PDB-8shw: 38B7 with hydroxy-proline peptide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8shw

タイトル

38B7 with hydroxy-proline peptide

要素

38B7 heavy chain
38B7 light chain
Conglutin-7

キーワード

IMMUNE SYSTEM / allergy / peanut / antibody

機能・相同性

機能・相同性情報

negative regulation of peptidase activity / nutrient reservoir activity / IgE binding / serine-type endopeptidase inhibitor activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Arachis hypogaea (トウジンマメ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Spiller, B.W. / Shrem, R.A.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J.Allergy Clin.Immunol. / 年: 2025
タイトル: Structural determinants of peanut induced anaphylaxis.
著者: Smith, S.A. / Shrem, R.A. / Lanca, B.B.C. / Zhang, J. / Wong, J.J.W. / Croote, D. / Peebles Jr., R.S. / Spiller, B.W.

履歴

登録	2023年4月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2024年12月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2025年1月29日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8shw.cif.gz	442.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8shw.ent.gz	300.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8shw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8shw_validation.pdf.gz	564.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8shw_full_validation.pdf.gz	566.7 KB	表示
XML形式データ	8shw_validation.xml.gz	45.3 KB	表示
CIF形式データ	8shw_validation.cif.gz	62.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/8shw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/8shw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8shvC 8si1C 8sj4C 8sj6C 8sjaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (4)

登録構造単位

L: 38B7 light chain

H: 38B7 heavy chain

A: 38B7 light chain

C: 38B7 heavy chain

Q: Conglutin-7

B: Conglutin-7

ヘテロ分子

99.3 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

L: 38B7 light chain

H: 38B7 heavy chain

Q: Conglutin-7

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
49.9 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: 38B7 light chain

C: 38B7 heavy chain

B: Conglutin-7

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
49.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	128.021, 91.784, 82.946
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.220, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
d_1	ens_1	(chain "A" and (resid 1 through 41 or resid 43 through 66 or resid 68 through 214 or resid 215))
d_2	ens_1	(chain "L" and (resid 1 through 41 or resid 43 through 66 or resid 68 through 215))
d_1	ens_2	chain "B"
d_2	ens_2	chain "Q"
d_1	ens_3	(chain "C" and (resid 1 through 95 or resid 97...
d_2	ens_3	(chain "H" and (resid 1 through 95 or resid 97...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
d_1	1	ens_1	GLU	GLU	GLY	GLY	A	C	1 - 41	1 - 41
d_1	2	ens_1	SER	SER	GLY	GLY	A	C	43 - 66	43 - 66
d_1	3	ens_1	GLY	GLY	GLU	GLU	A	C	68 - 214	68 - 214
d_1	4	ens_1	NAG	NAG	NAG	NAG	A	H	301
d_2	1	ens_1	GLU	GLU	GLY	GLY	L	A	1 - 41	1 - 41
d_2	2	ens_1	SER	SER	GLY	GLY	L	A	43 - 66	43 - 66
d_2	3	ens_1	GLY	GLY	GLU	GLU	L	A	68 - 214	68 - 214
d_2	4	ens_1	NAG	NAG	NAG	NAG	D	G	1
d_1	1	ens_2	ARG	ARG	GLN	GLN	B	F	37 - 44	6 - 13
d_2	1	ens_2	ARG	ARG	GLN	GLN	Q	E	37 - 44	6 - 13
d_1	1	ens_3	GLN	GLN	TYR	TYR	C	D	1 - 95	1 - 95
d_1	2	ens_3	ALA	ALA	VAL	VAL	C	D	97 - 186	97 - 186
d_1	3	ens_3	THR	THR	PRO	PRO	C	D	188 - 190	188 - 190
d_1	4	ens_3	SER	SER	SER	SER	C	D	192 - 220	192 - 220
d_2	1	ens_3	GLN	GLN	TYR	TYR	H	B	1 - 95	1 - 95
d_2	2	ens_3	ALA	ALA	SER	SER	H	B	97 - 132	97 - 132
d_2	3	ens_3	GLY	GLY	VAL	VAL	H	B	138 - 186	138 - 186
d_2	4	ens_3	THR	THR	PRO	PRO	H	B	188 - 190	188 - 190
d_2	5	ens_3	SER	SER	SER	SER	H	B	192 - 220	192 - 220

