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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8sma | ||||||
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タイトル | SfbO with di-Manganese cofactor | ||||||
![]() | Amidohydrolase family protein | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / monooxygenase / amidohydrolase-like / PF04909 | ||||||
機能・相同性 | 2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase / Amidohydrolase / carboxy-lyase activity / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolase / hydrolase activity / : / Amidohydrolase family protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liu, C. / Rittle, J. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Bioinformatic Discovery of a Cambialistic Monooxygenase. 著者: Liu, C. / Powell, M.M. / Rao, G. / Britt, R.D. / Rittle, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 335.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 249.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 4.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 4.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 55.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 81.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42498.055 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: FKZ61_10105 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 化合物 | ChemComp-MN / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.89 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 21% PEG 5000 MME, 0.1M MES, 0.2M Ammonium sulfate, 10% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年7月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.89 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.18→93.53 Å / Num. obs: 78479 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 12.4 % / Biso Wilson estimate: 24.27 Å2 / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 17.91 |
反射 シェル | 解像度: 2.18→2.258 Å / Num. unique obs: 7775 / CC1/2: 0.987 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.11 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.18→93.53 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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