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- PDB-8spm: Crystal structure of NikA in complex Ni-AMA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8spm
タイトルCrystal structure of NikA in complex Ni-AMA
要素Nickel ABC transporter, nickel/metallophore periplasmic binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Inhibitor / Complex / Virulence
機能・相同性
機能・相同性情報


nickel cation transport / nickel cation binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space / heme binding
類似検索 - 分子機能
Nickel ABC transporter, substrate-binding protein NikA / Solute-binding protein family 5, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 signature. / Peptide/nickel binding protein, MppA-type / Solute-binding protein family 5 domain / Solute-binding protein family 5 / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 5 Middle
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NICKEL (II) ION / Nickel ABC transporter, nickel/metallophore periplasmic binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Sychantha, D. / Prehna, G. / Wright, G.D.
資金援助 カナダ, 2件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)FRN-148463 カナダ
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)RGPIN-2018-04968 カナダ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Targeting bacterial nickel transport with aspergillomarasmine A suppresses virulence-associated Ni-dependent enzymes.
著者: Sychantha, D. / Chen, X. / Koteva, K. / Prehna, G. / Wright, G.D.
履歴
登録2023年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nickel ABC transporter, nickel/metallophore periplasmic binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4293
ポリマ－56,0631
非ポリマー3662
水1,838102
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.420, 66.420, 267.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-785-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Nickel ABC transporter, nickel/metallophore periplasmic binding protein


分子量: 56063.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: nikA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A024L032
#2: 化合物 ChemComp-II1 / Aspergillomarasmine A / N-[(2S)-2-{[(2S)-2-amino-2-carboxyethyl]amino}-2-carboxyethyl]-L-aspartic acid


分子量: 307.257 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O8 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.3 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 0.17 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate pH 5.8, 23% PEG 4000, and 17% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.18 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2021年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.18 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→47.15 Å / Num. obs: 33650 / % possible obs: 93.04 % / 冗長度: 14.1 % / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.09391 / Rrim(I) all: 0.097949 / Net I/σ(I): 18.15
反射 シェル解像度: 2.15→2.227 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.77 / Num. unique obs: 3262 / CC1/2: 0.252 / CC star: 0.635 / % possible all: 74.89

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.1_4122: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→47.15 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2422 1593 5.06 %
Rwork0.189 --
obs0.1918 31487 93.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→47.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3954 0 22 102 4078
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0124078
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1935557
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.613549
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064610
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01729
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.220.52121230.44562192X-RAY DIFFRACTION77
2.22-2.30.45971110.43162014X-RAY DIFFRACTION71
2.3-2.390.32521370.30332577X-RAY DIFFRACTION90
2.39-2.50.35661460.25312626X-RAY DIFFRACTION93
2.5-2.630.32161480.27062778X-RAY DIFFRACTION96
2.63-2.80.30621480.24612808X-RAY DIFFRACTION97
2.8-3.010.30651470.23342871X-RAY DIFFRACTION99
3.01-3.320.2941530.22372911X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.790.23631550.1772931X-RAY DIFFRACTION100
3.8-4.780.17351580.13663011X-RAY DIFFRACTION100
4.78-47.150.19211670.1433175X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.96720.09620.97492.4244-0.28342.075-0.1695-0.08210.55310.25-0.1701-0.4468-0.53180.34080.33240.5704-0.1558-0.08820.415-0.01990.6441-13.69955.8986-19.068
21.8836-0.46820.53412.162.03312.66980.1265-0.0787-0.2491-0.0155-0.13420.35820.1705-0.3793-0.00240.4826-0.0792-0.00920.4711-0.00080.5996-35.5822-3.0576-35.8339
30.85830.9454-1.723.0033-4.12045.9474-0.18970.1889-0.0239-0.53440.19280.11020.5429-0.2096-0.03520.4923-0.1017-0.04630.4274-0.0170.3725-32.1899-21.3479-24.4328
48.4548-1.15420.07780.2638-0.49252.13890.22990.4839-1.05910.5369-0.0486-0.120.1262-0.0874-0.14520.4973-0.0459-0.00490.3811-0.05530.4094-21.5416-27.6586-21.5718
54.0921.919-0.48162.5271-0.5091.6289-0.14420.15690.0929-0.15090.1940.1264-0.1293-0.2427-0.0480.445-0.0371-0.06780.3656-0.00330.3453-37.397-20.3267-14.2898
60.8303-0.33890.3561.2724-0.99912.4697-0.07360.01690.0910.0555-0.0334-0.069-0.13680.12490.11740.5117-0.0886-0.02570.4871-0.02530.452-19.443-14.9743-19.2679
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 192 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 193 through 234 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 235 through 290 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 291 through 311 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 312 through 412 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 413 through 500 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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