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- PDB-8slr: Crystal Structure of mouse TRAIL -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8slr
タイトルCrystal Structure of mouse TRAIL
要素Tumor necrosis factor ligand superfamily member 10
キーワードCYTOKINE / TRAIL / APOPTOSIS / PRO-APOPTOTIC / TNF SUPERFAMILY
機能・相同性
機能・相同性情報


TRAIL signaling / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / TRAIL binding / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / cytokine activity ...TRAIL signaling / Regulation by c-FLIP / CASP8 activity is inhibited / Dimerization of procaspase-8 / TRAIL binding / tumor necrosis factor receptor superfamily binding / tumor necrosis factor receptor binding / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / cytokine activity / response to insulin / male gonad development / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / immune response / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / extracellular space / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tumour necrosis factor ligand 10/11 / Tumour necrosis factor, conserved site / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) signature. / Tumour necrosis factor family. / TNF(Tumour Necrosis Factor) family / Tumour necrosis factor domain / Tumor necrosis factor (TNF) homology domain (THD) profile. / Tumour necrosis factor-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Tumor necrosis factor ligand superfamily member 10
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Pedersen, L.C. / Xu, D.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)ZIC-ES102645 米国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)AR070179 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2024
タイトル: Heparan sulfate promotes TRAIL-induced tumor cell apoptosis.
著者: Luo, Y. / Hao, H. / Wang, Z. / Ong, C.Y. / Dutcher, R. / Xu, Y. / Liu, J. / Pedersen, L.C. / Xu, D.
履歴
登録2023年4月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5647
ポリマ－20,2241
非ポリマー3406
水1,856103
1
D: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 10
ヘテロ分子

D: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 10
ヘテロ分子

D: Tumor necrosis factor ligand superfamily member 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,69221
ポリマ－60,6723
非ポリマー1,02018
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area15660 Å2
ΔGint-186 kcal/mol
Surface area17020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.350, 147.350, 147.350
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number213
Space group name H-MP4132
Space group name HallP4bd2ab3
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/4,-z+1/4,y+3/4
#3: x+3/4,z+1/4,-y+1/4
#4: z+3/4,y+1/4,-x+1/4
#5: -z+1/4,y+3/4,x+1/4
#6: -y+1/4,x+3/4,z+1/4
#7: y+1/4,-x+1/4,z+3/4
#8: z,x,y
#9: y,z,x
#10: -y+1/2,-z,x+1/2
#11: z+1/2,-x+1/2,-y
#12: -y,z+1/2,-x+1/2
#13: -z+1/2,-x,y+1/2
#14: -z,x+1/2,-y+1/2
#15: y+1/2,-z+1/2,-x
#16: x+1/2,-y+1/2,-z
#17: -x,y+1/2,-z+1/2
#18: -x+1/2,-y,z+1/2
#19: y+3/4,x+1/4,-z+1/4
#20: -y+3/4,-x+3/4,-z+3/4
#21: z+1/4,-y+1/4,x+3/4
#22: -z+3/4,-y+3/4,-x+3/4
#23: -x+1/4,z+3/4,y+1/4
#24: -x+3/4,-z+3/4,-y+3/4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-301-

ZN

21D-302-

CL

31D-467-

HOH

41D-482-

HOH

51D-503-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 D

#1: タンパク質 Tumor necrosis factor ligand superfamily member 10 / TNF-related apoptosis-inducing ligand / Protein TRAIL


分子量: 20223.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tnfsf10, Trail / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Origami-B / 参照: UniProt: P50592

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非ポリマー , 5種, 109分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 81.34 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Protein: 4.4mg/ml Trail+ 1mM 12merNS2S6S in 25mM HEPES pH 7.1, 150mM NaCl Reservoir: 0.085M HEPES pH 7.5, 8.5% PEG 8000, 8.5%EG

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 22033 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 40.51 Å2 / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.998 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 9.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 1097 / CC1/2: 0.784 / CC star: 0.937 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DU3

