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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8snz | ||||||
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タイトル | X-ray Crystal Structure of FMN-bound long-chain flavodoxin from Rhodopseudomonas palustris | ||||||
要素 | Flavodoxin | ||||||
キーワード | FLAVOPROTEIN / FMN-bound long chain Flavodoxin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.17 Å | ||||||
データ登録者 | Ansari, A. / Khan, S.A. / Miller, A.F. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2024 タイトル: Structure, dynamics, and redox reactivity of an all-purpose flavodoxin. 著者: Khan, S. / Ansari, A. / Brachi, M. / Das, D. / El Housseini, W. / Minteer, S. / Miller, A.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8snz.cif.gz | 94.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8snz.ent.gz | 56.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8snz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8snz_validation.pdf.gz | 1012.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8snz_full_validation.pdf.gz | 1013.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8snz_validation.xml.gz | 15 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8snz_validation.cif.gz | 20.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/8snz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/8snz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8v2yC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17884.822 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Rhodopseudomonas palustris (光合成細菌) 遺伝子: RPA2117 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6N7Y7 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % |
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結晶化 | 温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.3-0.6M magnesium formate, 15-20% polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月3日 / 詳細: Osmic VariMax optics |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.17→29.35 Å / Num. obs: 16973 / % possible obs: 99.81 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 30.86 Å2 / CC1/2: 0.983 / Net I/σ(I): 22.71 |
反射 シェル | 解像度: 2.17→2.248 Å / Num. unique obs: 1672 / CC1/2: 0.932 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.17→29.35 Å / SU ML: 0.292 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.9867 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.49 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.17→29.35 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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