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- PDB-8smu: Integral fusion of the HtaA CR2 domain from Corynebacterium dipht... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8smu
タイトルIntegral fusion of the HtaA CR2 domain from Corynebacterium diphtheriae within EGFP
要素HtaACR2 integral fusion within enhanced green fluorescent protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / HEME-BINDING DOMAIN / GREEN FLUORESCENT PROTEIN / INTEGRAL FUSION
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular space / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Htaa / Htaa / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Serpin / Membrane protein
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
Corynebacterium diphtheriae NCTC 13129 (ジフテリア菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Mahoney, B.J. / Cascio, D. / Clubb, R.T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01-AI161828 米国
引用ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2023
タイトル: Development and atomic structure of a new fluorescence-based sensor to probe heme transfer in bacterial pathogens.
著者: Mahoney, B.J. / Goring, A.K. / Wang, Y. / Dasika, P. / Zhou, A. / Grossbard, E. / Cascio, D. / Loo, J.A. / Clubb, R.T.
履歴
登録2023年4月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_last ..._citation.journal_volume / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HtaACR2 integral fusion within enhanced green fluorescent protein
B: HtaACR2 integral fusion within enhanced green fluorescent protein
C: HtaACR2 integral fusion within enhanced green fluorescent protein
D: HtaACR2 integral fusion within enhanced green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)181,67139
ポリマ－175,9924
非ポリマー5,67935
水1,36976
1
A: HtaACR2 integral fusion within enhanced green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,53311
ポリマ－43,9981
非ポリマー1,53510
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: HtaACR2 integral fusion within enhanced green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2578
ポリマ－43,9981
非ポリマー1,2597
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: HtaACR2 integral fusion within enhanced green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,53311
ポリマ－43,9981
非ポリマー1,53510
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: HtaACR2 integral fusion within enhanced green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,3499
ポリマ－43,9981
非ポリマー1,3518
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.826, 272.783, 73.518
Angle α, β, γ (deg.)90, 114.22, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
HtaACR2 integral fusion within enhanced green fluorescent protein


分子量: 43998.027 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Protein is an integral fusion of the second CR domain from Corynebacterium diphtheriae HtaA within enhanced GFP.
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ), (組換発現) Corynebacterium diphtheriae NCTC 13129 (ジフテリア菌)
遺伝子: GFP, DIP0625 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P42212, UniProt: Q6NIZ1

-
非ポリマー , 5種, 111分子

#2: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.42 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.4
詳細: 1.9 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate, 0.2 M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97911 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.353→49.025 Å / Num. obs: 56878 / % possible obs: 92.2 % / 冗長度: 3.4 %
詳細: Some remarks regarding the mmCIF items written, the PDB Exchange Dictionary (PDBx/mmCIF) Version 5.0 supporting the data files in the current PDB archive (dictionary version 5.325, last ...詳細: Some remarks regarding the mmCIF items written, the PDB Exchange Dictionary (PDBx/mmCIF) Version 5.0 supporting the data files in the current PDB archive (dictionary version 5.325, last updated 2020-04-13: http://mmcif.wwpdb.org/dictionaries/mmcif_pdbx_v50.dic/Index/) and the actual quantities provided by MRFANA (https://github.com/githubgphl/MRFANA) from the autoPROC package (https://www.globalphasing.com/autoproc/). In general, the mmCIF categories here should provide items that are currently used in the PDB archive. If there are alternatives, the one recommended by the PDB developers has been selected. The distinction between *_all and *_obs quantities is not always clear: often only one version is actively used within the PDB archive (or is the one recommended by PDB developers). The intention of distinguishing