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- PDB-8sqf: OXA-48 bound to inhibitor CDD-2725 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sqf
タイトルOXA-48 bound to inhibitor CDD-2725
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / carbapenemase / beta-lactamase / small molecule / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


penicillin binding / antibiotic catabolic process / cell wall organization / beta-lactamase / beta-lactamase activity / response to antibiotic / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-D active site / Beta-lactamase class-D active site. / : / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
BICARBONATE ION / Chem-WIP / Beta-lactamase OXA-48
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Park, S. / Judge, A. / Fan, J. / Sankaran, B. / Prasad, B.V.V. / Palzkill, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI143832 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2024
タイトル: Exploiting the Carboxylate-Binding Pocket of beta-Lactamase Enzymes Using a Focused DNA-Encoded Chemical Library.
著者: Park, S. / Fan, J. / Chamakuri, S. / Palaniappan, M. / Sharma, K. / Qin, X. / Wang, J. / Tan, Z. / Judge, A. / Hu, L. / Sankaran, B. / Li, F. / Prasad, B.V.V. / Matzuk, M.M. / Palzkill, T.
履歴
登録2023年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Beta-lactamase
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7306
ポリマ－60,8792
非ポリマー8514
水4,053225
1
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8653
ポリマ－30,4401
非ポリマー4252
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,8653
ポリマ－30,4401
非ポリマー4252
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)123.083, 123.083, 161.759
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-498-

HOH

21B-508-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 30439.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: OXA-48 Beta-lactamase / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: bla OXA-48 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6XEC0
#2: 化合物 ChemComp-WIP / (1M)-3'-(benzyloxy)-5-hydroxy[1,1'-biphenyl]-3,4'-dicarboxylic acid


分子量: 364.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H16O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.83 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 25% (v/v) PEG 550 MME, 0.1 M TRIS-HCl pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2022年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→33.8 Å / Num. obs: 56843 / % possible obs: 87.2 % / 冗長度: 16 % / Biso Wilson estimate: 28.59 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.43 Å / 冗長度: 16.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 7479 / CC1/2: 0.976 / % possible all: 80.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
MOSFLM7.4.0データ削減
SCALA3.2.2データスケーリング
PHASER3.60.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→33.8 Å / SU ML: 0.2624 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.0379
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2559 1647 5.1 %
Rwork0.1972 30658 -
obs0.2002 32305 98.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.36 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→33.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3946 0 62 225 4233
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00854133
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.90575598
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0526582
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0075720
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.0479550
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.370.31171320.25412265X-RAY DIFFRACTION89.44
2.37-2.450.30081260.23022463X-RAY DIFFRACTION97.4
2.45-2.530.29821290.23682530X-RAY DIFFRACTION99.7
2.53-2.630.33681560.2332521X-RAY DIFFRACTION99.81
2.63-2.750.29411220.23712558X-RAY DIFFRACTION99.89
2.75-2.90.31171120.22712570X-RAY DIFFRACTION99.85
2.9-3.080.3371420.2362571X-RAY DIFFRACTION99.93
3.08-3.320.24751520.22752543X-RAY DIFFRACTION99.85
3.32-3.650.26531300.19512591X-RAY DIFFRACTION99.78
3.65-4.180.22431450.17962596X-RAY DIFFRACTION99.64
4.18-5.260.20221590.15122627X-RAY DIFFRACTION99.93
5.26-33.80.21531420.16012823X-RAY DIFFRACTION99.97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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