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- PDB-8sok: Cryo-EM structure of human CST bound to POT1(ESDL)/TPP1 in the pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sok
タイトルCryo-EM structure of human CST bound to POT1(ESDL)/TPP1 in the presence of telomeric ssDNA
要素
  • (CST complex subunit ...) x 3
  • DNA (5'-D(*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*G)-3')
  • Protection of telomeres protein 1
  • TPP1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / telomere / shelterin / cst / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of single-stranded telomeric DNA binding / positive regulation of DNA strand elongation / regulation of DNA helicase activity / positive regulation of DNA helicase activity / G-rich single-stranded DNA binding / telomere assembly / CST complex / segmentation / urogenital system development / positive regulation of helicase activity ...positive regulation of single-stranded telomeric DNA binding / positive regulation of DNA strand elongation / regulation of DNA helicase activity / positive regulation of DNA helicase activity / G-rich single-stranded DNA binding / telomere assembly / CST complex / segmentation / urogenital system development / positive regulation of helicase activity / 8-hydroxy-2'-deoxyguanosine DNA binding / regulation of double-strand break repair via nonhomologous end joining / telomeric D-loop binding / protection from non-homologous end joining at telomere / telomerase inhibitor activity / DEAD/H-box RNA helicase binding / establishment of protein localization to telomere / telomeric D-loop disassembly / telomere maintenance via telomere lengthening / shelterin complex / Telomere C-strand synthesis initiation / regulation of telomere maintenance via telomerase / telomere capping / Telomere C-strand (Lagging Strand) Synthesis / : / single-stranded telomeric DNA binding / positive regulation of telomere maintenance / nuclear telomere cap complex / Processive synthesis on the C-strand of the telomere / Polymerase switching on the C-strand of the telomere / Removal of the Flap Intermediate from the C-strand / G-rich strand telomeric DNA binding / telomerase holoenzyme complex / bone marrow development / embryonic limb morphogenesis / intermediate filament cytoskeleton / protein localization to chromosome, telomeric region / DNA duplex unwinding / hematopoietic stem cell proliferation / telomeric DNA binding / : / negative regulation of telomere maintenance via telomerase / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / telomere maintenance via telomerase / Telomere Extension By Telomerase / replicative senescence / carbohydrate transmembrane transporter activity / DNA polymerase binding / Packaging Of Telomere Ends / spleen development / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Inhibition of DNA recombination at telomere / telomere maintenance / Meiotic synapsis / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / bioluminescence / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / thymus development / positive regulation of DNA replication / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / skeletal system development / generation of precursor metabolites and energy / intracellular protein transport / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / multicellular organism growth / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / endocytosis involved in viral entry into host cell / fibrillar center / positive regulation of fibroblast proliferation / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / single-stranded DNA binding / outer membrane-bounded periplasmic space / monoatomic ion transmembrane transport / chromosome, telomeric region / RNA helicase activity / nuclear body / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / intracellular membrane-bounded organelle / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / DNA damage response / protein-containing complex binding / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
CST complex subunit Ten1, animal and plant type / CST complex subunit CTC1 / CST complex subunit CTC1-like / CST, telomere maintenance, complex subunit CTC1 / Telomere-capping, CST complex subunit / CST complex subunit Stn1 / Stn1, C-terminal / CST complex subunit Stn1, wHTH1 motif superfamily / CST, complex subunit STN1, C terminal / : ...CST complex subunit Ten1, animal and plant type / CST complex subunit CTC1 / CST complex subunit CTC1-like / CST, telomere maintenance, complex subunit CTC1 / Telomere-capping, CST complex subunit / CST complex subunit Stn1 / Stn1, C-terminal / CST complex subunit Stn1, wHTH1 motif superfamily / CST, complex subunit STN1, C terminal / : / Protection of telomeres protein 1 (POT1), C-terminal insertion domain / Shelterin complex subunit TPP1/Est3 / Shelterin complex subunit, TPP1/ACD / Adrenocortical dysplasia protein / Protection of telomeres protein 1, ssDNA-binding domain / ssDNA-binding domain of telomere protection protein / Replication factor A protein-like / Protection of telomeres protein 1 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/Cdc13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 / Telomeric single stranded DNA binding POT1/CDC13 / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Picornavirus coat protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Green fluorescent protein, GFP / Bacterial extracellular solute-binding protein / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Genome polyprotein / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / CST complex subunit CTC1 / CST complex subunit TEN1 / Adrenocortical dysplasia protein homolog / CST complex subunit STN1 / Protection of telomeres protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
Human enterovirus 71 (エンテロウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Cai, S.W.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Other privateBCRF-22-036
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R35 CA210036 米国
引用
ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: POT1 recruits and regulates CST-Polα/primase at human telomeres.
著者: Sarah W Cai / Hiroyuki Takai / Arthur J Zaug / Teague C Dilgen / Thomas R Cech / Thomas Walz / Titia de Lange /
要旨: Telomere maintenance requires the extension of the G-rich telomeric repeat strand by telomerase and the fill-in synthesis of the C-rich strand by Polα/primase. At telomeres, Polα/primase is bound ...Telomere maintenance requires the extension of the G-rich telomeric repeat strand by telomerase and the fill-in synthesis of the C-rich strand by Polα/primase. At telomeres, Polα/primase is bound to Ctc1/Stn1/Ten1 (CST), a single-stranded DNA-binding complex. Like mutations in telomerase, mutations affecting CST-Polα/primase result in pathological telomere shortening and cause a telomere biology disorder, Coats plus (CP). We determined cryogenic electron microscopy structures of human CST bound to the shelterin heterodimer POT1/TPP1 that reveal how CST is recruited to telomeres by POT1. Our findings suggest that POT1 hinge phosphorylation is required for CST recruitment, and the complex is formed through conserved interactions involving several residues mutated in CP. Our structural and biochemical data suggest that phosphorylated POT1 holds CST-Polα/primase in an inactive, autoinhibited state until telomerase has extended the telomere ends. We propose that dephosphorylation of POT1 releases CST-Polα/primase into an active state that completes telomere replication through fill-in synthesis.
#1: ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023
タイトル: POT1 recruits and regulates CST-Polα/Primase at human telomeres.
著者: Sarah W Cai / Hiroyuki Takai / Thomas Walz / Titia de Lange /
要旨: Telomere maintenance requires extension of the G-rich telomeric repeat strand by telomerase and fill-in synthesis of the C-rich strand by Polα/Primase. Telomeric Polα/Primase is bound to Ctc1-Stn1- ...Telomere maintenance requires extension of the G-rich telomeric repeat strand by telomerase and fill-in synthesis of the C-rich strand by Polα/Primase. Telomeric Polα/Primase is bound to Ctc1-Stn1-Ten1 (CST), a single-stranded DNA-binding complex. Like mutations in telomerase, mutations affecting CST-Polα/Primase result in pathological telomere shortening and cause a telomere biology disorder, Coats plus (CP). We determined cryogenic electron microscopy structures of human CST bound to the shelterin heterodimer POT1/TPP1 that reveal how CST is recruited to telomeres by POT1. Phosphorylation of POT1 is required for CST recruitment, and the complex is formed through conserved interactions involving several residues mutated in CP. Our structural and biochemical data suggest that phosphorylated POT1 holds CST-Polα/Primase in an inactive auto-inhibited state until telomerase has extended the telomere ends. We propose that dephosphorylation of POT1 releases CST-Polα/Primase into an active state that completes telomere replication through fill-in synthesis.
履歴
登録2023年4月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CST complex subunit CTC1
B: CST complex subunit STN1
C: CST complex subunit TEN1
D: Protection of telomeres protein 1
E: TPP1
F: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)371,1628
ポリマ－371,0316
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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CST complex subunit ... , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 CST complex subunit CTC1 / Conserved telomere maintenance component 1 / HBV DNAPTP1-transactivated protein B


