PDB-8sm5: Crystal Structure of BHRF1 from Epstein Barr Virus in complex wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8sm5

タイトル

Crystal Structure of BHRF1 from Epstein Barr Virus in complex with BID BH3 peptide

要素

Apoptosis regulator BHRF1
BID BH3

キーワード

VIRAL PROTEIN / BHRF1 / BID peptide / complex / BH3 domain / apoptosis

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host apoptosis / symbiont-mediated suppression of host autophagy / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / host cell membrane / host cell mitochondrion / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Human herpesvirus 4 strain B95-8 (ヘルペスウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.61002612546 Å

データ登録者

Wyatt, S. / Sinha, S.

資金援助

米国, 7件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	1R15GM146232	米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)	RO3NS090939	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R15 GM122035	米国
National Institutes of Health/National Center for Research Resources (NIH/NCRR)	P20 RR015566	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R21 AI078198	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01 GM126207	米国
National Science Foundation (NSF, United States)	MCB-1413525	米国

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Epstein-Barr Virus Encoded BCL2, BHRF1, Downregulates Autophagy by Noncanonical Binding of BECN1.
著者: Wyatt, S. / Glover, K. / Dasanna, S. / Lewison, M. / Gonzalez-Garcia, M. / Colbert, C.L. / Sinha, S.C.

履歴

登録	2023年4月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年3月6日	Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8sm5.cif.gz	337.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8sm5.ent.gz	231.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8sm5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sm/8sm5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sm/8sm5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Apoptosis regulator BHRF1

B: BID BH3

C: Apoptosis regulator BHRF1

D: BID BH3

E: Apoptosis regulator BHRF1

F: BID BH3

G: Apoptosis regulator BHRF1

H: BID BH3

I: Apoptosis regulator BHRF1

J: BID BH3

99.7 kDa, 10 ポリマー
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1

A: Apoptosis regulator BHRF1

B: BID BH3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
19.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Apoptosis regulator BHRF1

D: BID BH3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
19.9 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Apoptosis regulator BHRF1

F: BID BH3

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
19.9 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Apoptosis regulator BHRF1

H: BID BH3

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根拠: isothermal titration calorimetry
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5

I: Apoptosis regulator BHRF1

J: BID BH3

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根拠: isothermal titration calorimetry
19.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	186.817, 186.817, 70.486
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 120.0
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅
Space group name Hall	P6₅
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+5/6 #3: y,-x+y,z+1/6 #4: -y,x-y,z+2/3 #5: -x+y,-x,z+1/3 #6: -x,-y,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
1	2
2	2
3	2
4	2
5	2

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ALA	ALA	PHE	PHE	chain 'A'	A	A	2 - 87	1 - 86
1	2	1	MET	MET	ASP	ASP	chain 'A'	A	A	105 - 156	104 - 155
2	1	1	ALA	ALA	PHE	PHE	chain 'C'	C	C	2 - 87	1 - 86
2	2	1	MET	MET	ASP	ASP	chain 'C'	C	C	105 - 156	104 - 155
3	1	1	ALA	ALA	PHE	PHE	chain 'E'	E	E	2 - 87	1 - 86
3	2	1	MET	MET	ASP	ASP	chain 'E'	E	E	105 - 156	104 - 155
4	1	1	ALA	ALA	PHE	PHE	chain 'G'	G	G	2 - 87	1 - 86
4	2	1	MET	MET	ASP	ASP	chain 'G'	G	G	105 - 156	104 - 155
5	1	1	ALA	ALA	PHE	PHE	chain 'I'	I	I	2 - 87	1 - 86
5	2	1	MET	MET	ASP	ASP	chain 'I'	I	I	105 - 156	104 - 155
1	1	2	ILE	ILE	MET	MET	chain 'B'	B	B	82 - 97	2 - 17
2	1	2	ILE	ILE	MET	MET	chain 'D'	D	D	82 - 97	2 - 17
3	1	2	ILE	ILE	MET	MET	chain 'F'	F	F	82 - 97	2 - 17
4	1	2	ILE	ILE	MET	MET	chain 'H'	H	H	82 - 97	2 - 17
5	1	2	ILE	ILE	MET	MET	chain 'J'	J	J	82 - 97	2 - 17

