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- PDB-8sj4: 8F3-1H9-Ara h 6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sj4
タイトル8F3-1H9-Ara h 6
要素
  • 1H9 heavy chain
  • 1H9 light chain kappa
  • 8F3 heavy chain
  • 8F3 light chain kappa
  • Conglutin
キーワードIMMUNE SYSTEM / allergy / peanut / antibody
機能・相同性Napin/ 2S seed storage protein/Conglutin / Protease inhibitor/seed storage/LTP family / Plant lipid transfer protein / seed storage protein / trypsin-alpha amylase inhibitor domain family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / nutrient reservoir activity / IgE binding / Conglutin
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
Arachis hypogaea (トウジンマメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.67 Å
データ登録者Spiller, B.W. / Shrem, R.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)5R01AI155668 米国
引用ジャーナル: J.Allergy Clin.Immunol. / 年: 2025
タイトル: Structural determinants of peanut induced anaphylaxis.
著者: Smith, S.A. / Shrem, R.A. / Lanca, B.B.C. / Zhang, J. / Wong, J.J.W. / Croote, D. / Peebles Jr., R.S. / Spiller, B.W.
履歴
登録2023年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年12月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: 1H9 heavy chain
L: 1H9 light chain kappa
D: 8F3 light chain kappa
F: 8F3 heavy chain
A: Conglutin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,5015
ポリマ－108,5015
非ポリマー00
水2,936163
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.382, 85.450, 165.831
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.170, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 HA

#1: タンパク質 1H9 heavy chain


分子量: 23013.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): ovary
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#5: タンパク質 Conglutin


分子量: 14509.228 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arachis hypogaea (トウジンマメ)
細胞株 (発現宿主): expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q647G9

-
抗体 , 3種, 3分子 LDF

#2: 抗体 1H9 light chain kappa


分子量: 23299.818 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): ovary
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#3: 抗体 8F3 light chain kappa


分子量: 23412.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): ovary
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
#4: 抗体 8F3 heavy chain


分子量: 24266.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): ovary
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)

