PDB-8snj: Crystal Structure of ArnB Transferase from Klebsiella aerogenes (...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8snj

タイトル

Crystal Structure of ArnB Transferase from Klebsiella aerogenes (Lattice Translocation Disorder, P1 form)

要素

UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose--oxoglutarate aminotransferase

キーワード

TRANSFERASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / OXIDOREDUCTASE / ArnB Transferase

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose aminotransferase / UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose aminotransferase / lipopolysaccharide biosynthetic process / lipid A biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	HHSN272201700059C	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of ArnB Transferase from Klebsiella aerogenes (Lattice Translocation Disorder, P1 form)
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Cooper, A.

履歴

登録	2023年4月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年5月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8snj.cif.gz	855.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8snj.ent.gz	715.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8snj_validation.pdf.gz	3.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8snj_full_validation.pdf.gz	3.7 MB	表示
XML形式データ	8snj_validation.xml.gz	90.8 KB	表示
CIF形式データ	8snj_validation.cif.gz	132.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/8snj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sn/8snj	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose--oxoglutarate aminotransferase

B: UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose--oxoglutarate aminotransferase

C: UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose--oxoglutarate aminotransferase

D: UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose--oxoglutarate aminotransferase

E: UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose--oxoglutarate aminotransferase

F: UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose--oxoglutarate aminotransferase

ヘテロ分子

258 kDa, 6 ポリマー
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1

A: UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose--oxoglutarate aminotransferase

B: UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose--oxoglutarate aminotransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
86 kDa, 2 ポリマー
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2

C: UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose--oxoglutarate aminotransferase

D: UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose--oxoglutarate aminotransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.9 kDa, 2 ポリマー
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3

E: UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose--oxoglutarate aminotransferase

F: UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose--oxoglutarate aminotransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	60.122, 68.346, 157.190
Angle α, β, γ (deg.)	78.60, 79.12, 78.28
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose--oxoglutarate aminotransferase 分子量: 42563.484 Da / 分子数: 6 / 変異: E3D / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes KCTC 2190 (バクテリア) 株: ATCC 13048 / DSM 30053 / CCUG 1429 / JCM 1235 / KCTC 2190 / NBRC 13534 / NCIMB 10102 / NCTC 10006 / CDC 819-56 遺伝子: arnB / プラスミド: KlaeA.17333.b.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3FL22
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1584 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.71 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: Proplex H12: 15% Ethanol, 5% MPD, 0.1M Tris pH 8.5, 0.1 M NaCl, KlaeA.17333.b.B1.PW39179 at 27 mg/mL. Plate: 13222, well H12 drop 2. Puck: PSL-1009, Cryo: CRYO: 50% Crystallant + 50% MPD. 2mM ...詳細: Proplex H12: 15% Ethanol, 5% MPD, 0.1M Tris pH 8.5, 0.1 M NaCl, KlaeA.17333.b.B1.PW39179 at 27 mg/mL. Plate: 13222, well H12 drop 2. Puck: PSL-1009, Cryo: CRYO: 50% Crystallant + 50% MPD. 2mM PLP added prior to crystallization. Partial occupanyc of PLP-Lys182 adduct and PLP-Tris adduct. The structure factors were corrected for lattice translocation disorder which caused initial high Rfactors (~25%) PH範囲: '

結晶

マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.71 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: Proplex H12: 15% Ethanol, 5% MPD, 0.1M Tris pH 8.5, 0.1 M NaCl, KlaeA.17333.b.B1.PW39179 at 27 mg/mL. Plate: 13222, well H12 drop 2. Puck: PSL-1009, Cryo: CRYO: 50% Crystallant + 50% MPD. 2mM ...
PH範囲: '

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月14日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→152.23 Å / Num. obs: 231980 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.6 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.114 / R_pim(I) all: 0.07 / R_rim(I) all: 0.134 / Χ²: 0.95 / Net I/σ(I): 5.3 / Num. measured all: 839200
反射シェル	解像度: 1.75→1.8 Å / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.764 / Num. measured all: 62709 / Num. unique obs: 16941 / CC_1/2: 0.872 / R_pim(I) all: 0.46 / R_rim(I) all: 0.893 / Χ²: 0.94 / Net I/σ(I) obs: 1.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21rc1_4933: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.75→66 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 30.26 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: Lattice-translocation disorder correction notes: Native Patterson shows four off-origin peaks. With strength relative to origin Patterson peak were observed. Due to strong tNCS associating ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2356	11578	5 %
R_work	0.2021	-	-
obs	0.2038	231363	96.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16870	0	146	1584	18600

