[日本語] English
万見
- PDB-8sk0: Crystal structure of EvdS6 decarboxylase in ligand bound state -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sk0
タイトルCrystal structure of EvdS6 decarboxylase in ligand bound state
要素dTDP-glucose 4,6-dehydratase
キーワードLYASE / Decarboxylase / NDP- glucuronic acid / TDP / citrate
機能・相同性
機能・相同性情報


dTDP-glucose 4,6-dehydratase / dTDP-glucose 4,6-dehydratase activity / nucleotide-sugar metabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
dTDP-glucose 4,6-dehydratase / GDP-mannose 4,6 dehydratase / NAD(P)-binding domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / THYMIDINE-5'-DIPHOSPHATE / dTDP-glucose 4,6-dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Micromonospora carbonacea (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Sharma, P. / Frigo, L. / Dulin, C.C. / Bachmann, B.O. / Iverson, T.M.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1R01AI140400 米国
American Heart Association19POST34450093 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: EvdS6 is a bifunctional decarboxylase from the everninomicin gene cluster.
著者: Dulin, C.C. / Sharma, P. / Frigo, L. / Voehler, M.W. / Iverson, T.M. / Bachmann, B.O.
履歴
登録2023年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: dTDP-glucose 4,6-dehydratase
B: dTDP-glucose 4,6-dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,7499
ポリマ－75,5412
非ポリマー2,2087
水14,952830
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6770 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area23230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.984, 76.405, 148.556
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 dTDP-glucose 4,6-dehydratase / Glucuronic acid decarboxylase


分子量: 37770.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Micromonospora carbonacea (バクテリア)
遺伝子: GA0070563_112236 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1C5ADV9, dTDP-glucose 4,6-dehydratase

-
非ポリマー , 6種, 837分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#4: 化合物 ChemComp-TYD / THYMIDINE-5'-DIPHOSPHATE / TDP


分子量: 402.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 830 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Protein concentration= 9mg/ml, Reservoir solution= 2% v/v tacsimate pH 5.0, 100mM sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 16% w/v polyethylene glycol [PEG] 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→50 Å / Num. obs: 106406 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 14.83 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 25.32
反射 シェル解像度: 1.51→1.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.604 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 5314 / CC1/2: 0.725 / Rsym value: 0.604 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.51→33.97 Å / SU ML: 0.1482 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.5182
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1989 5240 4.94 %
Rwork0.173 100833 -
obs0.1743 106073 98.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.51→33.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5034 0 145 830 6009
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00635369
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8897356
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0533808
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0087953
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.48961893
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.51-1.530.25541600.22033189X-RAY DIFFRACTION93.42
1.53-1.550.25391590.21193333X-RAY DIFFRACTION98.84
1.55-1.560.24121800.20113365X-RAY DIFFRACTION99.36
1.56-1.580.24911540.2063343X-RAY DIFFRACTION99.49
1.58-1.60.24051860.20553336X-RAY DIFFRACTION99.32
1.6-1.630.22421590.20333400X-RAY DIFFRACTION99.36
1.63-1.650.23311720.19043327X-RAY DIFFRACTION99.35
1.65-1.670.21881800.18923386X-RAY DIFFRACTION99.3
1.67-1.70.23671730.17843346X-RAY DIFFRACTION99.49
1.7-1.730.20621680.18543356X-RAY DIFFRACTION99.38
1.73-1.760.21981640.19183385X-RAY DIFFRACTION99.47
1.76-1.790.23541710.19223348X-RAY DIFFRACTION99.58
1.79-1.820.2281680.18663414X-RAY DIFFRACTION99.39
1.83-1.860.19721800.19223350X-RAY DIFFRACTION99.16
1.86-1.90.2181750.19773349X-RAY DIFFRACTION99.24
1.9-1.950.2761520.21793357X-RAY DIFFRACTION98.18
1.95-20.23611720.19223368X-RAY DIFFRACTION99.1
2-2.050.22181890.18873330X-RAY DIFFRACTION98.74
2.05-2.110.20941710.18423345X-RAY DIFFRACTION98.35
2.11-2.180.19751930.18483318X-RAY DIFFRACTION98.29
2.18-2.260.20561700.18613224X-RAY DIFFRACTION93.99
2.26-2.350.20721570.18613177X-RAY DIFFRACTION93.42
2.35-2.450.22351810.17433400X-RAY DIFFRACTION98.9
2.45-2.580.20351970.17343360X-RAY DIFFRACTION99.16
2.58-2.740.19051890.17273434X-RAY DIFFRACTION99.67
2.74-2.960.19621780.17373440X-RAY DIFFRACTION99.81
2.96-3.250.20521760.16543455X-RAY DIFFRACTION99.84
3.25-3.720.18781920.15553383X-RAY DIFFRACTION97.41
3.72-4.690.13581750.13063409X-RAY DIFFRACTION96.97
4.69-33.970.15371990.14373606X-RAY DIFFRACTION98.04

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る