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万見

- PDB-8si1: Ara h 6 16A8 complex -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 8si1

タイトル

Ara h 6 16A8 complex

要素

16A8 Heavy Chain
16A8 Light Chain
Conglutin

キーワード

IMMUNE SYSTEM / allergy / peanut / antibody

機能・相同性

Napin/ 2S seed storage protein/Conglutin / Protease inhibitor/seed storage/LTP family / Plant lipid transfer protein / seed storage protein / trypsin-alpha amylase inhibitor domain family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / nutrient reservoir activity / IgE binding / Conglutin

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Arachis hypogaea (トウジンマメ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Spiller, B.W. / Shrem, R.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Allergy Clin.Immunol. / 年: 2025
タイトル: Structural determinants of peanut induced anaphylaxis.
著者: Smith, S.A. / Shrem, R.A. / Lanca, B.B.C. / Zhang, J. / Wong, J.J.W. / Croote, D. / Peebles Jr., R.S. / Spiller, B.W.

履歴

登録	2023年4月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年1月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8si1.cif.gz	720.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8si1.ent.gz	506.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8si1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8si1_validation.pdf.gz	483.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8si1_full_validation.pdf.gz	496.2 KB	表示
XML形式データ	8si1_validation.xml.gz	56 KB	表示
CIF形式データ	8si1_validation.cif.gz	72.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/8si1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/si/8si1	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	8shvC 8shwC 8sj4C 8sj6C 8sjaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (4)

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集合体

登録構造単位

L: 16A8 Light Chain

H: 16A8 Heavy Chain

A: 16A8 Light Chain

B: 16A8 Heavy Chain

C: 16A8 Light Chain

D: 16A8 Heavy Chain

E: Conglutin

G: Conglutin

F: Conglutin

185 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

L: 16A8 Light Chain

H: 16A8 Heavy Chain

E: Conglutin

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
61.7 kDa, 3 ポリマー
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A: 16A8 Light Chain

B: 16A8 Heavy Chain

F: Conglutin

登録者が定義した集合体
61.7 kDa, 3 ポリマー
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C: 16A8 Light Chain

D: 16A8 Heavy Chain

G: Conglutin

登録者が定義した集合体
61.7 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	105.550, 155.313, 286.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 3 through 51 or resid 60 through 213))
d_2	ens_1	(chain "C" and (resid 3 through 51 or resid 60 through 66 or resid 69 through 213))
d_3	ens_1	(chain "L" and (resid 3 through 51 or resid 60 through 66 or resid 69 through 213))
d_1	ens_2	(chain "B" and (resid 2 through 135 or resid 143 through 217))
d_2	ens_2	chain "D"
d_3	ens_2	(chain "H" and (resid 2 through 135 or resid 143 through 217))
d_1	ens_3	(chain "F" and (resid 3 through 51 or resid 55 through 106))
d_2	ens_3	(chain "G" and (resid 3 through 44 or resid 46...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	TYR	TYR	ASP	ASP	A	C	3 - 51	2 - 50
d_1	2	ens_1	ASP	ASP	ARG	ARG	A	C	60 - 213	59 - 212
d_2	1	ens_1	TYR	TYR	ASP	ASP	C	E	3 - 51	2 - 50
d_2	2	ens_1	ASP	ASP	LYS	LYS	C	E	60 - 66	59 - 65
d_2	3	ens_1	ASP	ASP	ARG	ARG	C	E	69 - 213	68 - 212
d_3	1	ens_1	TYR	TYR	ASP	ASP	L	A	3 - 51	2 - 50
d_3	2	ens_1	ASP	ASP	LYS	LYS	L	A	60 - 66	59 - 65
d_3	3	ens_1	ASP	ASP	ARG	ARG	L	A	69 - 213	68 - 212
d_1	1	ens_2	VAL	VAL	SER	SER	B	D	2 - 135	2 - 135
d_1	2	ens_2	THR	THR	LYS	LYS	B	D	143 - 217	143 - 217
d_2	1	ens_2	VAL	VAL	LYS	LYS	D	F	2 - 217	2 - 217
d_3	1	ens_2	VAL	VAL	SER	SER	H	B	2 - 135	2 - 135
d_3	2	ens_2	THR	THR	LYS	LYS	H	B	143 - 217	143 - 217
d_1	1	ens_3	CYS	CYS	LEU	LEU	F	I	3 - 51	3 - 51
d_1	2	ens_3	GLU	GLU	LEU	LEU	F	I	55 - 106	55 - 106
d_2	1	ens_3	CYS	CYS	GLN	GLN	G	H	3 - 44	3 - 44
d_2	2	ens_3	ARG	ARG	GLN	GLN	G	H	46 - 80	46 - 80
d_2	3	ens_3	PHE	PHE	CYS	CYS	G	H	85 - 96	85 - 96
d_2	4	ens_3	ALA	ALA	LEU	LEU	G	H	100 - 106	100 - 106

