PDB-8sis: Crystal structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8sis

タイトル

Crystal structure of SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain in complex with broadly neutralizing antibody CC84.2 Fab

要素

CC84.2 Fab heavy chain
CC84.2 Fab light chain
Spike protein S1

キーワード

IMMUNE SYSTEM / bnAb / SARS-CoV-2 / broadly neutralizing antibody / spike / RBD

機能・相同性

機能・相同性情報

Maturation of spike protein / viral translation / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host cell surface / host extracellular space / suppression by virus of host tetherin activity / Induction of Cell-Cell Fusion / structural constituent of virion / entry receptor-mediated virion attachment to host cell ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.08 Å

データ登録者

Liu, H. / Wilson, I.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: Broadly neutralizing antibodies targeting a conserved silent face of spike RBD resist extreme SARS-CoV-2 antigenic drift
著者: Song, G. / Yuan, M. / Liu, H. / Capozzola, T. / Lin, R. / Torres, J. / He, W. / Musharrafieh, R. / Dueker, K. / Zhou, P. / Callaghan, S. / Mishra, N. / Yong, P. / Anzanello, F. / Avillion, G. ...

履歴

登録	2023年4月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年3月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8sis.cif.gz	256.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8sis.ent.gz	204 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8sis.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8sis_validation.pdf.gz	468.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8sis_full_validation.pdf.gz	480.7 KB	表示
XML形式データ	8sis_validation.xml.gz	24.5 KB	表示
CIF形式データ	8sis_validation.cif.gz	33 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/8sis ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/8sis	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8siqC 8sirC 8sitC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (2) #264 - 2021年12月 SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants) 類似性 (1) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1) #170 - 2014年2月広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (2)
#264 - 2021年12月
SARSコロナウイルス2型スパイク変異体 (SARS-CoV-2 Spike Variants)
類似性 (1)
#246 - 2020年6月
SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)
#170 - 2014年2月
広域中和抗体 (Broadly Neutralizing Antibodies)
類似性 (1)
#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Spike protein S1

H: CC84.2 Fab heavy chain

L: CC84.2 Fab light chain

ヘテロ分子

71.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.698, 80.188, 73.537
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.90, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Spike protein S1

分子量: 23104.867 Da / 分子数: 1 / 断片: Receptor binding domain, UNP residues 333-530 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P0DTC2

#2: 抗体

CC84.2 Fab heavy chain

分子量: 24965.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主:

Mus musculus (ハツカネズミ)

#3: 抗体

CC84.2 Fab light chain

分子量: 23570.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主:

Mus musculus (ハツカネズミ)

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% (w/v) PEG 3000, 0.1 M Sodium citrate pH 5.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03317 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.03317 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3.08→50 Å / Num. obs: 14522 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 4.2 % / CC_1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.205 / R_pim(I) all: 0.112 / R_rim(I) all: 0.234 / Χ²: 0.936 / Net I/σ(I): 4

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
3.1-3.15	4.2	1.181	706	0.717	0.914	0.636	1.346	0.88	97
3.15-3.21	4.1	1.141	734	0.73	0.919	0.621	1.305	0.864	98.5
3.21-3.27	4.1	0.934	709	0.837	0.955	0.513	1.07	0.896	98.3
3.27-3.34	4.1	0.757	728	0.853	0.96	0.414	0.867	0.852	98.4
3.34-3.41	3.9	0.634	715	0.839	0.955	0.361	0.734	0.939	97.4
3.41-3.49	3.9	0.568	675	0.893	0.971	0.323	0.657	0.932	91.3
3.49-3.58	4.3	0.534	741	0.907	0.975	0.286	0.607	0.912	99.5
3.58-3.68	4.5	0.439	734	0.948	0.987	0.233	0.498	0.933	99.1
3.68-3.78	4.4	0.428	720	0.929	0.981	0.227	0.486	0.985	99
3.78-3.91	4.4	0.354	739	0.939	0.984	0.188	0.402	0.946	99.3
3.91-4.04	4.4	0.298	737	0.946	0.986	0.16	0.339	0.98	99.3
4.04-4.21	4.3	0.239	730	0.959	0.99	0.128	0.272	1.077	99.2
4.21-4.4	4.2	0.193	724	0.97	0.992	0.105	0.221	1.017	99
4.4-4.63	4.2	0.164	739	0.975	0.994	0.092	0.189	1.064	98.3
4.63-4.92	4	0.151	729	0.977	0.994	0.085	0.174	1.076	97.9
4.92-5.3	4	0.146	686	0.978	0.994	0.082	0.168	1.024	92.7
5.3-5.83	4.5	0.129	735	0.985	0.996	0.068	0.146	0.923	99.1
5.83-6.67	4.5	0.131	741	0.985	0.996	0.069	0.149	0.885	99.6
6.67-8.4	4.3	0.09	753	0.987	0.997	0.049	0.103	0.813	99.2
8.4-50	4.1	0.066	747	0.986	0.997	0.037	0.076	0.733	96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.08→48.01 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 34.34 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3029	563	4.92 %	Random selection
R_work	0.256	-	-	-
obs	0.2583	11439	76.76 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.08→48.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4633	0	14	0	4647

