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- PDB-8sq8: X-ray crystal structure of Acinetobacter baumanii beta-lactamase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sq8
タイトルX-ray crystal structure of Acinetobacter baumanii beta-lactamase variant OXA-109 in complex with doripenem
要素Beta-lactamase OXA-109
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / ANTIBIOTIC / Acinetobacter beta-lactamase Complex carbapenem Doripenem / HYDROLASE / HYDROLASE-INHIBITOR / ANTIBIOTIC complex
機能・相同性Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / penicillin binding / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Chem-4J6 / BICARBONATE ION / Beta-lactamase OXA-109
機能・相同性情報
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.27 Å
データ登録者Powers, R.A. / Leonard, D.A. / June, C.M. / Szarecka, A. / Wawrzak, Z.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI072219 米国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: Structural and Dynamic Features of Acinetobacter baumannii OXA-66 beta-Lactamase Explain Its Stability and Evolution of Novel Variants.
著者: Klamer, Z.L. / June, C.M. / Wawrzak, Z. / Taracila, M.A. / Grey, J.A. / Benn, A.M.I. / Russell, C.P. / Bonomo, R.A. / Powers, R.A. / Leonard, D.A. / Szarecka, A.
履歴
登録2023年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase OXA-109
B: Beta-lactamase OXA-109
C: Beta-lactamase OXA-109
D: Beta-lactamase OXA-109
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,49310
ポリマ－112,6804
非ポリマー1,8126
水1,60389
1
A: Beta-lactamase OXA-109
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5932
ポリマ－28,1701
非ポリマー4231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-lactamase OXA-109
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6543
ポリマ－28,1701
非ポリマー4842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Beta-lactamase OXA-109
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5932
ポリマ－28,1701
非ポリマー4231
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Beta-lactamase OXA-109
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,6543
ポリマ－28,1701
非ポリマー4842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.249, 70.249, 449.106
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number151
Space group name H-MP3112
Space group name HallP312(x,y,z+1/3)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: -y,-x,-z+2/3
#5: -x+y,y,-z+1/3
#6: x,x-y,-z

-
要素

#1: タンパク質
Beta-lactamase OXA-109 / Carbapenem-hydrolyzing oxacillinase


分子量: 28170.109 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: bla-OXA-109, blaOXA-109 / プラスミド: pET 24a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8JZR7
#2: 化合物
ChemComp-4J6 / (4R,5S)-5-[(2S,3R)-3-hydroxy-1-oxobutan-2-yl]-4-methyl-3-({(3S,5S)-5-[(sulfamoylamino)methyl]pyrrolidin-3-yl}sulfanyl)-4,5-dihydro-1H-pyrrole-2-carboxylic acid / Doripenem(open form, pyrroline tautomer form 1, SP2 connection to Thio)


分子量: 422.520 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H26N4O6S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.67 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.09 M HEPES, pH 7.5, 1.26 M Sodium Citrate, 10% v/v glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.27→30 Å / Num. obs: 59493 / % possible obs: 99.62 % / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 29.81
反射 シェル解像度: 2.27→2.31 Å / 冗長度: 7.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2881 / CC1/2: 0.666 / % possible all: 99.95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.27→29.94 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 25.61 / 位相誤差: 29.6723
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.248 3016 5.08 %
Rwork0.2111 56371 -
obs0.2325 59387 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 53.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.27→29.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7396 0 116 89 7601
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00247671
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.679510428
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04231171
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00291333
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.99311108
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.27-2.310.3681480.35242723X-RAY DIFFRACTION94.35
2.31-2.350.38061510.36752853X-RAY DIFFRACTION94.97
2.35-2.40.3451260.35692772X-RAY DIFFRACTION95.65
2.4-2.440.34981360.35412826X-RAY DIFFRACTION95.41
2.44-2.50.28771560.36132798X-RAY DIFFRACTION94.72
2.5-2.560.34871660.33622783X-RAY DIFFRACTION94.37
2.56-2.620.42451490.32742795X-RAY DIFFRACTION94.94
2.62-2.690.33711520.3232851X-RAY DIFFRACTION94.91
2.69-2.770.36591440.312771X-RAY DIFFRACTION95.03
2.77-2.860.29961610.31042795X-RAY DIFFRACTION94.55
2.86-2.960.32311480.27972829X-RAY DIFFRACTION95.03
2.96-3.080.27351510.27162812X-RAY DIFFRACTION94.87
3.08-3.220.30891740.27212826X-RAY DIFFRACTION94.14
3.22-3.390.24251430.2382811X-RAY DIFFRACTION95.03
3.39-3.60.30991440.22672808X-RAY DIFFRACTION94.32
3.6-3.880.26491470.20262847X-RAY DIFFRACTION94.24
3.88-4.270.23821490.17812772X-RAY DIFFRACTION93.71
4.27-4.880.22721720.15562803X-RAY DIFFRACTION92.36
4.88-6.140.21761510.17642887X-RAY DIFFRACTION94.44
6.15-29.940.19941470.19553010X-RAY DIFFRACTION95.07

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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