NCSアンサンブル:

ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.0175609752054, 0.61983439372, -0.784536128238), (0.693214573995, 0.557898325998, 0.456292682661), (0.720517290945, -0.551864822407, -0.41988099652)	-14.5367361067, -30.2244882601, -68.1525980866
2	given	(-0.0227026412502, 0.763728752545, 0.645137956267), (0.715330288326, 0.463217329869, -0.52319430799), (-0.698417617679, 0.449608827588, -0.556834565622)	68.7028071367, -11.6740645072, -32.4213483187
3	given	(-0.0169455987113, 0.583052139931, -0.812257993993), (0.700848010304, 0.586321611942, 0.406249964704), (0.713109327619, -0.562385250066, -0.418566502926)	-14.4134618523, -31.3380005983, -68.1739085983
4	given	(-0.0328294691572, 0.772608040762, 0.634033943339), (0.729308478274, 0.452282719213, -0.513370709546), (-0.683396934053, 0.445552642515, -0.57831779609)	68.9399272292, -11.9355454553, -33.2153416946
5	given	(0.0220117736123, 0.508077681823, -0.861029936213), (0.654653593788, 0.643591897851, 0.396507428885), (0.755608466047, -0.572404173862, -0.318448281175)	-19.5658057803, -27.6121767058, -67.7443614512

-
要素

#1: 抗体	16A8 Light Chain 分子量: 23318.846 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	16A8 Heavy Chain 分子量: 23899.611 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質	Conglutin 分子量: 14509.228 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arachis hypogaea (トウジンマメ) 細胞株 (発現宿主): ovary 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: Q647G9
Has protein modification	Y

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM Bis Tris pH 5.5, 100 mM Ammonium Sulfate, 20% PEG 3350

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.2→52.8 Å / Num. obs: 36411 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 4.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 20.7
反射シェル	解像度: 3.2→3.31 Å / R_merge(I) obs: 0.051 / Mean I/σ(I) obs: 2.42 / Num. unique obs: 3861 / CC_1/2: 0.798

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
autoPROC	1.0.5	data processing
XDS	VERSION Jan 31, 2020 BUILT=20200417	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.2→52.78 Å / SU ML: 0.4863 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.0132
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2997	1738	4.77 %
R_work	0.2471	34673	-
obs	0.2496	36411	92.59 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 134.99 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.2→52.78 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11439	0	0	0	11439

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0018	11666
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5201	15838
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0421	1790
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0037	2056
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.3882	1582

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	C	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.60171807227
ens_1	d_3	C	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	1.19027810207
ens_2	d_2	D	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.935012203502
ens_2	d_3	D	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.976265811726
ens_3	d_2	I	F	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	2.99166907843

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.2-3.29	0.4096	151	0.3768	3078	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.29-3.4	0.4267	149	0.3344	3084	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.4-3.52	0.3133	86	0.2916	1485	X-RAY DIFFRACTION	48.59
3.52-3.65	0.3533	144	0.2828	2886	X-RAY DIFFRACTION	97.18
3.67-3.83	0.3287	164	0.2872	2737	X-RAY DIFFRACTION	95.49
3.83-4.03	0.343	134	0.2781	2451	X-RAY DIFFRACTION	79.56
4.03-4.28	0.3029	140	0.2318	3140	X-RAY DIFFRACTION	99.91
4.28-4.61	0.2286	168	0.1972	3079	X-RAY DIFFRACTION	99.91
4.61-5.07	0.232	144	0.1989	3127	X-RAY DIFFRACTION	99.91
5.07-5.81	0.286	162	0.2292	3142	X-RAY DIFFRACTION	99.91
5.81-7.31	0.3657	133	0.2786	3199	X-RAY DIFFRACTION	99.91
7.31-52.78	0.2818	163	0.2355	3265	X-RAY DIFFRACTION	99.22

