PDB-8skf: Crystal Structure of Betaine aldehyde dehydrogenase (BetB) from K...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8skf

タイトル

Crystal Structure of Betaine aldehyde dehydrogenase (BetB) from Klebsiella aerogenes (Lattice Translocation Disorder)

要素

Betaine aldehyde dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / BetB / lattice translocation disorder

機能・相同性

機能・相同性情報

betaine-aldehyde dehydrogenase / betaine-aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella aerogenes (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	HHSN272201700059C	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of Betaine aldehyde dehydrogenase (BetB) from Klebsiella aerogenes (Lattice Translocation Disorder)
著者: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Cooper, A.

履歴

登録	2023年4月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8skf.cif.gz	407.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8skf.ent.gz	330.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8skf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/8skf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/8skf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#127 - 2010年7月クリスタリン (Crystallins) 類似性 (7) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Betaine aldehyde dehydrogenase

B: Betaine aldehyde dehydrogenase

ヘテロ分子

111 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.822, 184.823, 163.066
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Betaine aldehyde dehydrogenase 分子量: 54062.281 Da / 分子数: 2 / 変異: V62A, Q485P / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes (バクテリア) 遺伝子: betB_3 / プラスミド: KlaeA.00020.b.B1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A447LC14

-
非ポリマー , 5種, 824分子

#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 813 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.87 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: JCSG+ C4: 10% (w/v) PEG 6K, 0.10 M HEPES pH 7.0, KlaeA.00020.b.B1.PW39167 at 17 mg/mL. Plate: 13125, well C4 drop 2. Puck: PSL-0714, Cryo: 20% PEG200 + 80% crystallant. 2mM NAD added prior to ...詳細: JCSG+ C4: 10% (w/v) PEG 6K, 0.10 M HEPES pH 7.0, KlaeA.00020.b.B1.PW39167 at 17 mg/mL. Plate: 13125, well C4 drop 2. Puck: PSL-0714, Cryo: 20% PEG200 + 80% crystallant. 2mM NAD added prior to crystallization. The intensities were corrected for lattice translocation disorder which orginally caused high Rfactors (~25% and 29% for R and Rfree) and residual positive electron density throughout the polypeptide chains. The correction was based on major non-origin Patterson peaks, 1) (0.500, 0.027, 0.500) and its inverse (0.500, -0.027, 0.500) and 2) (0.000, 0.054, 0.000) PH範囲: '

結晶

マシュー密度: 2.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.87 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: JCSG+ C4: 10% (w/v) PEG 6K, 0.10 M HEPES pH 7.0, KlaeA.00020.b.B1.PW39167 at 17 mg/mL. Plate: 13125, well C4 drop 2. Puck: PSL-0714, Cryo: 20% PEG200 + 80% crystallant. 2mM NAD added prior to ...
PH範囲: '

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月14日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→163.07 Å / Num. obs: 119740 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.155 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.161 / Χ²: 1.01 / Net I/σ(I): 10.5 / Num. measured all: 1639041
反射シェル	解像度: 1.8→1.85 Å / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.5 % / R_merge(I) obs: 1.439 / Num. measured all: 118437 / Num. unique obs: 8785 / CC_1/2: 0.886 / R_pim(I) all: 0.404 / R_rim(I) all: 1.495 / Χ²: 1 / Net I/σ(I) obs: 1.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.21rc1_4932: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.8→81.53 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2074	5962	4.99 %
R_work	0.1741	-	-
obs	0.1758	119370	99.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→81.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7492	0	152	813	8457

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	7992
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.99	10852
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.458	2926
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	1200
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1417

