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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8sjp | |||||||||||||||||||||
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タイトル | [3T15] Self-assembling DNA motif with 15 base pairs between junctions and P32 symmetry | |||||||||||||||||||||
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![]() | DNA / Tensegrity triangle / DNA nanotechnology / nanomaterials | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | DNA / DNA (> 10)![]() | |||||||||||||||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
![]() | Vecchioni, S. / Janowski, J. / Sha, R. / Ohayon, Y.P. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Engineering tertiary chirality in helical biopolymers. 著者: Janowski, J. / Pham, V.A.B. / Vecchioni, S. / Woloszyn, K. / Lu, B. / Zou, Y. / Erkalo, B. / Perren, L. / Rueb, J. / Madnick, J. / Mao, C. / Saito, M. / Ohayon, Y.P. / Jonoska, N. / Sha, R. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 93.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 61.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 397.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 414 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 7.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8sjmC ![]() 8sjnC ![]() 8sjoC ![]() 8sjqC ![]() 8sjrC ![]() 8sjsC ![]() 8sjtC ![]() 8sjuC ![]() 8sjvC ![]() 8sjwC ![]() 8sl5C ![]() 8sz5C ![]() 6xnaS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 5445.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 4081.659 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: DNA鎖 | 分子量: 4584.984 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#4: DNA鎖 | 分子量: 4881.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 11.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 89 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 / 詳細: 100 mM MOPS, 1.25 M magnesium sulfate / Temp details: 338K-293K at 0.4K/hr |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月12日 | ||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.00743 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 5.218→55.815 Å / Num. obs: 1881 / % possible obs: 84.2 % / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 318.48 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 9.6 | ||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 6XNA 解像度: 5.22→50.32 Å / SU ML: 0 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 22.3166 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 314.83 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 5.22→50.32 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 5.22→50.32 Å
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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