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.12990691029	1.89817009098	0.214089240361	3.49676647037	-1.43547976161	5.4459873039	-0.265509562214	-0.134077228112	0.128604460265	0.192909783225	0.534626647686	0.224905675844	-0.768326449576	-0.864659794516	-0.447259743024	0.50884802485	0.00161153742471	0.183770031171	0.941479142479	0.0535372508294	0.603166270791	30.898962762	16.3289136927	-47.7576431414
2	1.05212423461	0.656377499344	-0.878305772293	2.46707052958	0.124742506571	0.965443466145	0.686729875788	0.251040903109	0.14597598817	0.697342394672	-0.332368361823	-0.201661765642	-0.232592214535	0.298291368378	3.91534890629	0.166300818424	0.0530051136862	0.134547762009	0.829773372832	0.0615124503448	0.229451470905	44.9559055211	18.6227782644	-42.5526179356
3	5.29946091041	1.90184190522	1.37728896314	4.24172742136	-0.741338548949	2.9678240076	-0.540906900442	0.288527958311	-0.138713477136	0.376391479189	-0.0291904271719	-0.439816041022	-0.774166257984	1.12186804895	0.448198203727	1.59846448005	-0.492522180793	-0.134220240555	1.35297019728	0.184549165643	0.661100414005	62.4993173557	23.9529088705	-29.1432639659
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46	7.84007052541	-3.33888542217	2.00749676156	9.31664610248	2.65905020994	3.28255050219	-1.2079985519	-0.993738215211	-1.00716100839	0.966564297794	0.887713560526	0.024860729379	0.946935730854	-1.45382330382	1.20489448862	2.5021241294	-0.144556191221	0.632302043044	2.02934315729	-0.147030546404	1.80183364884	-25.2368790432	-31.6343036889	11.4557151665
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50	1.11287841342	2.98338197789	2.05381703158	8.78565659522	6.34282285674	8.24161095282	1.73429950058	0.799106462816	-0.5392980086	0.657090944185	-0.410338948749	0.4021926758	1.83335755105	0.305231666117	-0.451257419527	1.50472307567	0.360908514508	-0.0285180761748	1.89576045669	0.222314176811	1.85020456977	54.0329017315	-53.0094297423	-16.2410093498
51	5.13644782403	1.79087535651	-4.36553279311	8.864602969	2.45052274679	5.62745602391	1.48450720961	-0.788763643508	-0.134841472138	0.0782272677374	-0.136720744647	-1.72398347178	0.945038846471	2.12560109163	-0.227114827049	2.27054319362	0.893338556572	0.379233495112	1.71526944655	0.186133722948	2.04173151519	60.0737007491	-40.558650705	-15.4808947456
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'L' and (resid 2 through 69 )	L	A	2 - 69	1 - 62
2	2	chain 'L' and (resid 70 through 130 )	L	A	70 - 130	63 - 123
3	3	chain 'L' and (resid 131 through 200 )	L	A	131 - 200	124 - 193
4	4	chain 'L' and (resid 201 through 213 )	L	A	201 - 213	194 - 206
5	5	chain 'H' and (resid 1 through 83 )	H	B	1 - 83	1 - 83
6	6	chain 'H' and (resid 84 through 132 )	H	B	84 - 132	84 - 132
7	7	chain 'H' and (resid 133 through 162 )	H	B	133 - 162	133 - 160
8	8	chain 'H' and (resid 163 through 192 )	H	B	163 - 192	161 - 190
