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- PDB-8sot: Structure of the PPIase domain of borrelial BB0108 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sot
タイトルStructure of the PPIase domain of borrelial BB0108
要素Basic membrane protein
キーワードCHAPERONE / peptidyl prolyl cis/trans isomerase / parvulin fold / PrsA / SurA
機能・相同性SurA-like N-terminal domain / Trigger factor/SurA domain superfamily / PPIC-type PPIASE domain / PpiC-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family profile. / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, PpiC-type / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain superfamily / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / Basic membrane protein
機能・相同性情報
生物種Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Shakya, A.K. / Herzberg, O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI080615 米国
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2023
タイトル: A unique borrelial protein facilitates microbial immune evasion.
著者: Foor, S.D. / Brangulis, K. / Shakya, A.K. / Rana, V.S. / Bista, S. / Kitsou, C. / Ronzetti, M. / Alreja, A.B. / Linden, S.B. / Altieri, A.S. / Baljinnyam, B. / Akopjana, I. / Nelson, D.C. / ...著者: Foor, S.D. / Brangulis, K. / Shakya, A.K. / Rana, V.S. / Bista, S. / Kitsou, C. / Ronzetti, M. / Alreja, A.B. / Linden, S.B. / Altieri, A.S. / Baljinnyam, B. / Akopjana, I. / Nelson, D.C. / Simeonov, A. / Herzberg, O. / Caimano, M.J. / Pal, U.
履歴
登録2023年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Basic membrane protein
B: Basic membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4064
ポリマ－26,2212
非ポリマー1842
水1,58588
1
A: Basic membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2032
ポリマ－13,1111
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Basic membrane protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2032
ポリマ－13,1111
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.968, 38.835, 53.681
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.000, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Basic membrane protein


分子量: 13110.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 6-residue amino acid Insertion at the C-ter due to a cloning artifact. N-ter insertion of L1.B31
由来: (組換発現) Borreliella burgdorferi B31 (バクテリア)
株: ATCC 35210 / DSM 4680 / CIP 102532 / B31 / 遺伝子: BB_0108 / プラスミド: pGEX-6-P1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O51135
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.86 % / 解説: Rectangular plate shape
結晶化温度: 288.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 10% 2 propanol, 0.1M Bicine, 30% PEG1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→31.47 Å / Num. obs: 13591 / % possible obs: 96.47 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 29.71 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 13.52
反射 シェル解像度: 1.99→2.063 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 3.67 / Num. unique obs: 1297 / CC1/2: 0.915 / CC star: 0.978 / Rpim(I) all: 0.17 / Rrim(I) all: 0.32 / % possible all: 92.17

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.99→31.47 Å / SU ML: 0.2509 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.3684
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2454 660 4.87 %
Rwork0.2007 12906 -
obs0.2028 13566 96.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→31.47 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1756 0 12 88 1856
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00621792
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80042405
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0536267
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0075316
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5617653
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.99-2.150.26731340.18222539X-RAY DIFFRACTION95.74
2.15-2.360.25441300.18552615X-RAY DIFFRACTION98.53
2.36-2.70.26861270.20312594X-RAY DIFFRACTION97.98
2.7-3.40.27091410.20972589X-RAY DIFFRACTION96.81
3.41-31.470.21981280.20222569X-RAY DIFFRACTION93.52

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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