-
非ポリマー , 1種, 163分子

#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 240 mM Sodium Malonate, pH 7.0, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.67→55 Å / Num. obs: 30930 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 43.23 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 12.95
反射 シェル解像度: 2.67→2.77 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.643 / Mean I/σ(I) obs: 2.36 / Num. unique obs: 2898 / CC1/2: 0.66 / % possible all: 93.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROC1.05data processing
XDSVERSION Jan 31, 2020 BUILT=20200417データ削減
Aimless2.3.28データスケーリング
PHASER1.20.1_4487位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.67→54.96 Å / SU ML: 0.3481 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.4771
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2316 1517 4.91 %
Rwork0.1902 29399 -
obs0.1923 30916 99.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 59.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.67→54.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7266 0 0 163 7429
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00527425
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65110091
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04941138
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00551298
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.44232694
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.67-2.760.35341120.28372508X-RAY DIFFRACTION93.01
2.76-2.860.30891140.23582692X-RAY DIFFRACTION99.93
2.86-2.970.31351430.23292666X-RAY DIFFRACTION99.96
2.97-3.110.27351450.24432649X-RAY DIFFRACTION100
3.11-3.270.24811530.20952702X-RAY DIFFRACTION100
3.27-3.480.25471370.19922648X-RAY DIFFRACTION100
3.48-3.740.25111300.192700X-RAY DIFFRACTION99.89
3.74-4.120.22051470.17882673X-RAY DIFFRACTION100
4.12-4.720.17831320.14572717X-RAY DIFFRACTION99.93
4.72-5.940.19131350.16172703X-RAY DIFFRACTION99.96
5.94-54.960.21081690.18322741X-RAY DIFFRACTION99.66
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.71681192775-0.8118650943682.559808701872.300726841170.3650119453625.933644126050.147898787954-0.216342370734-0.7257271383760.104790228363-0.0244318195648-0.1966963584340.454120548895-0.00649903787497-0.1375374255120.2213131042390.006726686835080.04296509427320.2099217416830.0661132246080.50260235298422.716735187329.305076100313.3520702813
20.867012651093-0.3334505576870.108434230051.066721652861.023930178914.40064499639-0.0182708135771-0.140891413482-0.071995166372-0.1285451913920.01813511621440.1013774903060.0178809523339-0.0351331875410.002479523851780.1827459230260.00926280949878-0.03751886259220.120941133120.01810087732060.38259068650820.52245753232.18283927026.30340985032
35.558090998830.428346820415-1.467506996962.48478254181-0.890804619563.36292384285-0.039249167978-0.0806195277023-0.298001914995-0.207263052153-0.0320444448737-0.05342136846690.2885858594110.4400123866350.09323749846310.3568781483910.0305798136739-0.07422817412010.148288896672-0.03692261841180.34283137337532.508227900425.6378586048-15.4800485422
44.04012500496-2.29132343531-3.860442522572.345589093341.160220360918.295492448710.53328960998-0.2827259895580.217006822664-0.172288441417-0.3343201010580.317526622225-1.0821937844-0.121263792112-0.2570417443510.481461970533-0.0421441432684-0.06239236525090.174838640842-0.07012514914830.47062296501826.231471857254.90882414275.42791108775
52.242316316780.133836318154-1.485794518033.35443026114-0.05770573351233.5526140558-0.134142208321-0.05521450052790.133045394202-0.157924278727-9.55177006802E-5-0.31771149694-0.3662116895080.2355401924640.1318423144060.219493017144-0.0277208529707-0.0694542154420.168566260553-0.02077865076780.37096293608534.008915429350.034378949411.8450366435
67.097133615291.98558834155-2.592364704980.522179984549-0.5385576972516.79491652843-0.4096311490320.135924574831-0.626961485101-0.140397248092-0.0334662529777-0.475495905416-0.1111255204170.3723728811960.4493759545690.266048812889-0.05901435096820.04269869140660.1596386666970.0139410182940.48565966484935.20435295947.78492092054.23642038036
78.748456035262.72144869359-1.559707211944.9155091055-4.662528858584.512969182010.224479965377-0.5275700341550.5893137932360.3158458963470.4908905950640.384473781724-0.699705322738-0.930808628764-0.6960047948610.2500013699440.09939594381360.04604936665010.204284815696-0.001440467920570.42554135780322.219776300548.015144885315.2414928878
82.82968457683-0.253572277044-2.977639435770.01713682237430.2495174662393.156898924010.160047923930.263346387440.604179424579-0.3646753280390.407623658011-0.247652475214-0.810412264064-0.0576086030578-0.5212242100780.675156561004-0.1211435702890.09521069288620.3359291690880.004846291648860.47468373627537.99600940850.4023769574-11.4847399247
95.066918435235.90348032352.053056445337.165379047732.130803391528.033528667260.3220391667850.070846506746-0.344314069152-0.905437835754-0.25941130307-0.4511710375070.915851598264-0.566817113643-0.0429419375440.6710136848420.09640555773440.04597009766310.3356654507230.03494997869420.44152732571328.627140097927.0177999177-28.281711302
106.838199908333.288223753335.005429769996.610508225133.750830009228.103418468790.168298032435-0.1176137978140.602389860746-0.404357885898-0.500425647030.049821034275-0.691608013752-0.4160472619290.3302475616740.310100804530.03104473918070.05637046314780.2531424316170.03233442568310.4204550045929.73979214441.5395811404-23.6492220545
111.22485815554-1.064586010381.796933244593.09810379893-3.624565829837.130075322920.3684038060890.2255129466540.0237600742628-0.746994652583-0.116278194770.2389943610710.152330390367-0.83199360995-0.1143356710760.582468145280.182014208483-0.06565973025960.4475259107320.01178304802330.45617963233821.401525964140.2001120986-27.703485501
128.15381072239-4.513301202880.8873650306594.592127052443.581569352848.075995251350.165921002929-0.4586814806680.345404776041-0.5968512184360.33166910309-0.1649026181540.1596194673390.372612544523-0.4007098929050.523916581151-0.0312288433258-0.03423063007410.2094103715060.0594891256130.39472673208137.92244914742.7012084503-10.4890264095
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'H' and (resid 1 through 40 )HA1 - 401 - 40
22chain 'H' and (resid 41 through 132 )HA41 - 13241 - 136
33chain 'H' and (resid 133 through 211 )HA133 - 211137 - 215
44chain 'L' and (resid 2 through 15 )LB2 - 151 - 14
55chain 'L' and (resid 16 through 76 )LB16 - 7615 - 75
66chain 'L' and (resid 77 through 91 )LB77 - 9176 - 90
77chain 'L' and (resid 92 through 103 )LB92 - 10391 - 102
88chain 'L' and (resid 104 through 114 )LB104 - 114103 - 113
99chain 'L' and (resid 115 through 129 )LB115 - 129114 - 128
1010chain 'L' and (resid 130 through 151 )LB130 - 151129 - 150
1111chain 'L' and (resid 152 through 164 )LB152 - 164151 - 163
1212chain 'L' and (resid 165 through 175 )LB165 - 175164 - 174
1313chain 'L' and (resid 176 through 213 )LB176 - 213175 - 212
1414chain 'D' and (resid 2 through 26 )DC2 - 261 - 25
1515chain 'D' and (resid 27 through 39 )DC27 - 3926 - 38
1616chain 'D' and (resid 40 through 62 )DC40 - 6239 - 61
1717chain 'D' and (resid 63 through 105 )DC63 - 10562 - 104
1818chain 'D' and (resid 106 through 165 )DC106 - 165105 - 156
1919chain 'D' and (resid 166 through 212 )DC166 - 212157 - 203
2020chain 'F' and (resid 3 through 128 )FD3 - 1281 - 128
2121chain 'F' and (resid 129 through 222 )FD129 - 222129 - 222
2222chain 'A' and (resid 12 through 23 )AE12 - 231 - 12
2323chain 'A' and (resid 24 through 34 )AE24 - 3413 - 23
2424chain 'A' and (resid 35 through 71 )AE35 - 7124 - 45
2525chain 'A' and (resid 72 through 106 )AE72 - 10646 - 80
2626chain 'A' and (resid 107 through 124 )AE107 - 12481 - 98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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