NCSアンサンブル:

ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.986587062515, 0.0537350184757, -0.154137976722), (0.0517196656278, -0.792715163976, -0.607394225351), (-0.154825851413, -0.607219249194, 0.77930336785)	118.39768156, -8.88417708114, -3.24857770308
2	given	(-0.889612454517, 0.169698257121, -0.424019082469), (0.0470826583676, -0.889385942406, -0.454726146963), (-0.454282845867, -0.424493989334, 0.783218966171)	116.069516974, -12.5357756343, 27.5625237382
3	given	(-0.985784522424, 0.0538723905169, -0.159143460089), (0.0552889212085, -0.79043185996, -0.610049678266), (-0.158656895661, -0.61017640097, 0.776216947224)	118.293835465, -8.95925788313, -2.97245077257

-
抗体 , 2種, 4分子 LAHC

#1: 抗体	38B7 light chain 分子量: 23771.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: expi293 / 細胞株 (発現宿主): expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体	38B7 heavy chain 分子量: 23708.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 653分子 QB

#3: タンパク質・ペプチド	Conglutin-7 / 2S protein 1 / Seed storage protein SSP1 / Seed storage protein SSP2 分子量: 1704.639 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Arachis hypogaea (トウジンマメ) / 参照: UniProt: Q6PSU2
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 651 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
糖 , 2種, 2分子

#4: 多糖

alpha-D-mannopyranose-(1-6)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DManpa1-6DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c6-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.26 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 100 mM NaCitrate pH 5.6, 20% Isopropyl alcohol, 20% PEG 4000, 10 mM CdCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2022年6月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 67997 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 33.56 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 15.6
反射シェル	解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.65 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 6725 / CC_1/2: 0.837 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
autoPROC		data processing
pointless	1.12.12	データスケーリング
XDS	20220820	データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.95→30.74 Å / SU ML: 0.2155 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.5453
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2053	3336	4.91 %
R_work	0.1778	64636	-
obs	0.1791	67972	97.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→30.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6737	0	64	651	7452

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0027	6984
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.5888	9503
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0453	1069
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0045	1218
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.8403	2530

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Asym-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
ens_1	d_2	C	A	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.711780512234
ens_2	d_2	F	B	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	2.60621105485
ens_3	d_2	D	C	X-RAY DIFFRACTION	Torsion NCS	0.628207157577

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95-1.98	0.292	138	0.2611	2642	X-RAY DIFFRACTION	96.59
1.98-2.01	0.3202	166	0.2526	2628	X-RAY DIFFRACTION	96.51
2.01-2.04	0.2787	152	0.2445	2628	X-RAY DIFFRACTION	96.76
2.04-2.07	0.258	130	0.2324	2711	X-RAY DIFFRACTION	96.7
2.07-2.11	0.2828	128	0.2307	2628	X-RAY DIFFRACTION	97.04
2.11-2.15	0.257	136	0.2175	2666	X-RAY DIFFRACTION	97.02
2.15-2.19	0.2382	156	0.2077	2684	X-RAY DIFFRACTION	97.13
2.19-2.23	0.2254	136	0.2037	2645	X-RAY DIFFRACTION	97.07
2.23-2.28	0.2632	137	0.1982	2684	X-RAY DIFFRACTION	97.18
2.28-2.34	0.2305	141	0.2042	2668	X-RAY DIFFRACTION	97.23
2.34-2.39	0.2799	137	0.2068	2692	X-RAY DIFFRACTION	97.48
2.39-2.46	0.2397	130	0.2048	2694	X-RAY DIFFRACTION	97.38
2.46-2.53	0.2563	125	0.2085	2694	X-RAY DIFFRACTION	97.68
2.53-2.61	0.2953	128	0.2219	2694	X-RAY DIFFRACTION	97.65
2.61-2.71	0.2406	134	0.211	2703	X-RAY DIFFRACTION	97.83
2.71-2.81	0.2509	148	0.2009	2687	X-RAY DIFFRACTION	98
2.81-2.94	0.2518	148	0.201	2702	X-RAY DIFFRACTION	98.01
2.94-3.1	0.2181	134	0.1978	2698	X-RAY DIFFRACTION	98.2
3.1-3.29	0.2109	125	0.1938	2759	X-RAY DIFFRACTION	98.3
3.29-3.54	0.2121	116	0.1671	2720	X-RAY DIFFRACTION	98.23
3.54-3.9	0.1709	142	0.1583	2741	X-RAY DIFFRACTION	98.7
3.9-4.46	0.1489	148	0.1417	2736	X-RAY DIFFRACTION	98.94
4.46-5.62	0.1449	129	0.1232	2780	X-RAY DIFFRACTION	98.81
5.62-30.74	0.1636	172	0.1528	2752	X-RAY DIFFRACTION	98.32

