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- PDB-8siu: Origin Recognition Complex Associated (ORCA) protein bound to Orc2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8siu
タイトルOrigin Recognition Complex Associated (ORCA) protein bound to Orc2
要素
  • Leucine-rich repeat and WD repeat-containing protein 1
  • Origin recognition complex subunit 2
キーワードPROTEIN BINDING / chromatin binding / ORC binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Activation of ATR in response to replication stress / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / CDC6 association with the ORC:origin complex / Activation of the pre-replicative complex / Orc1 removal from chromatin / origin recognition complex / establishment of protein localization to chromatin / nuclear origin of replication recognition complex / inner kinetochore / methyl-CpG binding ...Activation of ATR in response to replication stress / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / CDC6 association with the ORC:origin complex / Activation of the pre-replicative complex / Orc1 removal from chromatin / origin recognition complex / establishment of protein localization to chromatin / nuclear origin of replication recognition complex / inner kinetochore / methyl-CpG binding / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / heterochromatin / pericentric heterochromatin / methylated histone binding / kinetochore / chromatin organization / DNA replication / chromosome, telomeric region / centrosome / chromatin binding / chromatin / nucleolus / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Origin recognition complex subunit 2 / Origin recognition complex, subunit 2 / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. ...Origin recognition complex subunit 2 / Origin recognition complex, subunit 2 / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Leucine-rich repeat and WD repeat-containing protein 1 / Origin recognition complex subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Bleichert, F. / Ekundayo, B.E.
資金援助 米国, European Union, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM141313 米国
European Research Council (ERC)ERC-STG-757909European Union
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2023
タイトル: A dual role for the chromatin reader ORCA/LRWD1 in targeting the origin recognition complex to chromatin.
著者: Sumon Sahu / Babatunde E Ekundayo / Ashish Kumar / Franziska Bleichert /
要旨: Eukaryotic cells use chromatin marks to regulate the initiation of DNA replication. The origin recognition complex (ORC)-associated protein ORCA plays a critical role in heterochromatin replication ...Eukaryotic cells use chromatin marks to regulate the initiation of DNA replication. The origin recognition complex (ORC)-associated protein ORCA plays a critical role in heterochromatin replication in mammalian cells by recruiting the initiator ORC, but the underlying mechanisms remain unclear. Here, we report crystal and cryo-electron microscopy structures of ORCA in complex with ORC's Orc2 subunit and nucleosomes, establishing that ORCA orchestrates ternary complex assembly by simultaneously recognizing a highly conserved peptide sequence in Orc2, nucleosomal DNA, and repressive histone trimethylation marks through an aromatic cage. Unexpectedly, binding of ORCA to nucleosomes prevents chromatin array compaction in a manner that relies on H4K20 trimethylation, a histone modification critical for heterochromatin replication. We further show that ORCA is necessary and sufficient to specifically recruit ORC into chromatin condensates marked by H4K20 trimethylation, providing a paradigm for studying replication initiation in specific chromatin contexts. Collectively, our findings support a model in which ORCA not only serves as a platform for ORC recruitment to nucleosomes bearing specific histone marks but also helps establish a local chromatin environment conducive to subsequent MCM2-7 loading.
履歴
登録2023年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月30日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年9月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leucine-rich repeat and WD repeat-containing protein 1
B: Origin recognition complex subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9934
ポリマ－53,8012
非ポリマー1922
水5,783321
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area16540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.023, 135.431, 78.567
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-702-

SO4

21A-982-

HOH

31A-1083-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Leucine-rich repeat and WD repeat-containing protein 1 / Origin recognition complex-associated protein


分子量: 42230.711 Da / 分子数: 1 / 変異: K646R,T647R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Lrwd1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A140UHX1
#2: タンパク質 Origin recognition complex subunit 2


分子量: 11570.101 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Orc2, Orc2l / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q75PQ8
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 321 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.34 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.2 M ammonium sulfate, 100 mM MES pH 5.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.979092 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979092 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→45.51 Å / Num. obs: 45458 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 39 % / Biso Wilson estimate: 22.28 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2577 / CC1/2: 0.505 / % possible all: 97.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→45.51 Å / SU ML: 0.1869 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / 位相誤差: 21.1448
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2032 1847 4.4 %
Rwork0.1697 40157 -
obs0.1712 42004 92.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.85 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→45.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2985 0 10 321 3316
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00983119
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09084265
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0625486
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008545
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.44151100
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.850.38981130.31222410X-RAY DIFFRACTION73.62
1.85-1.90.27181220.25732638X-RAY DIFFRACTION79.47
1.9-1.960.28491300.22662819X-RAY DIFFRACTION85.4
1.96-2.030.26131350.22063061X-RAY DIFFRACTION91.84
2.03-2.110.25281430.19563127X-RAY DIFFRACTION94.76
2.11-2.210.19931460.16793137X-RAY DIFFRACTION94.1
2.21-2.330.20951480.15923134X-RAY DIFFRACTION94.47
2.33-2.470.22161440.15813168X-RAY DIFFRACTION94.85
2.47-2.660.20661480.16273192X-RAY DIFFRACTION96
2.66-2.930.19231510.16663272X-RAY DIFFRACTION97.27
2.93-3.350.21391490.15893306X-RAY DIFFRACTION98.21
3.35-4.220.17391550.14193385X-RAY DIFFRACTION99.55
4.22-45.510.16511630.16343508X-RAY DIFFRACTION99.35

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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