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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8slx | |||||||||
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タイトル | Rat TRPV2 bound with 1 CBD ligand in nanodiscs | |||||||||
![]() | Transient receptor potential cation channel subfamily V member 2 | |||||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / Transport protein | |||||||||
機能・相同性 | ![]() growth cone membrane / TRP channels / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / calcium ion import across plasma membrane / positive regulation of axon extension / endomembrane system / monoatomic cation channel activity / axonal growth cone / calcium channel activity ...growth cone membrane / TRP channels / response to temperature stimulus / positive regulation of calcium ion import / calcium ion import across plasma membrane / positive regulation of axon extension / endomembrane system / monoatomic cation channel activity / axonal growth cone / calcium channel activity / melanosome / lamellipodium / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cell body / negative regulation of cell population proliferation / axon / cell surface / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å | |||||||||
![]() | Tan, X. / Swartz, K.J. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cannabidiol sensitizes TRPV2 channels to activation by 2-APB. 著者: Aaron Gochman / Xiao-Feng Tan / Chanhyung Bae / Helen Chen / Kenton J Swartz / Andres Jara-Oseguera / ![]() 要旨: The cation-permeable TRPV2 channel is important for cardiac and immune cell function. Cannabidiol (CBD), a non-psychoactive cannabinoid of clinical relevance, is one of the few molecules known to ...The cation-permeable TRPV2 channel is important for cardiac and immune cell function. Cannabidiol (CBD), a non-psychoactive cannabinoid of clinical relevance, is one of the few molecules known to activate TRPV2. Using the patch-clamp technique, we discover that CBD can sensitize current responses of the rat TRPV2 channel to the synthetic agonist 2-aminoethoxydiphenyl borate (2-APB) by over two orders of magnitude, without sensitizing channels to activation by moderate (40°C) heat. Using cryo-EM, we uncover a new small-molecule binding site in the pore domain of rTRPV2 in addition to a nearby CBD site that had already been reported. The TRPV1 and TRPV3 channels are also activated by 2-APB and CBD and share multiple conserved features with TRPV2, but we find that strong sensitization by CBD is only observed in TRPV3, while sensitization for TRPV1 is much weaker. Mutations at non-conserved positions between rTRPV2 and rTRPV1 in either the pore domain or the CBD sites failed to confer strong sensitization by CBD in mutant rTRPV1 channels. Together, our results indicate that CBD-dependent sensitization of rTRPV2 channels engages multiple channel regions, and that the difference in sensitization strength between rTRPV2 and rTRPV1 channels does not originate from amino acid sequence differences at the CBD binding site or the pore domain. The remarkably robust effect of CBD on TRPV2 and TRPV3 channels offers a promising new tool to both understand and overcome one of the major roadblocks in the study of these channels - their resilience to activation. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 409 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 324.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 65.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 98.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 40582MC ![]() 8slyC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 86798.891 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-P0T / #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Trpv2 with CBD ligand / タイプ: CELL / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
撮影 | 電子線照射量: 52 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.19.1_4122: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 321717 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 93.5 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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