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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8shy | ||||||
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タイトル | Structure of binary complex of mouse cGAS QN and bound ATP | ||||||
![]() | Cyclic GMP-AMP synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / IMMUNE SYSTEM | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of type I interferon production / cyclic GMP-AMP synthase / 2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / negative regulation of DNA repair / regulation of immunoglobulin production / cGAS/STING signaling pathway / regulation of T cell activation / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway ...regulation of type I interferon production / cyclic GMP-AMP synthase / 2',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / paracrine signaling / poly-ADP-D-ribose modification-dependent protein binding / negative regulation of DNA repair / regulation of immunoglobulin production / cGAS/STING signaling pathway / regulation of T cell activation / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / cGMP-mediated signaling / cellular response to exogenous dsRNA / regulation of immune response / positive regulation of type I interferon production / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / nucleosome binding / positive regulation of defense response to virus by host / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / activation of innate immune response / cAMP-mediated signaling / molecular condensate scaffold activity / determination of adult lifespan / positive regulation of cellular senescence / site of double-strand break / double-stranded DNA binding / defense response to virus / nuclear body / DNA repair / innate immune response / DNA damage response / chromatin binding / GTP binding / protein homodimerization activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wu, S. / Sohn, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: The structural basis for 2'-5'/3'-5'-cGAMP synthesis by cGAS. 著者: Wu, S. / Gabelli, S.B. / Sohn, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 164.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 127 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 880.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 884.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8eaeC ![]() 8g10C ![]() 8g1jC ![]() 8g23C ![]() 8gimC ![]() 8ginC ![]() 8gioC ![]() 8gipC ![]() 8girC ![]() 8gisC ![]() 8gitC ![]() 8shkC ![]() 8shuC ![]() 8shzC ![]() 8si0C ![]() 8sj0C ![]() 8sj1C ![]() 8sj2C ![]() 8sj8C ![]() 8sktC ![]() 4k8vS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42638.281 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain (UNP residues 147-507) / 変異: E211Q, D213N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 詳細 (発現宿主): His*6-MBP-Tev-AgeI-mcGAS CAT, Kanamycin resistance 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-ATP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.46 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M magnesium acetate tetrahydrate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 20% w/v PEG8000 Temp details: 4-degree Celsius in cold room |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: nitrogen gas stream / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月13日 |
放射 | モノクロメーター: double crystal Si(111) monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9201 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.77→28.79 Å / Num. obs: 53469 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.052 / Rrim(I) all: 0.098 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 188329 |
反射 シェル | 解像度: 1.77→1.8 Å / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.665 / Num. measured all: 10555 / Num. unique obs: 2985 / CC1/2: 0.793 / Rpim(I) all: 0.406 / Rrim(I) all: 0.781 / Χ2: 1.05 / Net I/σ(I) obs: 1.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 4K8V 解像度: 1.77→27.94 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.89 / 位相誤差: 24.88 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.77→27.94 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -3.8406 Å / Origin y: 0.2723 Å / Origin z: 30.3376 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: (chain C and resseq 144:507) or (chain A and resseq 2:2) |