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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8smr | |||||||||
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タイトル | cytochrome bc1-cbb3 supercomplex from Pseudomonas aeruginosa | |||||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Electron transport chain (電子伝達系) / Supercomplex / Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 シトクロムcオキシダーゼ / plasma membrane respiratory chain complex IV / respiratory chain complex III / シトクロムcオキシダーゼ / quinol-cytochrome-c reductase / 酸化的リン酸化 / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / respirasome / proton transmembrane transport ...シトクロムcオキシダーゼ / plasma membrane respiratory chain complex IV / respiratory chain complex III / シトクロムcオキシダーゼ / quinol-cytochrome-c reductase / 酸化的リン酸化 / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / respirasome / proton transmembrane transport / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / ペリプラズム / electron transfer activity / iron ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / heme binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Di Trani, J.M. / Rubinstein, J.L. | |||||||||
資金援助 | カナダ, 2件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023 タイトル: Structure of the - respiratory supercomplex from . 著者: Justin M Di Trani / Andreea A Gheorghita / Madison Turner / Peter Brzezinski / Pia Ädelroth / Siavash Vahidi / P Lynne Howell / John L Rubinstein / 要旨: Energy conversion by electron transport chains occurs through the sequential transfer of electrons between protein complexes and intermediate electron carriers, creating the proton motive force that ...Energy conversion by electron transport chains occurs through the sequential transfer of electrons between protein complexes and intermediate electron carriers, creating the proton motive force that enables ATP synthesis and membrane transport. These protein complexes can also form higher order assemblies known as respiratory supercomplexes (SCs). The electron transport chain of the opportunistic pathogen is closely linked with its ability to invade host tissue, tolerate harsh conditions, and resist antibiotics but is poorly characterized. Here, we determine the structure of a SC that forms between the quinol:cytochrome oxidoreductase (cytochrome ) and one of the organism's terminal oxidases, cytochrome , which is found only in some bacteria. Remarkably, the SC structure also includes two intermediate electron carriers: a diheme cytochrome and a single heme cytochrome . Together, these proteins allow electron transfer from ubiquinol in cytochrome to oxygen in cytochrome . We also present evidence that different isoforms of cytochrome can participate in formation of this SC without changing the overall SC architecture. Incorporating these different subunit isoforms into the SC would allow the bacterium to adapt to different environmental conditions. Bioinformatic analysis focusing on structural motifs in the SC suggests that cytochrome - SCs also exist in other bacterial pathogens. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8smr.cif.gz | 607 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8smr.ent.gz | 489.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8smr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sm/8smr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sm/8smr | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 40601MC 8snhC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 8種, 13分子 CZIDJMKNLOEFG
#1: タンパク質 | 分子量: 20561.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: A0A069Q0N5 #2: タンパク質 | 分子量: 46111.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: A0A071LG61 #3: タンパク質 | 分子量: 26280.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: A0A069Q767 #4: タンパク質 | 分子量: 18696.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: A0A071L1H9 #5: タンパク質 | 分子量: 13475.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: A0A211VLT6 #6: タンパク質 | | 分子量: 52586.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: A0A071LDU2 #7: タンパク質 | | 分子量: 22417.715 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: A0A071L2F4 #8: タンパク質 | | 分子量: 34078.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 参照: UniProt: A0A069Q0W4 |
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-非ポリマー , 7種, 24分子
#9: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-HEM / #11: 化合物 | #12: 化合物 | #13: 化合物 | ChemComp-HEC / #14: 化合物 | ChemComp-CU / | #15: 化合物 | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: cytochrome bc1-cbb3 supercomplex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#8 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 374 kDa/nm / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 900 nm |
撮影 | 電子線照射量: 51 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 48594 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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