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	17658
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.013	24062
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.316	6348
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.06	2710
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	3103

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.77	0.3227	406	0.2981	7238	X-RAY DIFFRACTION	95
1.77-1.79	0.3157	389	0.2965	7158	X-RAY DIFFRACTION	95
1.79-1.81	0.3348	399	0.2808	7277	X-RAY DIFFRACTION	96
1.81-1.84	0.3079	381	0.2676	7219	X-RAY DIFFRACTION	96
1.84-1.86	0.2946	400	0.2589	7222	X-RAY DIFFRACTION	96
1.86-1.89	0.265	380	0.2429	7316	X-RAY DIFFRACTION	96
1.89-1.91	0.2807	372	0.2431	7215	X-RAY DIFFRACTION	96
1.91-1.94	0.2693	367	0.233	7429	X-RAY DIFFRACTION	96
1.94-1.97	0.2832	381	0.2221	7205	X-RAY DIFFRACTION	96
1.97-2	0.2502	418	0.2214	7336	X-RAY DIFFRACTION	96
2-2.04	0.27	351	0.2169	7311	X-RAY DIFFRACTION	96
2.04-2.07	0.2389	378	0.2125	7377	X-RAY DIFFRACTION	96
2.07-2.11	0.25	399	0.213	7206	X-RAY DIFFRACTION	97
2.11-2.16	0.2549	371	0.2081	7399	X-RAY DIFFRACTION	97
2.16-2.2	0.2544	400	0.2036	7368	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2-2.26	0.2528	370	0.2032	7327	X-RAY DIFFRACTION	97
2.26-2.31	0.244	371	0.1961	7390	X-RAY DIFFRACTION	97
2.31-2.38	0.2169	367	0.1927	7362	X-RAY DIFFRACTION	97
2.38-2.44	0.2311	420	0.1904	7317	X-RAY DIFFRACTION	97
2.45-2.52	0.2452	348	0.1895	7375	X-RAY DIFFRACTION	97
2.52-2.61	0.2241	373	0.1898	7348	X-RAY DIFFRACTION	96
2.61-2.72	0.2258	327	0.2009	7373	X-RAY DIFFRACTION	96
2.72-2.84	0.2344	355	0.2022	7324	X-RAY DIFFRACTION	96
2.84-2.99	0.2303	412	0.1978	7296	X-RAY DIFFRACTION	97
2.99-3.18	0.2421	370	0.1993	7311	X-RAY DIFFRACTION	97
3.18-3.43	0.2232	391	0.1899	7447	X-RAY DIFFRACTION	98
3.43-3.77	0.2099	409	0.174	7454	X-RAY DIFFRACTION	99
3.77-4.32	0.1796	407	0.1606	7509	X-RAY DIFFRACTION	99
4.32-5.44	0.1919	473	0.1646	7406	X-RAY DIFFRACTION	99
5.44-66	0.2295	393	0.2105	7270	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3708	-0.6487	-0.2659	2.8848	0.0855	0.2711	-0.1599	-0.0892	-0.0052	0.4815	0.2018	-0.0577	-0.014	0.0446	-0.0205	0.1288	0.0272	-0.0407	0.1117	-0.0061	0.0875	70.0406	-7.1959	17.6453
2	0.6192	0.0521	0.0631	0.4618	-0.0692	0.5054	-0.0284	0.0263	-0.0134	-0.0141	-0.0075	-0.0238	0.0108	-0.0385	0.0205	0.0226	-0.0182	-0.0039	0.0424	-0.0122	0.0715	59.6013	-4.4657	-8.4489
3	0.2459	0.0248	0.0382	0.0936	0.084	0.0725	-0.0566	0.1061	-0.0373	-0.0474	-0.0019	0.0998	0.0461	-0.1278	-0.1097	-0.0825	-0.1114	-0.0514	0.0546	-0.044	0.0956	50.8549	-0.7945	-5.7986
4	0.321	-0.1187	-0.0919	0.3815	0.1266	0.1864	-0.0999	0.0451	-0.0209	0.0239	0.0237	0.1488	0.036	-0.0782	-0.0919	-0.0122	-0.0485	-0.0206	0.0427	-0.0106	0.1031	58.0509	-9.6428	0.3865
5	0.3631	-0.5077	0.0184	0.8427	-0.3103	1.4926	0.0183	0.0069	-0.2735	0.0031	-0.0136	0.1716	0.2493	-0.3241	-0.0613	0.0331	-0.0524	0.014	0.0856	-0.0061	0.1757	68.3833	-24.6772	-5.8102
6	0.8062	-1.32	-0.1933	5.9842	-0.0893	0.6478	-0.1251	-0.109	0.0113	0.2883	0.1026	0.3357	-0.0092	-0.0642	0.0116	0.0571	0.016	0.003	0.0996	-0.016	0.0832	58.0185	2.0954	14.8958
7	0.6362	-0.0757	0.128	0.3377	0.0881	1.0225	-0.0409	0.0082	0.2015	-0.0363	-0.03	0.0475	-0.2452	-0.0424	-0.042	0.0658	0.0121	-0.0215	0.0268	-0.0219	0.1502	55.7903	16.3468	3.5008
8	0.7204	0.8001	0.3338	0.8947	0.4703	1.9351	0.0191	0.0764	0.0409	0.066	0.0731	-0.1605	0.0109	0.2463	-0.0953	0.0633	-0.0338	-0.0262	0.105	-0.0217	0.1697	70.9105	17.1689	4.4838
