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万見
- PDB-8siy: Origin Recognition Complex Associated (ORCA) protein bound to H4K... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8siy
タイトルOrigin Recognition Complex Associated (ORCA) protein bound to H4K20me3-nucleosome
要素
  • (Widom 601 DNA) x 2
  • Histone H2A
  • Histone H2B
  • Histone H3.2
  • Histone H4
  • Leucine-rich repeat and WD repeat-containing protein 1
  • Origin recognition complex subunit 2
キーワードREPLICATION / chromatin binding / ORC binding / nucleosome
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of ATR in response to replication stress / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / CDC6 association with the ORC:origin complex / Activation of the pre-replicative complex / Orc1 removal from chromatin / origin recognition complex / establishment of protein localization to chromatin / nuclear origin of replication recognition complex / inner kinetochore / methyl-CpG binding ...Activation of ATR in response to replication stress / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / CDC6 association with the ORC:origin complex / Activation of the pre-replicative complex / Orc1 removal from chromatin / origin recognition complex / establishment of protein localization to chromatin / nuclear origin of replication recognition complex / inner kinetochore / methyl-CpG binding / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / heterochromatin / pericentric heterochromatin / : / kinetochore / structural constituent of chromatin / nucleosome / heterochromatin formation / nucleosome assembly / chromatin organization / chromosome, telomeric region / DNA replication / protein heterodimerization activity / centrosome / chromatin binding / chromatin / nucleolus / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Leucine-rich repeat and WD repeat-containing protein 1, LRR / Leucine-rich repeat and WD repeat-containing protein 1, WD domain / Origin recognition complex subunit 2 RecA-like domain / Origin recognition complex, subunit 2 / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. ...: / : / : / Leucine-rich repeat and WD repeat-containing protein 1, LRR / Leucine-rich repeat and WD repeat-containing protein 1, WD domain / Origin recognition complex subunit 2 RecA-like domain / Origin recognition complex, subunit 2 / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / : / Histone H2B signature. / Histone H2B / Histone H2B / Leucine-rich repeat / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone H2A / Histone 2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Leucine-rich repeat domain superfamily / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Leucine-rich repeat and WD repeat-containing protein 1 / Histone H4 / Histone H2B 1.1 / Histone H2A type 1 / Histone H3.2 / Origin recognition complex subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Bleichert, F. / Ekundayo, B.E.
資金援助 米国, European Union, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM141313 米国
European Research Council (ERC)ERC-STG-757909European Union
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2023
タイトル: A dual role for the chromatin reader ORCA/LRWD1 in targeting the origin recognition complex to chromatin.
著者: Sumon Sahu / Babatunde E Ekundayo / Ashish Kumar / Franziska Bleichert /
要旨: Eukaryotic cells use chromatin marks to regulate the initiation of DNA replication. The origin recognition complex (ORC)-associated protein ORCA plays a critical role in heterochromatin replication ...Eukaryotic cells use chromatin marks to regulate the initiation of DNA replication. The origin recognition complex (ORC)-associated protein ORCA plays a critical role in heterochromatin replication in mammalian cells by recruiting the initiator ORC, but the underlying mechanisms remain unclear. Here, we report crystal and cryo-electron microscopy structures of ORCA in complex with ORC's Orc2 subunit and nucleosomes, establishing that ORCA orchestrates ternary complex assembly by simultaneously recognizing a highly conserved peptide sequence in Orc2, nucleosomal DNA, and repressive histone trimethylation marks through an aromatic cage. Unexpectedly, binding of ORCA to nucleosomes prevents chromatin array compaction in a manner that relies on H4K20 trimethylation, a histone modification critical for heterochromatin replication. We further show that ORCA is necessary and sufficient to specifically recruit ORC into chromatin condensates marked by H4K20 trimethylation, providing a paradigm for studying replication initiation in specific chromatin contexts. Collectively, our findings support a model in which ORCA not only serves as a platform for ORC recruitment to nucleosomes bearing specific histone marks but also helps establish a local chromatin environment conducive to subsequent MCM2-7 loading.
履歴
登録2023年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月30日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年9月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leucine-rich repeat and WD repeat-containing protein 1
C: Histone H3.2
D: Histone H4
E: Histone H2A
F: Histone H2B
G: Histone H3.2
H: Histone H4
I: Histone H2A
J: Histone H2B
K: Widom 601 DNA
L: Widom 601 DNA
B: Origin recognition complex subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)285,90612
ポリマ－285,90612
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 6種, 10分子 ACGDHEIFJB

#1: タンパク質 Leucine-rich repeat and WD repeat-containing protein 1 / Origin recognition complex-associated protein


分子量: 71651.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Lrwd1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A140UHX1
#2: タンパク質 Histone H3.2 / Histone H3


分子量: 15303.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84233
#3: タンパク質 Histone H4


分子量: 11323.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: LOC121398084 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8J1LTD2
#4: タンパク質 Histone H2A / Histone H2A type 1


分子量: 13962.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06897
#5: タンパク質 Histone H2B / H2B1.1


分子量: 13524.752 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02281
#8: タンパク質 Origin recognition complex subunit 2


分子量: 11570.101 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Orc2, Orc2l / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q75PQ8

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DNA鎖 , 2種, 2分子 KL

#6: DNA鎖 Widom 601 DNA


分子量: 46998.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#7: DNA鎖 Widom 601 DNA


分子量: 47457.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1ORCA-nucleosome (H4K20me3) complexCOMPLEXall0RECOMBINANT
2Leucine-rich repeat and WD repeat-containing protein 1, Origin recognition complex subunit 2COMPLEX#1, #81RECOMBINANT
3Histone H3.2, Histone H4, Histone H2A, Histone H2B, Widom 601 DNACOMPLEX#2-#71RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Rattus norvegicus (ドブネズミ)10116
23Xenopus laevis (アフリカツメガエル)8355
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
23Escherichia coli (大腸菌)562
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 51 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 31420 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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