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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8skf | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Betaine aldehyde dehydrogenase (BetB) from Klebsiella aerogenes (Lattice Translocation Disorder) | |||||||||
![]() | Betaine aldehyde dehydrogenase | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / BetB / lattice translocation disorder | |||||||||
機能・相同性 | ![]() betaine-aldehyde dehydrogenase / betaine-aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of Betaine aldehyde dehydrogenase (BetB) from Klebsiella aerogenes (Lattice Translocation Disorder) 著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Cooper, A. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 407.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 330.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 54062.281 Da / 分子数: 2 / 変異: V62A, Q485P / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: betB_3 / プラスミド: KlaeA.00020.b.B1 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 824分子 ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/NAD.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NAD.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/PG4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-PG4 / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.87 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: JCSG+ C4: 10% (w/v) PEG 6K, 0.10 M HEPES pH 7.0, KlaeA.00020.b.B1.PW39167 at 17 mg/mL. Plate: 13125, well C4 drop 2. Puck: PSL-0714, Cryo: 20% PEG200 + 80% crystallant. 2mM NAD added prior to ...詳細: JCSG+ C4: 10% (w/v) PEG 6K, 0.10 M HEPES pH 7.0, KlaeA.00020.b.B1.PW39167 at 17 mg/mL. Plate: 13125, well C4 drop 2. Puck: PSL-0714, Cryo: 20% PEG200 + 80% crystallant. 2mM NAD added prior to crystallization. The intensities were corrected for lattice translocation disorder which orginally caused high Rfactors (~25% and 29% for R and Rfree) and residual positive electron density throughout the polypeptide chains. The correction was based on major non-origin Patterson peaks, 1) (0.500, 0.027, 0.500) and its inverse (0.500, -0.027, 0.500) and 2) (0.000, 0.054, 0.000) PH範囲: ' |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月14日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→163.07 Å / Num. obs: 119740 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.161 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 10.5 / Num. measured all: 1639041 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 1.439 / Num. measured all: 118437 / Num. unique obs: 8785 / CC1/2: 0.886 / Rpim(I) all: 0.404 / Rrim(I) all: 1.495 / Χ2: 1 / Net I/σ(I) obs: 1.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→81.53 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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