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.35930210434	0.449780624304	0.190748738702	3.06117501912	1.09596659814	2.59235913842	-0.0339009033554	0.0333290220556	-0.0614997858674	0.066841635395	-0.15035271722	0.173328672607	0.131233759674	-0.0706082099997	0.172077212954	0.294512743706	0.0273801451188	0.0303238737035	0.311256200227	-0.0568900585764	0.294562865252	26.3483972365	-3.60019716762	24.9849030841
2	3.78717402377	0.960405378423	0.267847323132	2.13059852096	0.361569362632	3.37584175198	-0.0335441378954	-0.312912294349	0.676865505456	-0.0445012634166	-0.0139047154418	-0.0761055266758	-0.58518825043	0.16783545429	-0.260089319041	0.328730070216	0.0278024326529	-0.113674744015	0.129823335793	-0.0893683105862	0.531125530944	55.5817736805	16.9312047186	26.9454826273
3	4.92563095792	0.676958106139	-0.322758932589	0.759536344893	0.445802497199	1.75654227207	-0.42013975494	0.832795776724	-0.185550791718	-0.357924707747	0.103182999256	0.0977674660103	0.0317074407142	-0.110583236489	0.149852828047	0.485433011308	-0.0396132069121	0.0237476027281	0.469041958085	-0.0839877165712	0.31927438987	33.7045748345	-7.08027543568	4.80872383367
4	4.50984658917	-0.592790397065	0.341646055593	3.62999713505	-0.690145862138	3.70919373141	-0.163483082094	-0.22062576524	0.338540615793	0.0854566099784	0.0491339405279	-0.37464903814	-0.0636039719436	0.445020819429	0.0131326702498	0.38026609544	0.030872581654	-0.0254601861472	0.384486616881	-0.000465228139208	0.40561128252	63.608157271	4.29217931241	21.6689133036
5	3.37116833964	0.512750950853	-1.29723440299	3.71553176321	-1.10714979044	2.51396383959	0.0253407883958	0.122841114873	-0.362893704828	-0.0404896186081	-0.0730411429899	-0.137326833895	0.076668511952	0.237497687079	0.00946343357768	0.178746800854	0.00658754794789	-0.0236887029267	0.16653272066	-0.0616990585326	0.215391209641	84.1044988379	-33.8336613451	32.1406085217
6	1.03584328107	0.184892537264	0.456911234388	3.49255702268	0.205654084892	2.01927257448	0.088648533573	0.049930390769	0.0307315977144	0.0264745262394	-0.065002483097	0.118979345812	-0.114113289485	-0.0692540217468	-0.0282091758981	0.232716456552	0.0310298699083	-0.0037870041148	0.239143280676	-0.0202097352512	0.214542031665	87.7560476347	-23.5075707926	34.2378221871
7	1.19703870143	0.158413252727	0.0285296850845	1.83487759021	-0.256087765743	1.50753427629	0.137290733573	0.0504168249785	-0.0982207757933	0.0554824529175	-0.069772322881	-0.0338264016556	0.0187639171229	0.0234516878707	-0.0225987503746	0.224331825528	0.0492363427509	0.00756636264908	0.244437181228	-0.0370789415304	0.245345446402	86.9774659124	-26.5430798712	31.9373096883
8	1.93742029314	1.5564020608	-0.437664963327	2.87143719446	-0.562211838263	2.03638527681	-0.0442247471747	1.11482901793	-1.00309940859	-0.534426767619	0.278465745368	0.0280375254295	0.365846321207	-0.00704333636206	-0.175970918167	0.457018439587	-0.0276122638295	-0.0528336506314	0.841360039202	-0.439335917793	0.690084832453	58.6823867949	-42.0987698601	17.6107440914
9	3.986743825	0.741434365604	0.150498730357	3.13579543187	0.971500178699	2.57405207661	-0.0527356463505	0.0373408477507	0.413189692882	-0.128794803156	-0.0400188588396	0.179679195493	-0.477263195162	-0.48553119175	0.0439308341493	0.451443025685	0.112084084513	-0.0339986997016	0.389719944631	0.0425112988554	0.374662686827	79.9657016943	-5.79216503185	20.7090223819
10	2.60338902876	-0.0725800506554	-0.424469806505	1.2067621072	-0.726241368535	1.68939920663	-0.0839765939468	0.416839660143	0.224074349271	-0.303960469083	0.055530988809	-0.0245176547689	-0.189955636927	-0.224258771416	0.291817166497	0.307232809758	0.0322152280584	0.00182089029084	0.287987578553	0.0109444113722	0.172957842137	82.9672219909	-12.5239844739	17.4675013487
11	0.840592581062	-0.0738353894353	-9.96176914468E-5	3.11898124421	0.532730677471	3.02724836702	-0.0694442019577	0.981368961414	-0.0180878916605	-0.200907377211	-0.0286962447723	0.864406698642	0.0201945265861	-0.412302052408	0.0325748388603	0.235805884846	-0.0308441981997	-0.0526199646823	0.661367098716	-0.0826189120519	0.40684712309	51.0140798379	-27.8677563764	19.6841836608
12	3.57830445069	0.92895663551	1.73162359823	1.72518723349	0.370370449476	2.83961984376	-0.0755335320277	0.270055578238	-0.151370424104	-0.424445419035	0.030331547608	0.960673961166	0.306905053984	-1.10572341012	0.155467345835	0.49944478116	-0.141263545836	-0.110289333811	0.94837981009	-0.561827988578	0.689592186086	14.8499961397	-12.8703628182	5.0956163045
13	8.23286245786	-1.44446275337	0.176480749816	3.27269898203	-0.753650171058	7.32899829819	-0.613761862217	0.309297984208	0.125278098479	0.00277163879046	0.397422545941	-0.495030154876	0.262877296023	1.13199010211	0.389037543727	0.433455605609	-0.00643410492717	-0.00870980017881	0.518030365294	0.0700410960461	0.47931680032	100.248908177	-7.34441526523	25.4747221841