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Apoptosis regulator BHRF1 / Early antigen protein R / EA-R / Nuclear antigen 分子量: 17918.225 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human herpesvirus 4 strain B95-8 (ヘルペスウイルス) 株: B95-8 / 遺伝子: BHRF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03182
#2: タンパク質・ペプチド	BID BH3 分子量: 2027.287 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.45 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 mM NaC2H3O2 pH 5.0, 1.6 mM HCOONa

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.61→161.79 Å / Num. obs: 42919 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.3 % / B_iso Wilson estimate: 74.1969136487 Å² / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 19.6
反射シェル	解像度: 2.61→2.71 Å / Num. unique obs: 4267 / CC_1/2: 0.611

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.61002612546→80.8941339294 Å / SU ML: 0.42999053392 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34273956922 / 位相誤差: 27.1654184426

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.259661322012	2164	5.04323102379 %
R_work	0.197565153955	40745	-
obs	0.200666449516	42909	99.8301614629 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 92.394632263 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.61002612546→80.8941339294 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6813	0	0	37	6850

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00888580556368	6962
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.19331295382	9464
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0524128429416	1071
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0068865304943	1214
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.5717134949	2494

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.61002612546-2.7	0.400551592017	141	0.341557591748	2680	X-RAY DIFFRACTION	99.9291533829
2.6707-2.7375	0.357321689924	146	0.299468133158	2721	X-RAY DIFFRACTION	99.9651324965
2.7375-2.8116	0.326549935188	164	0.280881616802	2676	X-RAY DIFFRACTION	99.9648011264
2.8116-2.8943	0.299495623344	147	0.236535073878	2685	X-RAY DIFFRACTION	99.9647017296
2.8943-2.9877	0.270454778219	158	0.220052877216	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9877-3.0945	0.294470981196	150	0.213397205117	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0945-3.2184	0.305663045641	132	0.215252309595	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2184-3.3649	0.269360879255	139	0.216543732461	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3649-3.5423	0.262660053693	134	0.203245161687	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5423-3.7642	0.269951491413	147	0.197756076345	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7642-4.0549	0.281410104018	134	0.194316980771	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0549-4.4629	0.228204983814	136	0.176606546595	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4629-5.1086	0.224569176926	148	0.178494143155	2727	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1086-6.4359	0.286648673896	147	0.217980955783	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
6.4359-80.8941339294	0.223208862134	141	0.166040109006	2763	X-RAY DIFFRACTION	97.7119784657

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.09815259821	-0.293609573555	1.46221740943	5.98854469251	0.239468045433	3.30852795509	0.0617581729625	0.12398563119	-0.557136078056	-0.0412020040113	0.150274059013	0.048490835438	0.100009428192	-0.0515707925106	-0.179460490273	0.597071029452	0.0238594717236	0.0673904848213	0.434560363543	-0.0440332631888	0.350042363875	90.9441741774	-30.0563143873	-9.75667829201
2	2.81015115324	0.17674602428	0.228305785843	3.59174515631	-0.31792581779	4.49835506555	-0.303596789899	0.1120993019	0.276140846179	-0.204256412008	0.53247795628	0.362024157667	-1.02242906103	-0.000416596125103	-0.232928588094	1.22485250817	-0.115220791832	0.051758145191	0.55261462295	0.0500137155683	0.278946119254	87.0268490518	2.08747062325	-20.3037440761
3	5.8861612165	-0.494425277574	-0.84445421809	6.84703683337	2.58456724361	4.14712250315	0.0030268904535	-0.266433870792	0.45642803324	-0.0678538632854	-0.387479911796	0.956477852723	-0.149033977707	-0.417704516627	0.378044306417	0.44721901285	-0.0393695358948	-0.0415269728316	0.509913972311	-0.110320528206	0.668203510129	60.8932840284	-40.7403829321	-18.1536692883
4	8.76252205237	-4.22652578827	1.05870683904	6.96932074242	0.819200199588	6.20550499287	0.915581421416	1.07344323587	-1.88459481122	-0.0129581837863	-0.268162744601	0.816975177668	0.208342471016	0.0551122734238	-0.383582428662	1.48816008396	-0.118865191803	0.0432543010477	0.923386897181	-0.0629777205503	1.14648040752	69.7726093112	-28.248999035	-60.7646559252

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	Chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	Chain C
3	X-RAY DIFFRACTION	3	Chain E
4	X-RAY DIFFRACTION	4	Chain H

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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