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- PDB-8sj6: Ara h 2.01 38B7 8F3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sj6
タイトルAra h 2.01 38B7 8F3
要素
  • 38B7 heavy chain
  • 38B7 light chain
  • 8F3 heavy chain
  • 8F3 light chain
  • Ara h 2 allergen
キーワードIMMUNE SYSTEM / allergy / peanut / antibody
機能・相同性Napin/ 2S seed storage protein/Conglutin / Protease inhibitor/seed storage/LTP family / Plant lipid transfer protein / seed storage protein / trypsin-alpha amylase inhibitor domain family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / nutrient reservoir activity / metal ion binding / Ara h 2 allergen
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Arachis hypogaea (トウジンマメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.97 Å
データ登録者Spiller, B.W. / Shrem, R.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)5R01AI155668 米国
引用ジャーナル: J.Allergy Clin.Immunol. / 年: 2025
タイトル: Structural determinants of peanut induced anaphylaxis.
著者: Smith, S.A. / Shrem, R.A. / Lanca, B.B.C. / Zhang, J. / Wong, J.J.W. / Croote, D. / Peebles Jr., R.S. / Spiller, B.W.
履歴
登録2023年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: 8F3 light chain
C: 8F3 heavy chain
A: 38B7 heavy chain
B: 38B7 light chain
Q: Ara h 2 allergen


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,1925
ポリマ－112,1925
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)44.400, 182.892, 194.175
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: 抗体 8F3 light chain


分子量: 23412.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#2: 抗体 8F3 heavy chain


分子量: 24266.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): ovary
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 38B7 heavy chain


分子量: 23708.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): ovary
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 抗体 38B7 light chain


分子量: 23771.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): ovary
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#5: タンパク質 Ara h 2 allergen


分子量: 17033.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arachis hypogaea (トウジンマメ)
遺伝子: Ara h 2 / 細胞株 (発現宿主): ovary
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: A0A445BYI5
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.43 Å3/Da / Density meas: 83.4 Mg/m3 / 溶媒含有率: 64.99 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 21% p8K, 200 mM NaCl, 50 mM NaPi, 50 mM Citrate, pH 4.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2021年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.97→97.1 Å / Num. obs: 57338 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 119.95 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 3.97→4.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.652 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 5774 / CC1/2: 0.799

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROC1.0.5data processing
XDSVERSION Feb 5, 2021 BUILT=20210205データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.97→97.09 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.2938
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3018 672 4.76 %
Rwork0.2515 13441 -
obs0.2538 14113 97.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 144.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.97→97.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7501 0 0 0 7501
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00157672
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.445410426
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04091149
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00391357
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.64231054
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.97-4.280.36181570.32112608X-RAY DIFFRACTION98.61
4.28-4.710.30831220.26452683X-RAY DIFFRACTION98.49
4.71-5.390.30181200.24542684X-RAY DIFFRACTION98.18
5.39-6.790.3351400.27622681X-RAY DIFFRACTION97.68
6.79-97.090.25851330.21532785X-RAY DIFFRACTION94.62
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.572851442111-1.248582098430.3076813041434.89110281393-0.2606817869233.519802057561.37425369362-0.6355289418051.35480541134-0.9027654579610.250431341197-1.66559538532-0.780544885118-0.485290311103-1.11451119281.63587404779-0.1647516695380.6151274377641.73619680301-0.02401535143681.6106439359310.946095931353.4698037949106.337741632
22.86473988133-3.75460169111.230368370017.057279543030.8900234170483.34543639680.149137105040.467146409778-0.648875668839-0.982120073206-0.543575329442-0.285557559825-0.870533010748-1.4998378287-0.5909839784631.427042801220.178758976250.02993045008861.515155012610.06839909287071.215947887364.9328108379843.2800849528105.768290804
37.1264097731-0.234068796545.341967080873.398294665913.753488437528.512909051440.734979776801-4.317768466233.1276442955-0.808241374458-0.50024179632-1.044831871790.0219130501734-0.0375942684826-0.07827297107881.38509626360.06472405053710.1678849477681.4630913766-0.04038157630441.988187097436.6669715857946.426432306198.7204332323
44.82947790864-1.32910196392.907712813995.259087078592.505350238197.39597462604-0.797171489410.165674486442-0.30560416242-0.4105846913470.3769476955310.598304057094-1.14645172003-0.822388456533-0.08870372896041.041078616880.1141644073130.2175977670351.179539797750.03947672305911.457047526398.4224601773145.3713823281109.035274597
58.59293582221-0.82251219222-0.8533997285490.07039611133870.07750582320870.08539131885430.838869135431.18064539001-2.324196641220.4136344084690.363441176755-0.1933997042170.7801174235170.1070019154013.898637747851.628106889250.7501806661780.09314259940931.098372456170.01857622645611.24996443912-6.0511332883863.0826034737114.76369116
66.87427768379-2.390254695372.462235298417.24483339719-1.437119008797.355676629030.701649404495-0.7121566940450.2293855431790.08509627816751.52183959195-0.575758601194-0.2051667620111.231842837550.04766746189021.927696147350.2605960213470.3536337898032.01047803227-0.5563573999031.94934275021.6450738942469.6390577808143.791103689
71.006722470180.70052522416-0.08819552708872.90588523320.7047427661190.2458713670390.966010391559-0.6454071550712.04812213697-2.06006852957-0.632577491505-0.401321828062-1.066420374051.428853365830.467191567061.826944420940.3925353147330.3661918115541.61972788721-0.1475951678431.8143550723-1.5046326010567.1970774444123.880841297
84.17250978962-3.09880481286-0.6493017671813.16988493844-1.514233454164.60053515096-0.22517222388-0.735435036868-0.226578729727-2.1935545894-0.2464714038770.8819972060740.3003816993041.451559835390.1496975636591.54338680281-0.4806804916720.4638331573181.53995503261-0.5548032881681.827855136868.771361762174.4318821122130.497223757
91.32049497918-2.09439417249-0.2835284692344.09420764885-1.138080850843.78076222993-0.0863097846261-0.4089218775040.620752006246-0.251314338169-0.240112938973-1.97989942009-1.18785447780.830797013426-6.319414689781.352906427290.01385226801890.8113917341661.23041674214-0.5821633361741.989829158052.411638887667.9737906024132.929074204
103.41076951425-2.04950108614-0.7485380123555.66750981633-1.820646845131.302955614671.256378135081.026520665270.185487841802-0.06990121210530.0498145044866-2.30064783546-1.453361541280.0241903050654-1.004197130892.12317818601-0.06870969387180.4692762614271.08301078727-0.0444993069791.78546417418-1.119669745678.5894180999130.780397441
114.424938606160.4313720901465.562675637158.012101657140.8788652898077.029101366070.3026839106410.2804400442321.13823440062-0.4669804747530.3889796974370.03246302657880.314535997157-2.145371211211.830095242940.7564787985330.1208456629150.07703314014951.89610557301-0.2476216035250.84987705970315.107605367836.8859749751130.526359053
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133.47985093611-2.210039879821.597993082847.86241042633-0.1726442732973.73646812134-0.405081313453-0.3255826196120.260465799837-0.1633671201430.939328232596-0.559744199624-0.1917391803730.288621417529-0.3662003557920.939820575725-0.02963821538860.2072845642361.69458919914-0.2918611117081.2528131465221.114853507135.2131082937120.351863878
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+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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