PDB-8sqm: Cleaved Ycf1p Monomer in the IFwide-alpha conformation

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8sqm

タイトル

Cleaved Ycf1p Monomer in the IFwide-alpha conformation

要素

Metal resistance protein YCF1
Unknown peptide from Ycf1p R region

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / ABC transporter

機能・相同性

機能・相同性情報

ABC-type Cd2+ transporter / ABC-type cadmium transporter activity / Recycling of bile acids and salts / Heme degradation / Aspirin ADME / Atorvastatin ADME / Paracetamol ADME / P-type cadmium transporter activity / bilirubin transmembrane transporter activity / bilirubin transport ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å

データ登録者

Bickers, S.C. / Benlekbir, S. / Rubinstein, J.L. / Kanelis, V.

資金援助

カナダ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a dimeric ABC transporter
著者: Bickers, S.C. / Benlekbir, S. / Rubinstein, J.L. / Kanelis, V.

履歴

登録	2023年5月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年5月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8sqm.cif.gz	242.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8sqm.ent.gz	183.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8sqm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8sqm_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8sqm_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	8sqm_validation.xml.gz	43.2 KB	表示
CIF形式データ	8sqm_validation.cif.gz	63.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sq/8sqm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sq/8sqm	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	40710MC 40692C 8sq0C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (9) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (9) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Metal resistance protein YCF1

B: Unknown peptide from Ycf1p R region

ヘテロ分子

176 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

#1: タンパク質	Metal resistance protein YCF1 / ABC-type Cd(2+) transporter / ABC-type glutathione-S-conjugate transporter / Yeast cadmium factor 1 分子量: 174024.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: YCF1, YDR135C, YD9302.11C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P39109, ABC-type Cd2+ transporter, ABC-type glutathione-S-conjugate transporter
#2: タンパク質・ペプチド	Unknown peptide from Ycf1p R region 分子量: 1209.482 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-8PE / (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradecanoyloxy)propyl octadecanoate / 3-SN-PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE 分子量: 691.959 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₇H₇₄NO₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

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実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素	名称: Cleaved Ycf1p IFwide-alpha monomer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
由来(組換発現)	生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液	pH: 8
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影	電子線照射量: 46 e/Å² フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

CTF補正	タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択	選択した粒子像数: 76300
3次元再構成	解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 76300 / 対称性のタイプ: POINT

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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