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- PDB-8sos: Human CD1d presenting sphingomyelin C24:1 in complex with VHH nan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sos
タイトルHuman CD1d presenting sphingomyelin C24:1 in complex with VHH nanobody 1D17
要素
  • Antigen-presenting glycoprotein CD1d
  • Beta-2-microglobulin
  • Nanobody VHH ID17
キーワードIMMUNE SYSTEM / CD1d / sphingomyelin / NKT / nanobody / VHH / 1D17
機能・相同性
機能・相同性情報


lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / T cell selection / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / positive regulation of innate immune response / heterotypic cell-cell adhesion / beta-2-microglobulin binding ...lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / T cell selection / endogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / positive regulation of innate immune response / heterotypic cell-cell adhesion / beta-2-microglobulin binding / detection of bacterium / positive regulation of T cell proliferation / cell adhesion molecule binding / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / basolateral plasma membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / lysosome / endosome membrane / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / innate immune response / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
MHC-I family domain / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...MHC-I family domain / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
sphingomyelin / Antigen-presenting glycoprotein CD1d / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Shahine, A. / Rossjohn, J.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DE210101031 オーストラリア
引用ジャーナル: J Immunother Cancer / 年: 2023
タイトル: Enhanced CD1d phosphatidylserine presentation using a single-domain antibody promotes immunomodulatory CD1d-TIM-3 interactions.
著者: Lameris, R. / Shahine, A. / Veth, M. / Westerman, B. / Godfrey, D.I. / Lutje Hulsik, D. / Brouwer, P. / Rossjohn, J. / de Gruijl, T.D. / van der Vliet, H.J.
履歴
登録2023年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antigen-presenting glycoprotein CD1d
B: Beta-2-microglobulin
D: Nanobody VHH ID17
E: Antigen-presenting glycoprotein CD1d
F: Beta-2-microglobulin
G: Nanobody VHH ID17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,97412
ポリマ－130,4616
非ポリマー2,5136
水10,305572
1
A: Antigen-presenting glycoprotein CD1d
B: Beta-2-microglobulin
D: Nanobody VHH ID17
ヘテロ分子

E: Antigen-presenting glycoprotein CD1d
F: Beta-2-microglobulin
G: Nanobody VHH ID17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,97412
ポリマ－130,4616
非ポリマー2,5136
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655y+1,x,-z1
Buried area10850 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area46080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)136.449, 136.449, 166.767
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 AEBF

#1: タンパク質 Antigen-presenting glycoprotein CD1d / R3G1


分子量: 39471.562 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD1D / プラスミド: pHLSEC / 細胞株 (発現宿主): HEK 293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P15813
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pHLSEC / 細胞株 (発現宿主): HEK 293S / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61769

-
抗体 / 糖 , 2種, 6分子 DG

#3: 抗体 Nanobody VHH ID17


分子量: 13879.670 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 574分子

#4: 化合物 ChemComp-FO4 / sphingomyelin


分子量: 814.233 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C47H94N2O6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 572 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 12% PEG8000, 0.05 M zinc acetate, 0.05 M MES, pH 6.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→44.66 Å / Num. obs: 77042 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 2 % / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.0286 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 2.33→2.41 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 7630 / CC1/2: 0.795 / Rpim(I) all: 0.359 / % possible all: 99.95

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 2PO6 & 3P0G

2po6

3p0g


解像度: 2.33→44.66 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2297 3991 5.18 %
Rwork0.2093 --
obs0.2103 76985 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33→44.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7801 0 168 572 8541
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0028212
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.47411153
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3422971
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411198
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031411
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.33-2.360.38341200.32842509X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.390.37821260.31712522X-RAY DIFFRACTION100
2.39-2.420.32251290.28722490X-RAY DIFFRACTION100
2.42-2.450.28221640.27042453X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.480.30591030.27472538X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.520.27661280.25742489X-RAY DIFFRACTION100
2.52-2.550.27581590.24472453X-RAY DIFFRACTION100
2.55-2.590.26441310.23272499X-RAY DIFFRACTION100
2.59-2.640.27871270.24722511X-RAY DIFFRACTION100
2.64-2.680.28331600.27592480X-RAY DIFFRACTION100
2.68-2.730.24781050.24652557X-RAY DIFFRACTION100
2.73-2.780.25891210.24122484X-RAY DIFFRACTION100
2.78-2.840.26041280.24632541X-RAY DIFFRACTION100
2.84-2.90.26791490.25082467X-RAY DIFFRACTION100
2.9-2.970.2951190.26512499X-RAY DIFFRACTION100
2.97-3.040.32161790.25362458X-RAY DIFFRACTION100
3.04-3.130.28381440.23622511X-RAY DIFFRACTION100
3.13-3.220.2181320.21042531X-RAY DIFFRACTION100
3.22-3.320.23771630.19722487X-RAY DIFFRACTION100
3.32-3.440.20441510.20392487X-RAY DIFFRACTION100
3.44-3.580.23241320.20012524X-RAY DIFFRACTION100
3.58-3.740.21051450.20072513X-RAY DIFFRACTION100
3.74-3.940.2071450.18392511X-RAY DIFFRACTION99
3.94-4.190.17691400.17292519X-RAY DIFFRACTION100
4.19-4.510.18361390.1542558X-RAY DIFFRACTION100
4.51-4.960.16331340.15052533X-RAY DIFFRACTION100
4.96-5.680.22331280.18342602X-RAY DIFFRACTION100
5.68-7.150.23381540.21572570X-RAY DIFFRACTION100
7.15-44.660.20041360.21282698X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.75471.5916-0.00454.11740.54991.0586-0.07940.12450.013-0.04610.1348-0.0093-0.0039-0.0351-0.07540.3223-0.0017-0.01630.228-0.00760.228563.17262.5313-22.9787
22.7646-0.08080.83384.0105-0.53654.0935-0.1792-0.2635-0.32650.4663-0.15631.15570.2633-1.43360.22740.4557-0.12840.11430.6757-0.17120.686536.4453-19.6862-18.8201
33.4691-0.70790.49083.2457-0.62054.1716-0.0854-0.4133-0.39430.17180.14880.20460.363-0.0815-0.02310.31140.0226-0.00370.2190.04130.245253.9051-13.75-5.3228
42.10310.8732-0.632.1713-0.28331.8205-0.38890.347-0.2912-0.7310.2138-0.55380.35650.01030.17480.6232-0.13610.26250.419-0.16890.514987.396111.3993-45.5166
52.18380.14050.04092.38540.2991.3199-0.01320.00490.0866-0.1034-0.0788-0.2706-0.13710.1670.09010.2342-0.0233-0.01650.24850.0480.217171.1756-24.370315.8243
60.8690.4866-0.25320.7698-1.0921.89960.31770.88150.4201-1.3648-0.142-0.6183-0.8996-0.0894-0.12111.25830.04670.40551.09470.31360.736688.9717-13.1008-10.9531
74.02940.7859-0.6851.79360.23962.8380.04480.5236-0.2103-0.4896-0.0027-1.0177-0.00080.9270.00160.3650.01480.17260.67140.07640.695894.6082-28.12815.2329
82.765-0.0704-1.42312.50231.01324.51860.051-0.17820.29260.1862-0.11370.209-0.0455-0.00520.06910.3406-0.0377-0.02940.2536-0.08890.283552.3215-14.394542.5858
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 200 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 201 through 278 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 98 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 1 through 127 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'E' and (resid 4 through 203 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'E' and (resid 204 through 278 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'F' and (resid 1 through 98 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'G' and (resid 1 through 127 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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