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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8sqp | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Bacterioferritin (Bfr) from Brucella abortus (Apo, F16L mutant) | |||||||||
要素 | Bacterioferritin | |||||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / ferric iron binding / iron ion transport / heme binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Brucella abortus 2308 (ウシ流産菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å | |||||||||
データ登録者 | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Crystal Structure of Bacterioferritin (Bfr) from Brucella abortus (Apo, F16L mutant) 著者: Lovell, S. / Liu, L. / Battaile, K.P. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8sqp.cif.gz | 82.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8sqp.ent.gz | 60.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8sqp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8sqp_validation.pdf.gz | 775.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8sqp_full_validation.pdf.gz | 775.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8sqp_validation.xml.gz | 8.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8sqp_validation.cif.gz | 10.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sq/8sqp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sq/8sqp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 24||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18856.180 Da / 分子数: 1 / 変異: F16L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Brucella abortus 2308 (ウシ流産菌) 遺伝子: bfr, BAB2_0675 / プラスミド: BrabA.00028.a.A1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2YKI4, ferroxidase | ||||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CA / | #4: 化合物 | ChemComp-HEM / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.45 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: Berkeley screen condition H3: 20% (w/v) PEG 3350, 100 mM Calcium chloride. BrabA.00028.a.A1.PW39164 at 10 mg/mL. Plate: 13090, well C3 drop 2. Puck: PSL-1806, Cryo: 30% PEG 3350 + crystallant PH範囲: ' |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月14日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→45.75 Å / Num. obs: 15708 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 39.2 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.102 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 28.2 / Num. measured all: 615703 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.11 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 41.8 % / Rmerge(I) obs: 3.359 / Num. measured all: 49707 / Num. unique obs: 1190 / CC1/2: 0.661 / Rpim(I) all: 0.523 / Rrim(I) all: 3.4 / Χ2: 0.97 / Net I/σ(I) obs: 1.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.05→31.08 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.27 / 位相誤差: 24.27 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.05→31.08 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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