9	9	chain 'H' and (resid 193 through 205 )	H	B	193 - 205	191 - 203
10	10	chain 'H' and (resid 206 through 221 )	H	B	206 - 221	204 - 219
11	11	chain 'A' and (resid 2 through 32 )	A	C	2 - 32	1 - 31
12	12	chain 'A' and (resid 33 through 61 )	A	C	33 - 61	32 - 58
13	13	chain 'A' and (resid 62 through 83 )	A	C	62 - 83	59 - 78
14	14	chain 'A' and (resid 84 through 130 )	A	C	84 - 130	79 - 125
15	15	chain 'A' and (resid 131 through 176 )	A	C	131 - 176	126 - 171
16	16	chain 'A' and (resid 177 through 213 )	A	C	177 - 213	172 - 208
17	17	chain 'B' and (resid 1 through 17 )	B	D	1 - 17	1 - 17
18	18	chain 'B' and (resid 18 through 40 )	B	D	18 - 40	18 - 40
19	19	chain 'B' and (resid 41 through 73 )	B	D	41 - 73	41 - 73
20	20	chain 'B' and (resid 74 through 106 )	B	D	74 - 106	74 - 106
21	21	chain 'B' and (resid 107 through 143 )	B	D	107 - 143	107 - 137
22	22	chain 'B' and (resid 144 through 192 )	B	D	144 - 192	138 - 186
23	23	chain 'B' and (resid 193 through 205 )	B	D	193 - 205	187 - 199
24	24	chain 'B' and (resid 206 through 220 )	B	D	206 - 220	200 - 214
25	25	chain 'C' and (resid 3 through 30 )	C	E	3 - 30	1 - 28
26	26	chain 'C' and (resid 31 through 48 )	C	E	31 - 48	29 - 46
27	27	chain 'C' and (resid 49 through 67 )	C	E	49 - 67	47 - 59
28	28	chain 'C' and (resid 68 through 83 )	C	E	68 - 83	60 - 75
29	29	chain 'C' and (resid 84 through 103 )	C	E	84 - 103	76 - 95
30	30	chain 'C' and (resid 104 through 131 )	C	E	104 - 131	96 - 123
31	31	chain 'C' and (resid 132 through 176 )	C	E	132 - 176	124 - 168
32	32	chain 'C' and (resid 177 through 192 )	C	E	177 - 192	169 - 184
33	33	chain 'C' and (resid 193 through 213 )	C	E	193 - 213	185 - 205
34	34	chain 'D' and (resid 2 through 17 )	D	F	2 - 17	1 - 16
35	35	chain 'D' and (resid 18 through 33 )	D	F	18 - 33	17 - 32
36	36	chain 'D' and (resid 34 through 91 )	D	F	34 - 91	33 - 90
37	37	chain 'D' and (resid 92 through 127 )	D	F	92 - 127	91 - 126
38	38	chain 'D' and (resid 128 through 151 )	D	F	128 - 151	127 - 143
39	39	chain 'D' and (resid 152 through 173 )	D	F	152 - 173	144 - 165
40	40	chain 'D' and (resid 174 through 199 )	D	F	174 - 199	166 - 191
41	41	chain 'D' and (resid 200 through 217 )	D	F	200 - 217	192 - 209
42	42	chain 'E' and (resid 2 through 9 )	E	G	2 - 9	1 - 8
43	43	chain 'E' and (resid 10 through 18 )	E	G	10 - 18	9 - 17
44	44	chain 'E' and (resid 19 through 60 )	E	G	19 - 60	18 - 39
45	45	chain 'E' and (resid 61 through 111 )	E	G	61 - 111	40 - 88
46	46	chain 'G' and (resid 2 through 47 )	G	H	2 - 47	1 - 27
47	47	chain 'G' and (resid 48 through 60 )	G	H	48 - 60	28 - 37
48	48	chain 'G' and (resid 61 through 107 )	G	H	61 - 107	38 - 74
49	49	chain 'F' and (resid 3 through 21 )	F	I	3 - 21	1 - 19
50	50	chain 'F' and (resid 22 through 51 )	F	I	22 - 51	20 - 29
51	51	chain 'F' and (resid 52 through 61 )	F	I	52 - 61	30 - 39
52	52	chain 'F' and (resid 62 through 106 )	F	I	62 - 106	40 - 67

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