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.3471	189	0.2865	3741	X-RAY DIFFRACTION	99
1.82-1.84	0.3035	211	0.2719	3708	X-RAY DIFFRACTION	99
1.84-1.86	0.2868	194	0.2567	3767	X-RAY DIFFRACTION	100
1.86-1.89	0.2975	193	0.2569	3726	X-RAY DIFFRACTION	100
1.89-1.91	0.3046	208	0.2569	3707	X-RAY DIFFRACTION	100
1.91-1.94	0.2961	163	0.2499	3791	X-RAY DIFFRACTION	99
1.94-1.97	0.2795	206	0.2366	3727	X-RAY DIFFRACTION	99
1.97-2	0.2316	186	0.2331	3773	X-RAY DIFFRACTION	100
2-2.03	0.2768	183	0.2308	3741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.03-2.06	0.2639	205	0.2091	3745	X-RAY DIFFRACTION	100
2.06-2.1	0.2422	236	0.1937	3735	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1-2.13	0.228	179	0.1832	3777	X-RAY DIFFRACTION	100
2.13-2.18	0.2361	182	0.1818	3792	X-RAY DIFFRACTION	100
2.18-2.22	0.2056	197	0.1773	3738	X-RAY DIFFRACTION	100
2.22-2.27	0.2064	218	0.1758	3768	X-RAY DIFFRACTION	100
2.27-2.32	0.211	208	0.1636	3750	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.38	0.1948	197	0.1573	3762	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.44	0.1959	206	0.1542	3780	X-RAY DIFFRACTION	100
2.44-2.51	0.1862	192	0.16	3778	X-RAY DIFFRACTION	100
2.51-2.6	0.1971	210	0.1536	3788	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.69	0.1821	219	0.1574	3759	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.8	0.2172	175	0.1584	3783	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8-2.92	0.1967	197	0.1602	3817	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3.08	0.1849	210	0.1696	3790	X-RAY DIFFRACTION	100
3.08-3.27	0.1918	188	0.1785	3795	X-RAY DIFFRACTION	100
3.27-3.52	0.2167	226	0.1705	3809	X-RAY DIFFRACTION	100
3.52-3.88	0.2017	181	0.1549	3830	X-RAY DIFFRACTION	100
3.88-4.44	0.1594	214	0.1313	3841	X-RAY DIFFRACTION	100
4.44-5.59	0.1546	196	0.1297	3889	X-RAY DIFFRACTION	100
5.59-81.53	0.1798	193	0.1751	4001	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4577	0.4491	0.0855	0.6479	-0.2698	1.1359	-0.0401	-0.0557	0.0284	0.2407	0.039	-0.0237	-0.0553	0.1463	-0.0179	0.1455	0.0293	0.0201	0.2195	0.0008	0.1404	31.8913	51.5631	-6.9346
2	3.2146	0.2706	0.2735	1.7911	0.3243	1.0859	0.0277	-0.0157	-0.5304	-0.003	-0.0455	0.1247	0.1588	-0.0005	0.0699	0.1758	0.005	0.0622	0.1379	0.0379	0.1421	15.4412	35.7451	-19.1084
3	0.3757	0.2312	0.1588	0.5288	0.2673	0.5313	-0.0002	-0.0211	-0.0029	0.006	-0.0003	-0.0573	-0.0102	0.062	0.0077	0.181	0.0077	0.0672	0.182	0.0086	0.1767	17.5293	44.5054	-23.0701
4	1.157	-1.1527	0.1913	2.5207	0.0281	0.2488	0.0232	0.1238	-0.0528	-0.0328	-0.0668	0.0087	0.0238	0.0986	0.0431	0.2167	-0.024	0.0576	0.2074	-0.0044	0.1964	22.3215	60.9535	-32.3773
5	0.9496	-0.2295	0.0692	1.9234	-0.9096	1.9168	0.0223	-0.0516	0.1261	0.3056	-0.0296	-0.1609	-0.2009	0.1731	0.0159	0.2201	-0.0628	0.0157	0.1421	-0.0385	0.2122	26.2711	76.0474	-22.7792
6	0.9184	0.3484	0.3959	0.9753	0.188	0.481	-0.0066	0.0711	0.0339	0.0172	0.0022	-0.0669	-0.0482	0.0788	0.0151	0.1912	-0.0193	0.071	0.1622	0.0033	0.1725	19.197	68.5161	-36.465
7	1.0771	-0.3122	-0.5751	0.264	0.1417	1.0121	-0.0114	0.0796	-0.0492	-0.0894	-0.0236	-0.0672	0.0559	-0.0363	0.0644	0.1901	0.0067	0.0566	0.1858	0.0277	0.1624	8.9769	28.4558	-44.8832
8	0.8708	-0.2125	-0.3475	4.1551	-0.154	0.1515	-0.0645	0.3103	-0.0031	-0.6135	0.0381	-0.2735	-0.0147	0.0104	-0.0059	0.219	-0.018	0.0833	0.2999	0.023	0.1766	32.42	40.4867	-72.0432
9	0.1345	-0.0636	-0.0315	0.5671	0.3704	0.6307	-0.005	0.0633	0.0573	-0.0406	-0.0126	-0.0509	0.0068	0.0075	0.0152	0.1621	-0.0001	0.0611	0.1767	0.0207	0.1817	14.7131	44.4539	-59.7354
10	0.4229	0.1747	-0.1535	1.0247	-0.3331	0.3321	-0.0259	0.0318	-0.0359	-0.01	-0.0026	-0.0818	0.0772	0.0894	0.023	0.1807	0.024	0.068	0.1939	-0.015	0.1893	25.0574	23.4506	-55.1073
11	0.1518	-0.1371	-0.0216	0.6723	0.1724	0.2995	-0.0093	-0.0335	-0.0342	0.0069	0.0143	-0.0639	0.0513	0.0567	-0.014	0.1551	0.0139	0.0735	0.1733	0.0073	0.1755	17.1906	26.7384	-43.4297

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -6 through 42 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 43 through 81 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 82 through 230 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 231 through 290 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 291 through 363 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 364 through 465 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 466 through 490 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 2 through 42 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 43 through 195 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 196 through 363 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 364 through 490 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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