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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8spc | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the cytochrome P450 enzyme RufO | ||||||
要素 | Cytochrome P450 | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / RufO / Aromatic nitration / Cytochrome P450 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces atratus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換 / 解像度: 1.871 Å | ||||||
データ登録者 | Dratch, B.D. / Davis, K.M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2023 タイトル: Insights into Substrate Recognition by the Unusual Nitrating Enzyme RufO. 著者: Dratch, B.D. / McWhorter, K.L. / Blue, T.C. / Jones, S.K. / Horwitz, S.M. / Davis, K.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8spc.cif.gz | 104.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8spc.ent.gz | 69.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8spc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8spc_validation.pdf.gz | 801.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8spc_full_validation.pdf.gz | 804.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8spc_validation.xml.gz | 17.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8spc_validation.cif.gz | 25.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sp/8spc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sp/8spc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 45550.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces atratus (バクテリア) 遺伝子: rufO / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A224AU14 |
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-非ポリマー , 5種, 223分子
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-MG / | ||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-EDO / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.2 % / 解説: red, cube |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Bis-Tris, 23% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9762 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月30日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.871→39.34 Å / Num. obs: 35269 / % possible obs: 99.56 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 40.17 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.09647 / Rpim(I) all: 0.02792 / Rrim(I) all: 0.1005 / Net I/σ(I): 15.29 |
反射 シェル | 解像度: 1.871→1.937 Å / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 1.469 / Mean I/σ(I) obs: 1.14 / Num. unique obs: 3398 / CC1/2: 0.687 / CC star: 0.903 / Rpim(I) all: 0.5285 / Rrim(I) all: 1.564 / % possible all: 96.32 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換 / 解像度: 1.871→39.34 Å / SU ML: 0.2309 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.5635 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 40.17 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.871→39.34 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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