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- PDB-8sm2: Crystal Structure of the macaque FcalphaRI bound to macaque IgA Fc. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sm2
タイトルCrystal Structure of the macaque FcalphaRI bound to macaque IgA Fc.
要素
  • Ig-like domain-containing protein
  • Immunoglobulin subtype domain-containing protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / IGA / FCARI / FcalphaRI / CD89 / ANTIBODY / FC RECEPTOR / IMMUNOGLOBULIN-LIKE DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin receptor binding / immunoglobulin complex, circulating / complement activation, classical pathway / antigen binding / antibacterial humoral response
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...: / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin subtype domain-containing protein / Ig-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca mulatta (アカゲザル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Tolbert, W.D. / Pazgier, M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI162242 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of the macaque FcalphaRI bound to macaque IgA Fc.
著者: Tolbert, W.D. / Pazgier, M.
履歴
登録2023年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ig-like domain-containing protein
C: Immunoglobulin subtype domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1548
ポリマ－47,2622
非ポリマー1,8926
水00
1
A: Ig-like domain-containing protein
C: Immunoglobulin subtype domain-containing protein
ヘテロ分子

A: Ig-like domain-containing protein
C: Immunoglobulin subtype domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,30816
ポリマ－94,5254
非ポリマー3,78312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area9680 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area42700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.047, 160.047, 52.563
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Ig-like domain-containing protein


分子量: 23648.801 Da / 分子数: 1 / 断片: Fc fragment of the macaque IgA / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 100% match to GenBank:NP_001035039 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / Cell (発現宿主): HEK 293 GnT1- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: H9H2V9
#2: タンパク質 Immunoglobulin subtype domain-containing protein


分子量: 23613.494 Da / 分子数: 1 / 断片: macaque FcalphaRI (CD89) / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 100% match to GenBank:QJB76120 / 由来: (組換発現) Macaca mulatta (アカゲザル) / 遺伝子: EGK_11053 / Cell (発現宿主): HEK 293 GnT1- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: G7NN72
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[beta-D-mannopyranose-(1-6)]alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 910.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3[DManpb1-6]DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a1122h-1b_1-5]/1-1-2-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][a-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][b-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.46 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM ammonium sulfate 12% PEG 3350 100 mM Tris-HCl pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月5日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→50 Å / Num. obs: 12135 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 5.8 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.046 / Net I/σ(I): 25.7
反射 シェル解像度: 3.15→3.2 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.819 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 481 / CC1/2: 0.54 / Rpim(I) all: 0.542 / % possible all: 81.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.1_4122: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.15→28.29 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 35.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2958 612 5.06 %
Rwork0.2725 --
obs0.2737 12100 97.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→28.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3119 0 122 0 3241
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073326
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2614531
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.658498
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.088524
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01570
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.15-3.460.37641330.35862656X-RAY DIFFRACTION93
3.46-3.960.38861540.34172869X-RAY DIFFRACTION100
3.96-4.990.28751550.27922915X-RAY DIFFRACTION100
4.99-28.290.26221700.24113048X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.5816-1.5110.46785.49260.2876.98750.04450.168-0.15440.2592-0.09110.40570.6011-0.43860.03630.8943-0.249-0.09250.60370.04330.4555-44.047226.3113-10.4945
21.8394-0.4289-0.68453.0167-3.94495.955-0.0956-0.1669-0.4492-0.270.2980.12190.7474-0.56990.00612.4156-0.344-0.0460.82230.0030.9922-45.1388-2.167519.8354
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 244 through 450)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'C' and resid 4 through 193)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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