between classes of reflections before and after some kind of observation criterion was applied, can in principle be useful - but such criteria change in various ways throughout the data processing steps (rejection of overloaded or too partial reflections, outlier/misfit rejections during scaling etc) and there is no retrospect computation of data scaling/merging statistics for the reflections used in the final refinement (where another observation criterion might have been applied). Typical data processing will usually only provide one version of statistics at various stages and these are given in the recommended item here, irrespective of the "_all" and "_obs" connotation, see e.g. the use of _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs, _reflns.pdbx_Rrim_I_all and _reflns.pdbx_Rpim_I_all. Please note that all statistics related to "merged intensities" (or "merging") are based on inverse-variance weighting of the individual measurements making up a symmetry-unique reflection. This is standard for several decades now, even if some of the dictionary definitions seem to suggest that a simple "mean" or "average" intensity is being used instead. R-values are always given for all symmetry-equivalent reflections following Friedel's law, i.e. Bijvoet pairs are not treated separately (since we want to describe the overall mean intensity and not the mean I(+) and I(-) here). The Rrim metric is identical to the Rmeas R-value and only differs in name. _reflns.pdbx_number_measured_all is the number of measured intensities just before the final merging step (at which point no additional rejection takes place). _reflns.number_obs is the number of symmetry-unique observations, i.e. the result of merging those measurements via inverse-variance weighting. _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI is based on the merged intensities (_reflns.number_obs) as expected. _reflns.pdbx_redundancy is synonymous with "multiplicity". The per-shell item _reflns_shell.number_measured_all corresponds to the overall value _reflns.pdbx_number_measured_all. The per-shell item _reflns_shell.number_unique_all corresponds to the overall value _reflns.number_obs. The per-shell item _reflns_shell.percent_possible_all corresponds to the overall value _reflns.percent_possible_obs. The per-shell item _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs corresponds to the overall value given as _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI. But be aware of the incorrect definition of the former in the current dictionary!
CC1/2: 0.994 / CC1/2 anomalous: -0.011 / Rmerge(I) obs: 0.1038 / Rpim(I) all: 0.0664 / Rrim(I) all: 0.1235 / AbsDiff over sigma anomalous: 0.799 / Net I/σ(I): 7.26 / Num. measured all: 193381 / % possible anomalous: 88.4 / % possible ellipsoidal: 92.2 / % possible ellipsoidal anomalous: 88.4 / % possible spherical: 60.2 / % possible spherical anomalous: 57.7 / Redundancy anomalous: 1.75
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. measured obsNum. unique allNum. unique obsCC1/2CC1/2 anomalousRpim(I) allRrim(I) allAbsDiff over sigma anomalous% possible anomalous% possible ellipsoidal% possible ellipsoidal anomalous% possible spherical% possible spherical anomalousRedundancy anomalous% possible all
7.557-49.0253.30.053517.4393999399284428440.994-0.0440.03410.06360.70694.798.794.798.794.71.7398.7
6.001-7.5573.360.071412.0795569556284428440.9910.0330.04590.08510.72594.199.294.199.294.11.7599.2
5.237-6.0013.490.075812.2499329932284428440.991-0.0310.04770.08980.73396.999.596.999.596.91.7999.5
4.762-5.2373.530.071913.451003710037284428440.992-0.0230.04510.08510.77198.199.698.199.698.11.899.6
4.42-4.7623.550.07613.491008210082284428440.9920.0390.04760.08990.8239999.99999.9991.7999.9
4.158-4.423.140.080411.3289418941284328430.990.0420.05360.0970.81493.799.293.799.293.71.6399.2
3.949-4.1583.120.09769.4588688868284428440.987-0.0920.06530.11790.78391.399.191.399.191.31.6399.1
3.777-3.9493.320.11558.3794299429284428440.9830.0430.07490.13810.80593.999.193.999.193.91.7299.1
3.632-3.7773.360.12747.4595599559284528450.9850.1220.08230.15210.894.999.594.999.594.91.7399.5
3.505-3.6323.420.14766.8297149714284328430.979-0.0340.09410.17550.81994.899.394.899.394.81.7699.3
3.396-3.5053.440.17825.6498019801284628460.972-0.040.1140.21220.81695.699.495.699.495.61.7799.4
3.298-3.3963.470.21884.8498749874284428440.960.010.1380.25930.82195.999.695.999.695.91.7899.6
