PDB-8sma: SfbO with di-Manganese cofactor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8sma

タイトル

SfbO with di-Manganese cofactor

要素

Amidohydrolase family protein

キーワード

OXIDOREDUCTASE / monooxygenase / amidohydrolase-like / PF04909

機能・相同性

機能・相同性情報

secondary metabolic process / carboxy-lyase activity / hydrolase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Litorilinea aerophila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.18 Å

データ登録者

Liu, C. / Rittle, J.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2024
タイトル: Bioinformatic Discovery of a Cambialistic Monooxygenase.
著者: Liu, C. / Powell, M.M. / Rao, G. / Britt, R.D. / Rittle, J.

履歴

登録	2023年4月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8sma.cif.gz	335.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8sma.ent.gz	249.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8sma.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sm/8sma ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sm/8sma	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8sm6C 8sm7C 8sm8C 8sm9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (2) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Amidohydrolase family protein

B: Amidohydrolase family protein

G: Amidohydrolase family protein

J: Amidohydrolase family protein

ヘテロ分子

171 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Amidohydrolase family protein

B: Amidohydrolase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

G: Amidohydrolase family protein

J: Amidohydrolase family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.388, 127.408, 137.749
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Amidohydrolase family protein 分子量: 42498.055 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Litorilinea aerophila (バクテリア) 遺伝子: FKZ61_10105 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A540VG95
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 836 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.89 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 21% PEG 5000 MME, 0.1M MES, 0.2M Ammonium sulfate, 10% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.89 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.89 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.18→93.53 Å / Num. obs: 78479 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 12.4 % / B_iso Wilson estimate: 24.27 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 17.91
反射シェル	解像度: 2.18→2.258 Å / Num. unique obs: 7775 / CC_1/2: 0.987

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19.2_4158	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.18→93.53 Å / SU ML: 0.2132 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 18.7699
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1916	3879	2.58 %
R_work	0.1494	146370	-
obs	0.1504	78479	99.15 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.18→93.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11344	0	28	836	12208

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0076	11957
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8502	16391
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0521	1648
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0082	2167
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.3596	4261

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.18-2.21	0.2475	144	0.1871	5328	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.21-2.23	0.2417	137	0.1669	5241	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.23-2.26	0.2708	123	0.2334	5134	X-RAY DIFFRACTION	96.37
2.26-2.29	0.2278	124	0.1613	5214	X-RAY DIFFRACTION	99.42
2.29-2.33	0.236	153	0.1666	5168	X-RAY DIFFRACTION	98.92
2.33-2.36	0.2686	151	0.1692	5097	X-RAY DIFFRACTION	96.61
2.36-2.4	0.2258	128	0.1631	5230	X-RAY DIFFRACTION	99.35
2.4-2.44	0.219	117	0.1574	5316	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.44-2.48	0.212	147	0.1644	5240	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.48-2.53	0.2567	131	0.1526	5269	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.53-2.57	0.1914	145	0.153	5262	X-RAY DIFFRACTION	99.58
2.57-2.63	0.2164	142	0.1543	5220	X-RAY DIFFRACTION	99.46
2.63-2.68	0.2747	115	0.1615	5186	X-RAY DIFFRACTION	98.09
2.68-2.75	0.2569	161	0.1608	5103	X-RAY DIFFRACTION	96.15
2.75-2.82	0.2283	142	0.1568	5204	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.82-2.89	0.2328	138	0.1629	5313	X-RAY DIFFRACTION	99.94
2.89-2.98	0.1981	147	0.1609	5221	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.98-3.07	0.2033	146	0.1599	5251	X-RAY DIFFRACTION	99.87
3.07-3.18	0.2355	138	0.1704	5293	X-RAY DIFFRACTION	99.8
3.18-3.31	0.1691	127	0.1428	5124	X-RAY DIFFRACTION	97.77
3.31-3.46	0.1661	143	0.1411	5157	X-RAY DIFFRACTION	98.28
3.46-3.64	0.1565	146	0.1323	5287	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.64-3.87	0.1712	156	0.1293	5279	X-RAY DIFFRACTION	99.91
3.87-4.17	0.1409	129	0.1263	5237	X-RAY DIFFRACTION	99.87
4.17-4.59	0.1183	134	0.1164	5261	X-RAY DIFFRACTION	99.59
4.59-5.25	0.1736	138	0.1229	5226	X-RAY DIFFRACTION	99.15
5.25-6.62	0.1797	138	0.1583	5266	X-RAY DIFFRACTION	99.74
6.62-93.53	0.1639	139	0.1622	5243	X-RAY DIFFRACTION	99.5

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)