+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8snp | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of mouse Netrin-1 in complex with samarium ions | ||||||
要素 | Netrin-1 | ||||||
キーワード | APOPTOSIS / Extracellular matrix protein / axon guidance / neuronal development / cell signaling | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Netrin-1 signaling / DCC mediated attractive signaling / chemorepulsion of axon / anterior/posterior axon guidance / B cell mediated immunity / Cdc42 protein signal transduction / tissue development / negative regulation of axon extension / T cell mediated immunity / substrate-dependent cell migration, cell extension ...Netrin-1 signaling / DCC mediated attractive signaling / chemorepulsion of axon / anterior/posterior axon guidance / B cell mediated immunity / Cdc42 protein signal transduction / tissue development / negative regulation of axon extension / T cell mediated immunity / substrate-dependent cell migration, cell extension / mammary gland duct morphogenesis / mammary gland development / motor neuron axon guidance / positive regulation of cell motility / nuclear migration / inner ear morphogenesis / B cell proliferation / dendrite development / basement membrane / positive regulation of axon extension / regulation of cell migration / axonogenesis / extracellular matrix / cytokine activity / cell periphery / animal organ morphogenesis / axon guidance / neuron migration / cell-cell adhesion / collagen-containing extracellular matrix / Ras protein signal transduction / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / extracellular region / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Heide, F. / Legare, S. / Stetefeld, J. | ||||||
資金援助 | カナダ, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Investigating the structural and functional roles of calcium binding in Netrin-1 著者: Legare, S. / Heide, F. / Gabir, H. / Rafiei, F. / Meier, M. / Koch, M. / Stetefeld, J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8snp.cif.gz | 294.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8snp.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8snp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8snp_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8snp_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8snp_validation.xml.gz | 17.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8snp_validation.cif.gz | 23.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/8snp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/8snp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
---|---|
実験データセット #1 | データ参照: 10.1038/s41467-023-36692-w / データの種類: small-angle scattering data |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
2 |
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 67922.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ntn1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O09118 | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||
#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-SM / #5: 糖 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.08 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.7, 2.8M NaCl, 0.2M glycine |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.0349 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2005年10月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0349 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.4→66.7 Å / Num. obs: 13728 / % possible obs: 99.35 % / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 90.54 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rrim(I) all: 0.255 / Net I/σ(I): 5.8 |
反射 シェル | 解像度: 3.4→3.67 Å / 冗長度: 8.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 2782 / CC1/2: 0.923 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.4→56.62 Å / SU ML: 0.3418 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.806 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 113.22 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.4→56.62 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A
|