PDB-8slb: X-ray structure of CorA N-terminal domain in complex with conform...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8slb

タイトル

X-ray structure of CorA N-terminal domain in complex with conformation-specific synthetic antibody C12

要素

Cobalt/magnesium transport protein CorA
sAB C12 Heavy Chain
sAB C12 Light Chain

キーワード

METAL TRANSPORT / ion channel / magnesium channel / regulatory domain / divalent metal cation binding protein / MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

cobalt ion transport / magnesium ion transmembrane transport / cobalt ion transmembrane transporter activity / magnesium ion transmembrane transporter activity / cobalt ion binding / protein homooligomerization / magnesium ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.04 Å

データ登録者

Dominik, P.K. / Erramilli, S.K. / Reddy, B.G. / Kossiakoff, A.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2023
タイトル: Conformation-specific Synthetic Antibodies Discriminate Multiple Functional States of the Ion Channel CorA.
著者: Erramilli, S.K. / Dominik, P.K. / Deneka, D. / Tokarz, P. / Kim, S.S. / Reddy, B.G. / Skrobek, B.M. / Dalmas, O. / Perozo, E. / Kossiakoff, A.A.

履歴

登録	2023年4月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年6月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月12日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.2	2023年7月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8slb.cif.gz	300 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8slb.ent.gz	240.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8slb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/8slb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sl/8slb	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Cobalt/magnesium transport protein CorA

H: sAB C12 Heavy Chain

L: sAB C12 Light Chain

ヘテロ分子

83.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	137.338, 44.527, 150.634
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.01, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

#1: タンパク質	Cobalt/magnesium transport protein CorA 分子量: 34277.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア) 遺伝子: corA, TM_0561 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q9WZ31
#2: 抗体	sAB C12 Heavy Chain 分子量: 25984.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体	sAB C12 Light Chain 分子量: 23437.037 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 585 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.38 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8 詳細: 8% dextrane sulfate, 17% PEG 3350, 0.02 M citric acid/0.08 M bis-Tris propane pH 8.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0332 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月15日 / 詳細: 3.3 Undulator (Undulator A)
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.038→45.82 Å / Num. obs: 55678 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.056 / R_pim(I) all: 0.054 / R_rim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 13.1
反射シェル	解像度: 2.04→2.09 Å / R_merge(I) obs: 0.657 / Num. unique obs: 4041 / R_pim(I) all: 0.637 / R_rim(I) all: 0.918

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS	20190417	データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.04→45.82 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 9.933 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21785	2747	4.9 %	RANDOM
R_work	0.16559	-	-	-
obs	0.16826	52871	99.3 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.968 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.99 Å²	-0 Å²	-1.28 Å²
2-	-	-0.34 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.78 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.04→45.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5425	0	3	585	6013

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	5603
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	5115
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.817	1.648	7618
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.385	1.572	11903
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.702	5	688
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.527	22.286	280
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.956	15	942
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.494	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	733
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	6226
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1190
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.066	2.869	2755
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.066	2.868	2754
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.009	4.284	3442
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.009	4.285	3443
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.922	3.248	2848
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.923	3.245	2846
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.616	4.718	4176
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.239	34.867	6229
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.107	33.968	6081
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.04→2.09 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.312	201	-
R_work	0.27	3837	-
obs	-	-	99.29 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7747	-0.2694	-0.2618	0.7204	0.3584	0.4152	-0.0001	0.0952	0.1499	-0.0472	0.0006	-0.0563	-0.016	-0.0123	-0.0005	0.1586	-0.0031	-0.0821	0.0055	0.0076	0.067	-5.6953	5.2741	-21.6136
2	2.1869	1.5483	-1.3589	11.5159	-0.3453	1.3538	-0.086	0.3406	-0.0229	-0.0357	0.2478	-0.3692	-0.1307	-0.1721	-0.1618	0.1379	-0.0313	-0.0395	0.0564	-0.0115	0.216	18.1066	27.1241	-19.368
3	2.822	0.7202	0.6098	3.5052	2.3663	1.8491	-0.1462	-0.1363	-0.0133	0.0411	0.19	-0.1244	-0.0189	0.1274	-0.0438	0.1291	0.0192	-0.0865	0.025	-0.0101	0.0657	6.2253	0.794	-9.6154
4	9.4416	1.8111	10.0646	0.6813	3.5679	18.7662	0.3063	0.4806	-0.2303	0.0009	0.025	-0.0634	0.0422	0.1731	-0.3314	0.0396	0.0078	-0.0183	0.0698	-0.0038	0.0247	21.5475	8.1715	-3.1717
5	1.4995	-0.3216	0.5934	0.2739	-0.2582	0.6991	0.0083	-0.0279	0.025	-0.0233	0.0361	0.038	0.011	0.0174	-0.0443	0.1116	0.0026	-0.0961	0.011	-0.0032	0.0891	-36.8295	7.83	-16.1336
6	1.5022	0.5423	-0.2412	2.4916	-2.1591	3.0869	-0.3469	-0.1529	0.4193	0.3518	0.1636	-0.1491	-0.2807	-0.3194	0.1832	0.1891	0.0677	-0.1627	0.064	-0.0719	0.1601	-68.3886	-9.4499	-17.4103
7	5.0356	6.6413	-0.1622	16.3911	-0.3609	1.4218	-0.1728	-0.4396	0.4968	0.3713	0.0897	0.7929	0.0643	-0.3122	0.0831	0.0582	0.0488	-0.0059	0.1728	-0.0451	0.0713	-79.3948	-11.3734	-17.8061
8	2.3524	1.1355	-0.7726	1.4036	-0.1217	1.0908	0.0539	-0.2037	-0.1311	0.003	-0.0351	0.0294	0.0352	0.1053	-0.0188	0.1398	-0.0114	-0.1006	0.0253	0.022	0.0873	-34.4704	-9.0166	-4.4398
9	1.0573	-0.5477	1.5849	1.0194	-0.2409	3.0184	-0.0037	0.0292	-0.0039	0.0579	-0.0325	0.0368	0.0104	0.0272	0.0362	0.0785	-0.0291	-0.0552	0.0125	0.0212	0.047	-62.5585	-24.2568	-19.6237
10	1.5551	-0.3499	1.489	1.4354	-0.3656	3.5448	-0.0391	0.0318	-0.0501	-0.0151	-0.0179	0.0373	0.0493	-0.0972	0.0571	0.052	-0.0203	-0.0355	0.0129	0.0049	0.0423	-64.0669	-25.4264	-20.5028

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	9 - 184
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	185 - 219
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	220 - 258
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	259 - 266
5	X-RAY DIFFRACTION	5	H	4 - 136
6	X-RAY DIFFRACTION	6	H	137 - 226
7	X-RAY DIFFRACTION	7	H	227 - 232
8	X-RAY DIFFRACTION	8	L	1 - 107
9	X-RAY DIFFRACTION	9	L	108 - 161
10	X-RAY DIFFRACTION	10	L	162 - 214

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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