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	4763
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.686	6515
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.373	692
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	738
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	843

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.08-3.39	0.3486	86	0.3332	1667	X-RAY DIFFRACTION	47
3.39-3.88	0.379	116	0.3008	2428	X-RAY DIFFRACTION	69
3.88-4.88	0.3182	179	0.239	3286	X-RAY DIFFRACTION	93
4.88-48.01	0.2613	182	0.2421	3495	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3711	0.1816	0.2169	1.4078	-0.4421	2.1461	0.1148	-0.1266	0.1118	0.4659	-0.0433	0.2817	0.0922	-1.0838	-0.1361	0.8143	-0.3836	0.4379	1.8881	-0.1804	0.8554	-7.947	7.448	56.38
2	2.403	-0.7272	-0.2247	0.9714	0.0583	0.9956	-0.0996	-0.8429	0.1823	0.3517	0.4242	0.3689	-0.1013	-1.1651	0.0901	0.5295	0.4031	-0.0444	1.3446	0.0561	0.5731	-1.03	14.903	58.702
3	1.4984	-0.6329	0.4717	0.2761	-0.2553	0.7175	0.0781	-0.2399	0.5753	0.2349	-0.0946	0.5911	-0.7601	-1.0942	-0.1043	0.9521	0.5305	0.2512	0.9597	-0.3222	0.9387	0.579	25.755	57.857
4	1.5825	0.009	-0.3833	1.0368	0.1844	2.7609	-0.0492	0.1367	-0.1977	-0.0436	-0.2383	0.7967	0.0084	-1.1277	-0.1479	0.5183	0.0651	0.1712	0.86	0.0477	0.5686	0.443	7.014	47.226
5	0.3963	-0.6208	-0.7811	2.5714	0.2676	2.7071	-0.2682	0.1772	-0.3414	-0.7542	0.3065	0.1142	0.079	-1.8217	-0.031	0.8271	-0.5529	-0.1373	1.2236	0.101	0.5811	-7.752	1.663	36.907
6	0.8734	-0.0883	-0.7002	1.0968	-0.6666	1.0621	-0.0367	0.0913	0.1671	-0.0493	0.1639	0.668	0.4289	-0.8037	-0.0002	0.9265	-0.6598	0.0593	1.0729	0.0701	1.5322	-11.599	-8.323	23.843
7	2.167	-0.6784	0.937	2.5239	0.1823	3.7301	0.044	-0.1066	-0.4146	0.7969	0.2108	0.3793	0.207	-1.1688	0.0663	0.5718	-0.1543	0.1879	0.9549	0.2172	0.604	-2.207	5.576	49.327
8	2.1949	0.3399	-0.8516	1.3393	-0.5258	3.6143	0.2827	-0.0915	0.1954	0.3194	-0.0619	-0.2682	-1.2035	0.0771	-0.1497	0.6359	-0.0222	-0.0227	0.3536	-0.1015	0.3937	21.839	22.155	31.274
9	0.9213	-0.0548	2.1614	2.6668	-0.8591	5.3875	0.1857	-0.2988	0.1876	0.0973	0.1169	-0.4252	-0.7539	0.4922	-0.1622	0.9193	-0.2791	-0.1694	0.4203	-0.0658	0.2311	27.195	24.708	41.742
10	1.9919	-0.4155	-1.2786	2.8808	0.6631	4.3886	0.1064	-0.158	0.6752	-0.4218	0.4137	-0.4879	-1.5885	0.2354	-0.2465	0.918	-0.1501	-0.0203	0.4389	-0.0682	0.4729	26.46	27.841	32.496
11	1.6562	-0.2673	1.2759	2.0158	0.206	2.1552	-0.5468	-0.3358	0.0806	0.2656	0.4648	0.0725	-1.065	0.1011	-0.3123	0.6799	-0.0352	-0.0238	0.1752	-0.04	0.4196	20.755	19.294	34.952
12	3.9756	-0.2594	-0.2921	1.981	0.1919	5.1139	0.5789	0.2953	0.0675	-0.0058	-0.1563	0.4543	-0.7081	0.11	-0.0494	0.2999	-0.0335	0.0407	0.5539	0.0355	0.4532	30.09	13.956	-2.796
13	1.591	-0.6359	-0.3696	1.8651	0.1678	3.8413	0.5111	0.1132	0.1958	-0.1836	-0.3436	0.0571	-1.1408	-0.0152	-0.0853	0.5785	0.032	0.059	0.3068	0.0198	0.4386	30.292	17.408	-2.523
