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万見
- PDB-8slz: Crystal structure of phosphorylated (T357/S358) human MLKL pseudo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8slz
タイトルCrystal structure of phosphorylated (T357/S358) human MLKL pseudokinase domain
要素Mixed lineage kinase domain-like protein
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / pseudokinase / phosphorylation (リン酸化)
機能・相同性
機能・相同性情報


execution phase of necroptosis / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / necroptotic signaling pathway / TRPチャネル / RIPK1-mediated regulated necrosis / protein homotrimerization / necroptotic process / Regulation of necroptotic cell death / 細胞結合 / defense response to virus ...execution phase of necroptosis / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / necroptotic signaling pathway / TRPチャネル / RIPK1-mediated regulated necrosis / protein homotrimerization / necroptotic process / Regulation of necroptotic cell death / 細胞結合 / defense response to virus / cell surface receptor signaling pathway / protein-containing complex binding / protein kinase binding / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Adaptor protein Cbl, N-terminal domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Mixed lineage kinase domain-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Meng, Y. / Davies, K.A. / Czabotar, P.E. / Murphy, J.M.
資金援助 オーストラリア, 1件
組織認可番号国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1172929 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Phosphorylation-dependent pseudokinase domain dimerization drives full-length MLKL oligomerization.
著者: Meng, Y. / Garnish, S.E. / Davies, K.A. / Black, K.A. / Leis, A.P. / Horne, C.R. / Hildebrand, J.M. / Hoblos, H. / Fitzgibbon, C. / Young, S.N. / Dite, T. / Dagley, L.F. / Venkat, A. / ...著者: Meng, Y. / Garnish, S.E. / Davies, K.A. / Black, K.A. / Leis, A.P. / Horne, C.R. / Hildebrand, J.M. / Hoblos, H. / Fitzgibbon, C. / Young, S.N. / Dite, T. / Dagley, L.F. / Venkat, A. / Kannan, N. / Koide, A. / Koide, S. / Glukhova, A. / Czabotar, P.E. / Murphy, J.M.
履歴
登録2023年4月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月8日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mixed lineage kinase domain-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8971
ポリマ－32,8971
非ポリマー00
水63135
1
A: Mixed lineage kinase domain-like protein

A: Mixed lineage kinase domain-like protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7932
ポリマ－65,7932
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)70.811, 74.961, 127.227
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Mixed lineage kinase domain-like protein / hMLKL


分子量: 32896.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MLKL
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8NB16
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.07 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 20%w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.953732 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953732 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→47.72 Å / Num. obs: 15077 / % possible obs: 98.09 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0711 / Rpim(I) all: 0.02981 / Rrim(I) all: 0.07727 / Χ2: 0.51 / Net I/σ(I): 16.21
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.9642 / Num. unique obs: 1427 / CC1/2: 0.748 / Rpim(I) all: 0.3922 / Rrim(I) all: 1.007 / Χ2: 0.37

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→40.02 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 1507 10.01 %
Rwork0.2002 --
obs0.2038 15052 98.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→40.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2099 0 0 35 2134
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042138
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6782885
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.689812
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048328
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004367
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.380.3021340.27261172X-RAY DIFFRACTION95
2.38-2.460.32521340.26081226X-RAY DIFFRACTION98
2.46-2.560.28611440.26251187X-RAY DIFFRACTION98
2.56-2.680.29991250.26141230X-RAY DIFFRACTION98
2.68-2.820.2921320.24681210X-RAY DIFFRACTION98
2.82-30.27341310.24241236X-RAY DIFFRACTION99
3-3.230.26581440.23251248X-RAY DIFFRACTION99
3.23-3.550.23171370.20251221X-RAY DIFFRACTION99
3.55-4.060.23771340.18821232X-RAY DIFFRACTION98
4.07-5.120.18421410.15941277X-RAY DIFFRACTION99
5.12-40.020.20631500.18231306X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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