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- PDB-8sjj: X-ray structure of the metastable SEPT14-SEPT7 heterodimeric coil... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sjj
タイトルX-ray structure of the metastable SEPT14-SEPT7 heterodimeric coiled coil
要素
  • Septin 7
  • Septin-14
キーワードCELL CYCLE / Septin / Coiled coil
機能・相同性
機能・相同性情報


septin complex / protein localization to perinuclear region of cytoplasm / septin ring / cytoskeleton-dependent cytokinesis / motile cilium / cell division site / spermatid development / cilium assembly / acrosomal vesicle / kinetochore ...septin complex / protein localization to perinuclear region of cytoplasm / septin ring / cytoskeleton-dependent cytokinesis / motile cilium / cell division site / spermatid development / cilium assembly / acrosomal vesicle / kinetochore / neuron migration / intracellular protein localization / microtubule cytoskeleton / spermatogenesis / molecular adaptor activity / perikaryon / cytoskeleton / axon / GTPase activity / dendrite / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Septin 7 / Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Septin / Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Septin / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Septin / Septin-14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.781 Å
データ登録者Cavini, I.A. / Pereira, H.M. / Garratt, R.C.
資金援助 ブラジル, 2件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)20/02897-1 ブラジル
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)18/19992-7 ブラジル
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: X-ray structure of the metastable SEPT14-SEPT7 coiled coil reveals a hendecad region crucial for heterodimerization.
著者: Cavini, I.A. / Winter, A.J. / D'Muniz Pereira, H. / Woolfson, D.N. / Crump, M.P. / Garratt, R.C.
履歴
登録2023年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Septin-14
B: Septin-14
C: Septin 7
D: Septin 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,76614
ポリマ－40,3704
非ポリマー39610
水4,450247
1
A: Septin-14
C: Septin 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3837
ポリマ－20,1852
非ポリマー1985
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Septin-14
ヘテロ分子

D: Septin 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3837
ポリマ－20,1852
非ポリマー1985
水362
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation2_455-x-1,y+1/2,-z1
crystal symmetry operation2_355-x-2,y+1/2,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.934, 50.811, 91.558
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.36, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Septin-14


分子量: 9249.529 Da / 分子数: 2 / 断片: coiled coil domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEPTIN14, SEPT14 / プラスミド: pETSUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q6ZU15
#2: タンパク質 Septin 7


分子量: 10935.504 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 307-390 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pETSUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: A0A023T695
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.72 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.0, 24% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.781→91.294 Å / Num. obs: 22355 / % possible obs: 72.47 % / 冗長度: 6.83 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 10.602
反射 シェル解像度: 1.781→1.996 Å / Rmerge(I) obs: 1.168 / Mean I/σ(I) obs: 1.29 / Num. unique obs: 1118 / CC1/2: 0.5692 / Rpim(I) all: 0.535 / Rrim(I) all: 1.1289 / % possible all: 14.18

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3 (6-FEB-2020)精密化
STARANISOデータスケーリング
autoPROCデータ削減
Arcimboldo位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.781→91.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU R Cruickshank DPI: 0.228 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.241 / SU Rfree Blow DPI: 0.208 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.204
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2863 1141 5.1 %RANDOM
Rwork0.2206 ---
obs0.2238 22355 72.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 32.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.4664 Å20 Å22.1453 Å2
2--0.155 Å20 Å2
3---2.3114 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.781→91.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2609 0 22 247 2878
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0082705HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.853590HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1090SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes479HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2705HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.33
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.43
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion335SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2669SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.781→1.9 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2485 -5.58 %
Rwork0.2148 423 -
obs--8.14 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.60010.82881.26960.3550.9221.6076-0.1558-0.08850.0529-0.1881-0.0010.0184-0.4099-0.20780.1568-0.10150.0352-0.02460.0698-0.1208-0.03264.972540.379922.1596
22.4381.41912.19980.85421.27721.8914-0.33360.27510.1479-0.21410.17810.0792-0.4350.27030.1555-0.04890.0062-0.0314-0.0568-0.0267-0.04183.232514.3820.3236
31.14440.97541.85181.07511.80513.38910.01150.01960.09430.0702-0.14430.15840.2002-0.0030.1328-0.06880.0092-0.0531-0.025-0.0515-0.03976.197930.485618.7291
40.95370.50210.95460.18220.2880.72320.09470.363-0.30890.03060.2548-0.18090.05840.5014-0.3495-0.07970.0415-0.0448-0.0224-0.0944-0.0091-28.56675.587721.3029
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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