3.211-3.2983.50.25384.0899539953284428440.9610.0050.16010.30090.79996.299.696.299.696.21.7999.6
3.132-3.2113.530.29423.651002910029284428440.9480.0130.18540.34860.81795.99895.99895.91.7998
3.055-3.1323.550.33423.261011110111284528450.9370.0220.21010.39570.83490.392.690.392.590.31.892.6
2.979-3.0553.550.40312.761008110081284228420.91300.2530.47710.81384.586.784.583.381.41.886.7
2.89-2.9793.420.42682.6197449744284528450.867-0.0320.2720.50750.81776797664.562.31.7579
2.787-2.893.260.47862.2492539253284228420.8160.0850.31450.57460.83366.771.966.748.144.91.6871.9
2.648-2.7873.320.48412.2494189418284128410.8120.010.31340.57860.8268.572.768.530.328.81.772.7
2.353-2.6483.370.6161.896009600284628460.686-0.0210.39850.73630.82670.674.270.610.19.71.7274.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROCdata processing
pointlessデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
STARANISOデータスケーリング
BUSTER2.10.4精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.45→48.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU R Cruickshank DPI: 0.783 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.63 / SU Rfree Blow DPI: 0.29 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.304
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2328 2792 -RANDOM
Rwork0.2087 ---
obs0.2099 56446 67.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 62.25 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.1004 Å20 Å22.0262 Å2
2---0.8811 Å20 Å2
3----2.2194 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→48.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11946 0 378 76 12400
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00712605HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.9917031HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4222SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes2284HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it12605HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1566SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance32HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8836SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.32
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.06
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.56 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3079 60 -
Rwork0.2766 --
obs0.2782 1129 10.67 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.89041.6137-0.58985.5555-0.08012.6417-0.1371-0.2066-0.1353-0.20660.0735-0.0569-0.1353-0.05690.0636-0.11810.05230.0034-0.1986-0.0792-0.0451-53.6891170.72413.1438
24.1899-4.7303-0.26214.52691.94331.7157-0.13970.00180.1840.00180.0309-0.00130.184-0.00130.1088-0.086-0.01420.0763-0.179-0.0019-0.0866-23.9149156.21216.5718
34.9522-0.4464-0.30275.7797-0.00375.58550.2637-0.51350.529-0.5135-0.211-0.18130.529-0.1813-0.05270.10750.0234-0.0723-0.29730.0103-0.3733-22.0794153.95652.1915
43.8285-3.4041-0.948210.26912.42842.4821-0.27050.8574-0.03690.85740.26750.1563-0.03690.15630.003-0.01770.01390.0232-0.1521-0.1165-0.0744-24.0315183.4631.6598
55.43231.3433-0.17494.1146-0.49512.1371-0.0389-0.11330.0942-0.11330.0781-0.04430.0942-0.0443-0.0392-0.13580.04970.1177-0.16910.09060.012827.3545102.21615.6369
63.7445-2.03610.602312.2496-3.34511.72510.0410.1594-0.14760.1594-0.22890.0415-0.14760.04150.188-0.0425-0.02170.0803-0.17110.0429-0.1034-2.6931116.95317.7724
74.9391-0.67971.06164.7493-1.07257.3951-0.0119-0.3964-0.1768-0.3964-0.23670.6832-0.17680.68320.2486-0.0530.04530.1002-0.18170.0672-0.3344-0.9262119.30854.3896
83.5785-3.00050.418713.155-2.52251.9362-0.0911.1988-0.11061.1988-0.0165-0.1541-0.1106-0.15410.10750.0336-0.0992-0.0513-0.1530.135-0.1314-1.911791.119935.1773
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|2 - A|38 A|207 - A|397 }A2 - 38
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|2 - A|38 A|207 - A|397 }A207 - 397
3X-RAY DIFFRACTION2{ A|39 - A|206 }A39 - 206
4X-RAY DIFFRACTION3{ B|1 - B|38 B|207 - B|396 }B1 - 38
5X-RAY DIFFRACTION3{ B|1 - B|38 B|207 - B|396 }B207 - 396
6X-RAY DIFFRACTION4{ B|39 - B|206 }B39 - 206
7X-RAY DIFFRACTION5{ C|2 - C|38 C|207 - C|396 }C2 - 38
8X-RAY DIFFRACTION5{ C|2 - C|38 C|207 - C|396 }C207 - 396
9X-RAY DIFFRACTION6{ C|39 - C|206 }C39 - 206
10X-RAY DIFFRACTION7{ D|1 - D|38 D|207 - D|397 }D1 - 38
11X-RAY DIFFRACTION7{ D|1 - D|38 D|207 - D|397 }D207 - 397
12X-RAY DIFFRACTION8{ D|39 - D|206 }D39 - 206

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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