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Yorodumi- PDB-8smu: Integral fusion of the HtaA CR2 domain from Corynebacterium dipht... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8smu | ||||||
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Title | Integral fusion of the HtaA CR2 domain from Corynebacterium diphtheriae within EGFP | ||||||
Components | HtaACR2 integral fusion within enhanced green fluorescent protein | ||||||
Keywords | FLUORESCENT PROTEIN / HEME-BINDING DOMAIN / GREEN FLUORESCENT PROTEIN / INTEGRAL FUSION | ||||||
Function / homology | Function and homology information bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Aequorea victoria (jellyfish) Corynebacterium diphtheriae NCTC 13129 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.45 Å | ||||||
Authors | Mahoney, B.J. / Cascio, D. / Clubb, R.T. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: J.Inorg.Biochem. / Year: 2023 Title: Development and atomic structure of a new fluorescence-based sensor to probe heme transfer in bacterial pathogens. Authors: Mahoney, B.J. / Goring, A.K. / Wang, Y. / Dasika, P. / Zhou, A. / Grossbard, E. / Cascio, D. / Loo, J.A. / Clubb, R.T. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8smu.cif.gz | 624.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8smu.ent.gz | 521.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8smu.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8smu_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8smu_full_validation.pdf.gz | 1.7 MB | Display | |
Data in XML | 8smu_validation.xml.gz | 57.9 KB | Display | |
Data in CIF | 8smu_validation.cif.gz | 76.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sm/8smu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sm/8smu | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 43998.027 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Protein is an integral fusion of the second CR domain from Corynebacterium diphtheriae HtaA within enhanced GFP. Source: (gene. exp.) Aequorea victoria (jellyfish), (gene. exp.) Corynebacterium diphtheriae NCTC 13129 (bacteria) Gene: GFP, DIP0625 / Plasmid: pET28b / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: P42212, UniProt: Q6NIZ1 |
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-Non-polymers , 5 types, 111 molecules
#2: Chemical | ChemComp-HEM / #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Chemical | ChemComp-1PE / #5: Chemical | ChemComp-CL / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.27 Å3/Da / Density % sol: 62.42 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.4 Details: 1.9 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate, 0.2 M sodium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.97911 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 X 16M / Detector: PIXEL / Date: Dec 11, 2020 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97911 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.353→49.025 Å / Num. obs: 56878 / % possible obs: 92.2 % / Redundancy: 3.4 % Details: Some remarks regarding the mmCIF items written, the PDB Exchange Dictionary (PDBx/mmCIF) Version 5.0 supporting the data files in the current PDB archive (dictionary version 5.325, last ...Details: Some remarks regarding the mmCIF items written, the PDB Exchange Dictionary (PDBx/mmCIF) Version 5.0 supporting the data files in the current PDB archive (dictionary version 5.325, last updated 2020-04-13: http://mmcif.wwpdb.org/dictionaries/mmcif_pdbx_v50.dic/Index/) and the actual quantities provided by MRFANA (https://github.com/githubgphl/MRFANA) from the autoPROC package (https://www.globalphasing.com/autoproc/). In general, the mmCIF categories here should provide items that are currently used in the PDB archive. If there are alternatives, the one recommended by the PDB developers has been selected. The distinction between *_all and *_obs quantities is not always clear: often only one version is actively used within the PDB archive (or is the one recommended by PDB developers). The intention of distinguishing between classes of reflections before and after some kind of observation criterion was applied, can in principle be useful - but such criteria change in various ways throughout the data processing steps (rejection of overloaded or too partial reflections, outlier/misfit rejections during scaling etc) and there is no retrospect computation of data scaling/merging statistics for the reflections used in the final refinement (where another observation criterion might have been applied). Typical data processing will usually only provide one version of statistics at various stages and these are given in the recommended item here, irrespective of the "_all" and "_obs" connotation, see e.g. the use of _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs, _reflns.pdbx_Rrim_I_all and _reflns.pdbx_Rpim_I_all. Please note that all statistics related to "merged intensities" (or "merging") are based on inverse-variance weighting of the individual measurements making up a symmetry-unique reflection. This is standard for several decades now, even if some of the dictionary definitions seem to suggest that a simple "mean" or "average" intensity is being used instead. R-values are always given for all symmetry-equivalent reflections following Friedel's law, i.e. Bijvoet pairs are not treated separately (since we want to describe the overall mean intensity and not the mean I(+) and I(-) here). The Rrim metric is identical to the Rmeas R-value and only differs in name. _reflns.pdbx_number_measured_all is the number of measured intensities just before the final merging step (at which point no additional rejection takes place). _reflns.number_obs is the number of symmetry-unique observations, i.e. the result of merging those measurements via inverse-variance weighting. _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI is based on the merged intensities (_reflns.number_obs) as expected. _reflns.pdbx_redundancy is synonymous with "multiplicity". The per-shell item _reflns_shell.number_measured_all corresponds to the overall value _reflns.pdbx_number_measured_all. The per-shell item _reflns_shell.number_unique_all corresponds to the overall value _reflns.number_obs. The per-shell item _reflns_shell.percent_possible_all corresponds to the overall value _reflns.percent_possible_obs. The per-shell item _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs corresponds to the overall value given as _reflns.pdbx_netI_over_sigmaI. But be aware of the incorrect definition of the former in the current dictionary! CC1/2: 0.994 / CC1/2 anomalous: -0.011 / Rmerge(I) obs: 0.1038 / Rpim(I) all: 0.0664 / Rrim(I) all: 0.1235 / AbsDiff over sigma anomalous: 0.799 / Net I/σ(I): 7.26 / Num. measured all: 193381 / % possible anomalous: 88.4 / % possible ellipsoidal: 92.2 / % possible ellipsoidal anomalous: 88.4 / % possible spherical: 60.2 / % possible spherical anomalous: 57.7 / Redundancy anomalous: 1.75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.45→48.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU R Cruickshank DPI: 0.783 / Cross valid method: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.63 / SU Rfree Blow DPI: 0.29 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.304
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Displacement parameters | Biso mean: 62.25 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.36 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.45→48.32 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.45→2.56 Å
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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