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万見
- PDB-8slv: Structure of a salivary alpha-glucosidase from the mosquito vecto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8slv
タイトルStructure of a salivary alpha-glucosidase from the mosquito vector Aedes aegypti.
要素Salivary alpha-glucosidase
キーワードHYDROLASE / Salivary alpha-glucosidase / mosquito
機能・相同性
機能・相同性情報


: / alpha-glucosidase
類似検索 - 分子機能
Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CYSTEINE / ISOPROPYL ALCOHOL / 1,3-PROPANDIOL / Probable maltase
類似検索 - 構成要素
生物種Aedes aegypti (ネッタイシマカ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Gittis, A.G. / Williams, A.E. / Garboczi, D. / Calvo, E.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Insect Biochem.Mol.Biol. / 年: 2024
タイトル: Structural and functional comparisons of salivary alpha-glucosidases from the mosquito vectors Aedes aegypti, Anopheles gambiae, and Culex quinquefasciatus.
著者: Williams, A.E. / Gittis, A.G. / Botello, K. / Cruz, P. / Martin-Martin, I. / Valenzuela Leon, P.C. / Sumner, B. / Bonilla, B. / Calvo, E.
履歴
登録2023年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Salivary alpha-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,04417
ポリマ－66,7611
非ポリマー1,28316
水5,891327
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Dynamic Light Scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.760, 51.030, 70.750
Angle α, β, γ (deg.)101.816, 94.658, 95.764
Int Tables number1
Space group name H-MP1
Space group name HallP1

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 A

#1: タンパク質 Salivary alpha-glucosidase


分子量: 66760.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aedes aegypti (ネッタイシマカ)
遺伝子: MAL1, MAL I, AAEL000392 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P13080, alpha-glucosidase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 8種, 342分子

#3: 化合物 ChemComp-CYS / CYSTEINE / システイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 121.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7NO2S
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#7: 化合物 ChemComp-PDO / 1,3-PROPANDIOL / 1,3-プロパンジオ-ル


分子量: 76.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O2
#8: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#9: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.84 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.2 M magnesium chloride hexahydrate, , 0.1 M HEPES sodium pH 7.5, 30% v/v 2-propanol

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データ収集

回折平均測定温度: 95.5 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→24.79 Å / Num. obs: 27047 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 19.86 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rrim(I) all: 0.039 / Net I/σ(I): 26.95
反射 シェル解像度: 2.32→2.38 Å / 冗長度: 2.88 % / Mean I/σ(I) obs: 11.82 / Num. unique obs: 1623 / CC1/2: 0.98 / Rrim(I) all: 0.106 / % possible all: 78.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.32→22.55 Å / SU ML: 0.2075 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 18.5432
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1884 1998 7.39 %
Rwork0.1459 25030 -
obs0.149 27028 94.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 21.48 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→22.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4505 0 74 327 4906
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01134691
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20756374
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0732670
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0067826
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.73131693
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.32-2.380.20711140.1461421X-RAY DIFFRACTION77.1
2.38-2.440.20641430.15411797X-RAY DIFFRACTION93.81
2.44-2.510.23831400.1521761X-RAY DIFFRACTION94.39
2.51-2.60.22531420.15751793X-RAY DIFFRACTION95.41
2.6-2.690.22181460.1631822X-RAY DIFFRACTION95.53
2.69-2.80.22881430.1591798X-RAY DIFFRACTION95.62
2.8-2.920.22131440.16561797X-RAY DIFFRACTION95.99
2.92-3.080.20151470.16841831X-RAY DIFFRACTION96.25
3.08-3.270.21111450.15221826X-RAY DIFFRACTION96.81
3.27-3.520.18921460.151827X-RAY DIFFRACTION96.91
3.52-3.870.1481460.13531830X-RAY DIFFRACTION97.44
3.87-4.430.14641490.12021867X-RAY DIFFRACTION97.77
4.43-5.570.16941480.12511851X-RAY DIFFRACTION98.52
5.57-22.550.1731450.15071809X-RAY DIFFRACTION96.11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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