14	2.5271	-0.8313	-1.4918	1.8922	-0.0416	2.142	-0.1863	-0.4892	-0.5833	0.0067	0.3246	-0.5709	0.6782	0.0702	-0.3309	0.2882	-0.2822	-0.2313	0.3118	0.0209	0.6675	22.681	-1.442	35.836
15	2.5508	-0.288	-1.5629	1.236	-0.5072	3.8016	-0.0822	0.4636	-0.426	-0.0507	-0.3482	0.3078	0.4177	-1.1446	-0.0839	0.726	-0.1152	0.0033	0.4063	-0.0142	0.397	14.18	1.225	33.263
16	2.961	0.0786	-0.3044	3.2958	1.2894	5.8396	-0.3142	0.3048	0.5658	-0.1065	-0.1201	0.19	0.3092	-0.0586	-0.1094	0.5379	0.1587	-0.1213	0.2812	-0.138	0.4481	21.602	3.531	32.56
17	1.4678	0.2451	-1.2768	1.0588	-0.8164	5.5341	0.0815	-0.1234	0.126	0.0428	-0.1306	0.001	0.2398	0.2578	-0.0019	0.4323	0.001	0.0095	0.2726	-0.0084	0.4691	36.229	3.69	3.62
18	3.2015	-0.9332	-2.1581	3.3741	1.9282	3.1	-0.0638	0.3531	0.111	0.0309	-0.4394	0.2032	-0.1386	0.5294	-0.7236	0.6562	-0.0771	-0.1565	0.5654	0.1464	0.1748	37.435	3.986	7.669
19	1.1451	-0.3006	-0.685	0.6039	0.4751	3.1083	0.0378	-0.003	0.1069	0.0145	0.1043	-0.3656	-0.4372	1.3864	0.139	0.1046	-0.2358	-0.0311	0.4698	0.0254	0.4982	44.927	3.308	-1.562

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 334:353 )	A	334 - 353
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 354:380 )	A	354 - 380
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 381:393 )	A	381 - 393
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 394:447 )	A	394 - 447
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 448:477 )	A	448 - 477
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 478:487 )	A	478 - 487
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 488:528 )	A	488 - 528
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN H AND RESID 1:52 )	H	1 - 52
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN H AND RESID 53:67 )	H	53 - 67
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN H AND RESID 68:87 )	H	68 - 87
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN H AND RESID 88:119 )	H	88 - 119
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN H AND RESID 120:165 )	H	120 - 165
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN H AND RESID 166:214 )	H	166 - 214
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN L AND RESID 3:38 )	L	3 - 38
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN L AND RESID 39:75 )	L	39 - 75
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN L AND RESID 76:101 )	L	76 - 101
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN L AND RESID 102:150 )	L	102 - 150
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN L AND RESID 151:174 )	L	151 - 174
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN L AND RESID 175:209 )	L	175 - 209

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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