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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8sj3 | ||||||
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タイトル | Beta-lactamase CTX-M-14 E166Y/N170G | ||||||
![]() | Beta-lactamase CTX-M-14 | ||||||
![]() | HYDROLASE / beta-lactamase / enzyme / serine protease / antimicrobial resistance | ||||||
機能・相同性 | ![]() beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Judge, A. / Palzkill, T. / Sankaran, B. / Prasad, B.V.V. / Hu, L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of CTX-M-14 E166Y/N170G at 1.5 Angstroms resolution 著者: Judge, A. / Palkzill, T. / Sankaran, B. / Hu, L. / Prasad, B.V.V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 277.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 186.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 431 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 432 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 24.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27977.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.57 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.2 M ammonium chloride, 0.1 M sodium acetate, 20% w/v PEG 6,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2021年4月28日 |
放射 | モノクロメーター: Double-crystal Si(111) and multilayer プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.999889 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→32.97 Å / Num. obs: 70681 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 13.5 Å2 / CC1/2: 0.82 / Net I/σ(I): 3.26 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.554 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.18 / Num. unique obs: 7283 / CC1/2: 0.487 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.07 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→32.97 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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