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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8smj | |||||||||||||||
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タイトル | Chimeric ETS-domain of murine PU.1 harboring the corresponding beta-strand 3 (S3) residues from murine Ets-1 in complex with d(AATAAGCGGAATGGGG) | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION/DNA / transcription factor (転写因子) / protein-DNA complex (デオキシリボ核酸) / ETS family / ETS / PU.1 / TRANSCRIPTION-DNA complex / TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of myeloid dendritic cell chemotaxis / anatomical structure regression / follicular B cell differentiation / positive regulation of antifungal innate immune response / regulation of myeloid progenitor cell differentiation / pro-T cell differentiation / negative regulation of neutrophil degranulation / germinal center B cell differentiation / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / myeloid leukocyte differentiation ...positive regulation of myeloid dendritic cell chemotaxis / anatomical structure regression / follicular B cell differentiation / positive regulation of antifungal innate immune response / regulation of myeloid progenitor cell differentiation / pro-T cell differentiation / negative regulation of neutrophil degranulation / germinal center B cell differentiation / positive regulation of microglial cell mediated cytotoxicity / myeloid leukocyte differentiation / granulocyte differentiation / TRAIL-activated apoptotic signaling pathway / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / lymphocyte differentiation / endothelial to hematopoietic transition / negative regulation of adipose tissue development / pericyte cell differentiation / negative regulation of MHC class II biosynthetic process / immature B cell differentiation / lymphoid progenitor cell differentiation / myeloid dendritic cell differentiation / defense response to tumor cell / vasculature development / regulation of DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / oncogene-induced cell senescence / negative regulation of protein localization to chromatin / positive regulation of p38MAPK cascade / positive regulation of B cell differentiation / DNA-binding transcription repressor activity / STAT family protein binding / DNA-binding transcription activator activity / interleukin-6-mediated signaling pathway / NFAT protein binding / somatic stem cell population maintenance / macrophage differentiation / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / 赤血球形成 / protein sequestering activity / regulation of erythrocyte differentiation / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of miRNA transcription / histone deacetylase binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / molecular adaptor activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / クロマチン / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / 核質 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.39 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Terrell, J.R. / Poon, G.M.K. | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2024 タイトル: Dissection of integrated readout reveals the structural thermodynamics of DNA selection by transcription factors. 著者: Vernon, T.N. / Terrell, J.R. / Albrecht, A.V. / Germann, M.W. / Wilson, W.D. / Poon, G.M.K. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8smj.cif.gz | 134.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8smj.ent.gz | 87.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8smj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sm/8smj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sm/8smj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8smhC 8sp1C 8t9uC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 5036.292 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 4760.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: タンパク質 | 分子量: 12705.927 Da / 分子数: 1 / Fragment: ETS domain containing residues 167-272 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Spi1, Sfpi-1, Sfpi1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17433 |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.84 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 100 mM Sodium Acetate, pH=4.6, 2% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 17-ID-2 / 波長: 0.9201 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月28日 |
放射 | モノクロメーター: Horizontal double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9201 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.39→24.26 Å / Num. obs: 41218 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 15.42 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 12.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.39→1.43 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.566 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 2998 / CC1/2: 0.828 / % possible all: 98 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.39→24.26 Å / SU ML: 0.1237 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 13.6903 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.14 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.39→24.26 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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