9	0.4358	-0.0755	-0.153	0.8396	-0.0452	1.1209	-0.0344	-0.0299	0.137	-0.0552	0.0084	-0.102	-0.1747	0.0058	-0.058	0.061	-0.0177	-0.0115	0.0311	0.0031	0.1395	65.7142	14.2491	-0.1596
10	0.4226	-0.6982	0.3551	2.7536	0.1158	0.6554	-0.1211	-0.0705	-0.0024	0.4809	0.1192	0.1786	-0.0329	-0.0484	-0.0083	0.1304	0.0197	0.0219	0.1217	-0.0065	0.1074	76.833	-15.5984	17.6138
11	0.4268	0.0189	-0.0485	0.3597	0.0592	0.1956	-0.0102	0.0261	0.1049	-0.0115	0.009	-0.0242	0.0069	0.0265	0.0012	0.0159	-0.0136	-0.0149	0.0452	-0.0107	0.0895	84.8687	-14.8566	-5.8322
12	0.8794	0.1207	-0.3984	1.5117	-0.7982	2.1604	-0.0454	0.0875	-0.0517	-0.1092	-0.1139	-0.1416	0.1088	0.2314	0.0904	0.0509	-0.0084	0.0089	0.0893	-0.0089	0.0533	92.727	-27.9102	-14.2838
13	0.4761	0.1179	0.0446	0.153	-0.0454	0.2254	-0.0355	0.0847	0.0387	-0.0329	0.0049	-0.0952	-0.0448	0.1141	-0.0274	-0.1232	-0.1143	-0.0231	0.046	0.0014	0.0758	95.8241	-22.4182	-5.7645
14	0.5087	-0.0415	0.0946	0.316	-0.0467	0.1935	-0.0634	0.0221	0.0399	0.031	0.0268	-0.1475	-0.029	0.0792	-0.0429	0.0019	-0.0475	-0.0333	0.0305	-0.0176	0.1275	89.09	-13.6963	0.5391
15	0.6372	-0.3924	0.3553	0.4157	0.3414	2.0102	0.0258	0.0327	0.2942	-0.026	-0.001	-0.2007	-0.2841	0.3629	0.1088	0.0383	-0.0424	-0.0056	0.071	-0.0058	0.2066	77.8779	0.7843	-5.343
16	1.1354	-1.2713	0.4278	5.5128	-0.0395	0.6961	-0.1448	-0.1632	0.0666	0.2569	0.1659	-0.2113	-0.0635	0.0375	-0.0343	0.053	0.0169	-0.0041	0.079	0.0019	0.0475	88.9171	-25.7543	14.8742
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精密化 TLSグループ

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30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'D' and (resid 1 through 32 )
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34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'D' and (resid 271 through 305 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'D' and (resid 306 through 326 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'D' and (resid 327 through 377 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'E' and (resid 3 through 32 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'E' and (resid 33 through 67 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'E' and (resid 68 through 126 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'E' and (resid 127 through 164 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'E' and (resid 165 through 206 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'E' and (resid 207 through 239 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'E' and (resid 240 through 270 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'E' and (resid 271 through 305 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'E' and (resid 306 through 326 )
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'E' and (resid 327 through 349 )
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'E' and (resid 350 through 377 )
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'F' and (resid 1 through 32 )
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'F' and (resid 33 through 189 )
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'F' and (resid 190 through 239 )
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'F' and (resid 240 through 270 )
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'F' and (resid 271 through 316 )
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'F' and (resid 317 through 377 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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