSL-1801, Cryo: 35% MPD + crystallant. 5 minute soak in 25 mM ferrous ammonium sulfate in cryo
PH範囲: '

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月14日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→46.15 Å / Num. obs: 30324 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 58.1 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.167 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.168 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 22.8 / Num. measured all: 1761720
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 60.9 % / Rmerge(I) obs: 3.939 / Num. measured all: 95600 / Num. unique obs: 1571 / CC1/2: 0.728 / Rpim(I) all: 0.507 / Rrim(I) all: 3.972 / Χ2: 0.98 / Net I/σ(I) obs: 1.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.21rc1_4933: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→32.63 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.31 / 位相誤差: 20.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1862 1488 4.91 %
Rwork0.1731 --
obs0.1738 30307 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→32.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1271 0 75 122 1468
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081424
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9021946
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.035530
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041199
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008253
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.70.29121200.26752572X-RAY DIFFRACTION100
1.7-1.760.24741450.25152558X-RAY DIFFRACTION100
1.76-1.830.24971240.21332562X-RAY DIFFRACTION100
1.84-1.920.21621410.19262566X-RAY DIFFRACTION100
1.92-2.020.1881440.18672578X-RAY DIFFRACTION100
2.02-2.150.20221350.17662562X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.310.19371290.15742617X-RAY DIFFRACTION100
2.31-2.540.17931340.15992608X-RAY DIFFRACTION100
2.54-2.910.161400.15822643X-RAY DIFFRACTION100
2.91-3.670.20261280.16172692X-RAY DIFFRACTION100
3.67-32.630.16471480.17262861X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0961-4.4908-3.24737.77535.63854.3083-0.1505-0.0431-0.08420.25910.08270.20350.117-0.00890.1510.18440.0453-0.01650.17770.01610.146332.556530.27296.4817
22.2114-3.0724-2.10974.51163.79342.8206-0.0180.01510.02040.14770.00720.0084-0.04310.00270.01520.2111-0.00620.02280.1820.01940.186141.441526.271115.2952
31.8201-0.74161.11466.81782.50682.8605-0.17220.31780.0906-0.0756-0.06240.253-0.1057-0.15930.25660.1455-0.01360.03310.18460.01260.127343.98036.7031-2.0172
41.1392-3.2626-2.72398.14336.74365.59730.079-0.04560.0715-0.0477-0.0065-0.0877-0.14950.0149-0.10750.22910.02580.00890.196-0.00140.192738.269732.91426.9185
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 36 through 74 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 75 through 144 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 145 through 159 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1 through 35 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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