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Yorodumi- PDB-8skf: Crystal Structure of Betaine aldehyde dehydrogenase (BetB) from K... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8skf | |||||||||
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Title | Crystal Structure of Betaine aldehyde dehydrogenase (BetB) from Klebsiella aerogenes (Lattice Translocation Disorder) | |||||||||
Components | Betaine aldehyde dehydrogenase | |||||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / SSGCID / STRUCTURAL GENOMICS / SEATTLE STRUCTURAL GENOMICS CENTER FOR INFECTIOUS DISEASE / BetB / lattice translocation disorder | |||||||||
Function / homology | Function and homology information betaine-aldehyde dehydrogenase / betaine-aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Klebsiella aerogenes (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8 Å | |||||||||
Authors | Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) | |||||||||
Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: To be published Title: Crystal Structure of Betaine aldehyde dehydrogenase (BetB) from Klebsiella aerogenes (Lattice Translocation Disorder) Authors: Liu, L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Cooper, A. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8skf.cif.gz | 407.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8skf.ent.gz | 330.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8skf.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8skf_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8skf_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | 8skf_validation.xml.gz | 43.6 KB | Display | |
Data in CIF | 8skf_validation.cif.gz | 65.7 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/8skf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sk/8skf | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 54062.281 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: V62A, Q485P Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Klebsiella aerogenes (bacteria) / Gene: betB_3 / Plasmid: KlaeA.00020.b.B1 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: A0A447LC14 |
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-Non-polymers , 5 types, 824 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | ChemComp-PG4 / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.99 Å3/Da / Density % sol: 58.87 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: JCSG+ C4: 10% (w/v) PEG 6K, 0.10 M HEPES pH 7.0, KlaeA.00020.b.B1.PW39167 at 17 mg/mL. Plate: 13125, well C4 drop 2. Puck: PSL-0714, Cryo: 20% PEG200 + 80% crystallant. 2mM NAD added prior ...Details: JCSG+ C4: 10% (w/v) PEG 6K, 0.10 M HEPES pH 7.0, KlaeA.00020.b.B1.PW39167 at 17 mg/mL. Plate: 13125, well C4 drop 2. Puck: PSL-0714, Cryo: 20% PEG200 + 80% crystallant. 2mM NAD added prior to crystallization. The intensities were corrected for lattice translocation disorder which orginally caused high Rfactors (~25% and 29% for R and Rfree) and residual positive electron density throughout the polypeptide chains. The correction was based on major non-origin Patterson peaks, 1) (0.500, 0.027, 0.500) and its inverse (0.500, -0.027, 0.500) and 2) (0.000, 0.054, 0.000) PH range: ' |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSLS-II / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 XE 9M / Detector: PIXEL / Date: Feb 14, 2022 |
Radiation | Monochromator: Double Crystal Si 111 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.8→163.07 Å / Num. obs: 119740 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.155 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.161 / Χ2: 1.01 / Net I/σ(I): 10.5 / Num. measured all: 1639041 |
Reflection shell | Resolution: 1.8→1.85 Å / % possible obs: 99.9 % / Redundancy: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 1.439 / Num. measured all: 118437 / Num. unique obs: 8785 / CC1/2: 0.886 / Rpim(I) all: 0.404 / Rrim(I) all: 1.495 / Χ2: 1 / Net I/σ(I) obs: 1.9 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.8→81.53 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 24.63 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.8→81.53 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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