分子量: 178300.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: malE, Z5632, ECs5017, CTC1, C17orf68 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P0AEY0, UniProt: Q2NKJ3
#2: タンパク質 CST complex subunit STN1 / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding fold-containing protein 1 / Suppressor of cdc thirteen homolog


分子量: 42172.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STN1, OBFC1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9H668
#3: タンパク質 CST complex subunit TEN1 / Protein telomeric pathways with STN1 homolog / Telomere length regulation protein TEN1 homolog


分子量: 13872.013 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEN1, C17orf106 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q86WV5

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タンパク質 , 2種, 2分子 DE

#4: タンパク質 Protection of telomeres protein 1 / hPot1 / POT1-like telomere end-binding protein


分子量: 72938.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POT1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9NUX5
#5: タンパク質 TPP1 / POT1 and TIN2-interacting protein


分子量: 58064.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human enterovirus 71 (エンテロウイルス), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: ACD, PIP1, PTOP, TINT1, TPP1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: B6F2F5, UniProt: Q96AP0, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase

-
DNA鎖 / 非ポリマー , 2種, 3分子 F

#6: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*AP*GP*GP*GP*TP*TP*AP*G)-3')


分子量: 5682.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#7: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: ssDNA-bound human CST-POT1(ESDL)/TPP1 complex / タイプ: COMPLEX / 詳細: CST-POT1(ESDL)/TPP1 complex in the presence of DNA / Entity ID: #1-#6 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.37 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 0.02 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 50.3 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 76359 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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