PDB-8sjj: X-ray structure of the metastable SEPT14-SEPT7 heterodimeric coil...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8sjj

タイトル

X-ray structure of the metastable SEPT14-SEPT7 heterodimeric coiled coil

要素

Septin 7セプチン
Septin-14セプチン

キーワード

CELL CYCLE (細胞周期) /

Septin (セプチン) /

Coiled coil (コイルドコイル)

機能・相同性

機能・相同性情報

septin complex / protein localization to perinuclear region of cytoplasm / cytoskeleton-dependent cytokinesis /

セプチン /

繊毛 / cell division site /

分裂溝 / spermatid development / acrosomal vesicle /

neuron migration ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.781 Å

データ登録者

Cavini, I.A. / Pereira, H.M. / Garratt, R.C.

資金援助

ブラジル, 2件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2023
タイトル: X-ray structure of the metastable SEPT14-SEPT7 coiled coil reveals a hendecad region crucial for heterodimerization.
著者: Cavini, I.A. / Winter, A.J. / D'Muniz Pereira, H. / Woolfson, D.N. / Crump, M.P. / Garratt, R.C.

履歴

登録	2023年4月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8sjj.cif.gz	152.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8sjj.ent.gz	118.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8sjj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/8sjj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sj/8sjj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Septin-14

B: Septin-14

C: Septin 7

D: Septin 7

ヘテロ分子

40.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Septin-14

C: Septin 7

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: light scattering, gel filtration
20.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Septin-14

ヘテロ分子

D: Septin 7

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
20.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	34.934, 50.811, 91.558
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.36, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Septin-14 / セプチン分子量: 9249.529 Da / 分子数: 2 / 断片: coiled coil domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEPTIN14, SEPT14 / プラスミド: pETSUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q6ZU15
#2: タンパク質	Septin 7 / セプチン分子量: 10935.504 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 307-390 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pETSUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: A0A023T695
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.01 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.0, 24% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.781→91.294 Å / Num. obs: 22355 / % possible obs: 72.47 % / 冗長度: 6.83 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.099 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 10.602
反射シェル	解像度: 1.781→1.996 Å / R_merge(I) obs: 1.168 / Mean I/σ(I) obs: 1.29 / Num. unique obs: 1118 / CC_1/2: 0.5692 / R_pim(I) all: 0.535 / R_rim(I) all: 1.1289 / % possible all: 14.18

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3 (6-FEB-2020)	精密化
STARANISO		データスケーリング
autoPROC		データ削減
Arcimboldo		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.781→91.29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.939 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.881 / SU R Cruickshank DPI: 0.228 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.241 / SU R_free Blow DPI: 0.208 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.204

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2863	1141	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2206	-	-	-
obs	0.2238	22355	72.5 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.76 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.4664 Å²	0 Å²	2.1453 Å²
2-	-	0.155 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.3114 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.31 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.781→91.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2609	0	22	247	2878

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.008	2705	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.85	3590	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1090	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		479	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		2705	HARMONIC	10
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.33
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	18.43
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		335	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		2669	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.781→1.9 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2485	-	5.58 %
R_work	0.2148	423	-
obs	-	-	8.14 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6001	0.8288	1.2696	0.355	0.922	1.6076	-0.1558	-0.0885	0.0529	-0.1881	-0.001	0.0184	-0.4099	-0.2078	0.1568	-0.1015	0.0352	-0.0246	0.0698	-0.1208	-0.0326	4.9725	40.3799	22.1596
2	2.438	1.4191	2.1998	0.8542	1.2772	1.8914	-0.3336	0.2751	0.1479	-0.2141	0.1781	0.0792	-0.435	0.2703	0.1555	-0.0489	0.0062	-0.0314	-0.0568	-0.0267	-0.0418	3.2325	14.38	20.3236
3	1.1444	0.9754	1.8518	1.0751	1.8051	3.3891	0.0115	0.0196	0.0943	0.0702	-0.1443	0.1584	0.2002	-0.003	0.1328	-0.0688	0.0092	-0.0531	-0.025	-0.0515	-0.0397	6.1979	30.4856	18.7291
4	0.9537	0.5021	0.9546	0.1822	0.288	0.7232	0.0947	0.363	-0.3089	0.0306	0.2548	-0.1809	0.0584	0.5014	-0.3495	-0.0797	0.0415	-0.0448	-0.0224	-0.0944	-0.0091	-28.5667	5.5877	21.3029

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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