1du3


解像度: 2.4→44.43 Å / SU ML: 0.1919 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 15.955
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1825 1089 4.99 %
Rwork0.1598 20722 -
obs0.1609 21811 99.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 47.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→44.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1250 0 15 103 1368
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00611358
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81631837
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0566193
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0076238
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6437498
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.510.24391330.23232518X-RAY DIFFRACTION98.29
2.51-2.640.21661300.19592512X-RAY DIFFRACTION98.51
2.64-2.810.18421350.18222523X-RAY DIFFRACTION98.85
2.81-3.020.18661360.18752564X-RAY DIFFRACTION99.08
3.02-3.330.17711330.15952557X-RAY DIFFRACTION99.23
3.33-3.810.17251360.15172606X-RAY DIFFRACTION99.89
3.81-4.80.1421400.11872645X-RAY DIFFRACTION99.79
4.8-44.430.21491460.16852797X-RAY DIFFRACTION99.16
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9442262318-0.6871754126583.339231247556.11383842557-0.1852308598689.512437393760.4174989487650.4810514303030.4946642289930.346924602259-0.182524253870.106241619497-0.1012917604120.4315298686190.2358288513470.366303736758-0.002230616586770.09469322302280.222672210856-0.003872452828450.312735755422.068208839428.35568000939.89880976035
24.20355470658-2.24105252099-1.011593104091.44048963713-0.5260941113855.081864577580.236875290587-1.228740140270.9461399143490.132560137770.04656605677250.7106414502191.715722576320.374651550784-0.3621931255481.214165993780.00292525279885-0.2896358250660.860926026234-0.06372943126781.039711382753.7703353977625.2241858302-2.39792374384
36.29672848999-5.31994742245.608029388145.05717971713-3.916664541516.248412472570.3806704576750.564137754099-0.322795043547-1.23627788476-0.193670352642-0.3823665723630.1944713076690.435903399515-0.3367590750680.5480008357480.08762145325890.02136064593630.444707425755-0.0447898062590.392360468895-4.1680670381929.34989711936.2758051582
48.77034532274-2.916594306265.235024483023.54518173771-1.693609617633.1579173432-0.46521179815-0.780775595058-0.5937336874130.613816094970.5975993186760.584396153617-0.454566479569-0.576567501151-0.2528127382310.3747793836180.05465866552080.07656464677960.5111353396710.06831775181250.4118904157630.48376637375519.8218475227.3812567607
51.719661700490.174804945108-0.2599067010892.281310305760.9114266202651.485161771770.0174717998697-0.2234091418010.03935559680370.170690380103-0.004641205881940.0678626138191-0.112530613776-0.0528455660027-0.01564970941810.2818524069380.0366392239664-0.03126862688970.353194653360.0264844902480.249872106337.1691122640323.069231451923.4409096637
61.435671748480.154442275671-0.06833164175354.973071347231.246173601872.487916611620.02193797006450.222140780278-0.116466074766-0.1666734866240.009213601789190.05982423179960.135408355576-0.133801732114-0.02402460405320.3138184541690.0319452868982-0.01544944721630.386591726233-0.003389032606880.3137686379062.31415579822.73683934158.88408942754
71.29769626573-0.3395164077060.3414979301381.922295714420.7292537917381.76484042575-0.003913520205760.0871955401213-0.247854456808-0.2161030949160.03035386195330.2367476029230.152179104583-0.26731274963-0.1298911955240.342839412054-0.00782470681322-0.02144317728640.385067265245-0.00551298509780.3612937441583.7232802379910.92936436099.55595479507
86.462523467244.174128695744.077646251413.831683921544.098322053844.89587512580.027482309317-0.02852326318380.06738979079560.02075002216280.07228419089150.0364604098705-0.104843867087-0.0194245868841-0.07690750409060.2473004649420.04560871825430.0006827770420620.2704027575850.01034101931330.1980825435994.5593832364731.197957734119.0438617394
97.382020767991.127250405994.716265199391.716612988280.04144755870423.357847683510.124261989051-0.865080233403-0.1586125533670.129975974598-0.04894184865880.03760994859750.10349238253-1.07641826488-0.123412872450.331147286129-0.01990938997650.00499150079780.4765601032960.02917597435080.47017510807-2.4054596261712.305767809218.7122942154
103.090068559680.233518070869-1.392044628712.240399229-0.5826925103146.834118304710.346454662809-0.3674407090590.1060408902980.371593619678-0.1851432114-0.430221783997-0.1021640031420.685808077274-0.20931753860.2810831849870.0563206393365-0.04394633482440.301703399267-0.05159283818570.2995980509814.578948943423.806079466622.6194302851
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: D / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'D' and (resid 124 through 133 )124 - 1331 - 10
22chain 'D' and (resid 134 through 143 )134 - 14311 - 20
33chain 'D' and (resid 144 through 153 )144 - 15321 - 30
44chain 'D' and (resid 154 through 163 )154 - 16331 - 40
55chain 'D' and (resid 164 through 197 )164 - 19741 - 74
66chain 'D' and (resid 198 through 232 )198 - 23275 - 102
77chain 'D' and (resid 233 through 254 )233 - 254103 - 124
88chain 'D' and (resid 255 through 264 )255 - 264125 - 134
99chain 'D' and (resid 265 through 277 )265 - 277135 - 147
1010chain 'D' and (resid 278 through 285 )278 - 285148 - 155

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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