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- PDB-8snp: Crystal structure of mouse Netrin-1 in complex with samarium ions -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8snp
タイトルCrystal structure of mouse Netrin-1 in complex with samarium ions
要素Netrin-1
キーワードAPOPTOSIS / Extracellular matrix protein / axon guidance / neuronal development / cell signaling
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of glial cell migration / chemorepulsion of axon / anterior/posterior axon guidance / Cdc42 protein signal transduction / motor neuron migration / negative regulation of axon extension / substrate-dependent cell migration, cell extension / mammary gland duct morphogenesis / mammary gland development / nuclear migration ...regulation of glial cell migration / chemorepulsion of axon / anterior/posterior axon guidance / Cdc42 protein signal transduction / motor neuron migration / negative regulation of axon extension / substrate-dependent cell migration, cell extension / mammary gland duct morphogenesis / mammary gland development / nuclear migration / inner ear morphogenesis / positive regulation of cell motility / regulation of synapse assembly / basement membrane / positive regulation of axon extension / glial cell proliferation / positive regulation of glial cell proliferation / axonogenesis / axon guidance / regulation of cell migration / cell periphery / neuron migration / cell-cell adhesion / actin cytoskeleton / : / Ras protein signal transduction / cell population proliferation / apoptotic process / synapse / glutamatergic synapse / extracellular region / nucleoplasm / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Laminin, N-terminal / : / Laminin N-terminal (Domain VI) / Laminin N-terminal domain profile. / Laminin N-terminal domain (domain VI) / Laminin-type EGF-like (LE) domain profile. / Laminin-type EGF-like (LE) domain signature. / Laminin-type epidermal growth factor-like domai / Laminin EGF domain / Laminin-type EGF domain ...Laminin, N-terminal / : / Laminin N-terminal (Domain VI) / Laminin N-terminal domain profile. / Laminin N-terminal domain (domain VI) / Laminin-type EGF-like (LE) domain profile. / Laminin-type EGF-like (LE) domain signature. / Laminin-type epidermal growth factor-like domai / Laminin EGF domain / Laminin-type EGF domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Netrin domain / NTR domain profile. / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / EGF-like domain signature 1. / Galactose-binding-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
SAMARIUM (III) ION / Netrin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Heide, F. / Legare, S. / Stetefeld, J.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2024
タイトル: Identifying the molecular basis of Laminin N-terminal domain Ca 2+ binding using a hybrid approach.
著者: Legare, S. / Heide, F. / Gabir, H. / Rafiei, F. / Meier, M. / Padilla-Meier, G.P. / Koch, M. / Stetefeld, J.
履歴
登録2023年4月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22025年3月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Netrin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,9619
ポリマ－67,9231
非ポリマー2,0398
水00
1
A: Netrin-1
ヘテロ分子

A: Netrin-1
ヘテロ分子


  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS, Monomer and dimer equilibrium has been reported. (https://doi.org/10.1038/s41467-023-36692-w), gel filtration, https://doi.org/10.1007/s00253-021-11438-0 https://doi.org/10.1038/s41467- ...根拠: SAXS, Monomer and dimer equilibrium has been reported. (https://doi.org/10.1038/s41467-023-36692-w), gel filtration, https://doi.org/10.1007/s00253-021-11438-0 https://doi.org/10.1038/s41467-023-36692-w, assay for oligomerization, Mass photometry experiments confirm a monomer-dimer equilibrium. (https://doi.org/10.1038/s41467-023-36692-w)
  • 140 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,92318
ポリマ－135,8452
非ポリマー4,07816
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+1/31
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.500, 69.500, 333.641
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Netrin-1


分子量: 67922.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ntn1 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O09118
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物
ChemComp-SM / SAMARIUM (III) ION


分子量: 150.360 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Sm / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.08 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.7 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7.7, 2.8M NaCl, 0.2M glycine

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.0349 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2005年10月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0349 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→66.7 Å / Num. obs: 13728 / % possible obs: 99.35 % / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 90.54 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rrim(I) all: 0.255 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル解像度: 3.4→3.67 Å / 冗長度: 8.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 2782 / CC1/2: 0.923 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1-4487_4487精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.4→56.62 Å / SU ML: 0.3418 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.806
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2683 614 4.5 %
Rwork0.2496 13039 -
obs0.2505 13653 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 113.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→56.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3140 0 98 0 3238
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00583312
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87284497
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0459493
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0417597
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6229497
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.4-3.740.3591360.33253183X-RAY DIFFRACTION98.9
3.74-4.280.28271400.23693190X-RAY DIFFRACTION99.28
4.28-5.40.25861580.23043236X-RAY DIFFRACTION99.65
5.4-56.620.24841800.2413430X-RAY DIFFRACTION99.59
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.353712920060.07956608838250.5665005071120.3318282873970.2167725854053.922318636230.608600247830.139501819524-0.278952893652-0.0107526865828-0.1369535848720.1197285298190.69486735707-0.457153207997-0.3395026492480.9930559001450.0302571405456-0.09682450826850.9614109961370.07363627162140.87070987889434.2326212527-26.9707589726-15.401554724
22.307297604561.009346993341.510051499010.6617250115360.06586802726422.49141740137-0.2858722579910.4633071517590.2511507310430.07368020048850.1663789176240.252242389921-0.5302375304290.4150273146570.1205038270920.7118103376430.12412039229-0.05430001459350.7807911969850.05861284711310.72943929212738.666841207-12.2720404309-17.3625175249
31.18153275355-0.200373219337-0.6036830115741.736535668811.652975162213.443253066630.0541218541520.103275458949-0.04869938070380.38897219209-0.01660850643180.1005296246310.04175273585410.2893009996310.04585602506340.9854660865860.282397484689-0.0206840784380.877134172176.37898479539E-50.85465446547745.0060985756-14.422300495525.8486141437
40.100316675217-0.163320049983-0.2740816354720.2657483858580.4566905515620.708764827017-0.370648930979-0.0861267330729-0.140908278564-0.146217196150.228839571669-0.3382918112151.072499993170.424649316339-0.1296870648661.092724321840.151985728542-0.06021037641941.071455278030.02112474663130.74191295039650.23965518-5.4429080909468.3609910652
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 37 through 141 )37 - 1411 - 99
22chain 'A' and (resid 142 through 285 )142 - 285100 - 238
33chain 'A' and (resid 286 through 400 )286 - 400239 - 353
44chain 'A' and (resid 401 through 456 )401 - 456354 - 409

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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