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'L' and (resid 1 through 107 )	L	A	1 - 107	1 - 107
2	2	chain 'L' and (resid 108 through 214 )	L	A	108 - 214	108 - 214
3	3	chain 'H' and (resid 1 through 124 )	H	F	1 - 124	1 - 124
4	4	chain 'H' and (resid 125 through 220 )	H	F	125 - 220	125 - 217
5	5	chain 'A' and (resid 1 through 18 )	A	G	1 - 18	1 - 18
6	6	chain 'A' and (resid 19 through 61 )	A	G	19 - 61	19 - 61
7	7	chain 'A' and (resid 62 through 107 )	A	G	62 - 107	62 - 107
8	8	chain 'A' and (resid 108 through 214 )	A	G	108 - 214	108 - 214
9	9	chain 'C' and (resid 1 through 33 )	C	I	1 - 33	1 - 33
10	10	chain 'C' and (resid 34 through 124 )	C	I	34 - 124	34 - 124
11	11	chain 'C' and (resid 125 through 220 )	C	I	125 - 220	125 - 215
12	12	chain 'Q' and (resid 37 through 44 )	Q	J	37 - 44	1 - 8
13	13	chain 'B' and (resid 37 through 44 )	B	K	37 - 44	1 - 8

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
抗体 , 2種, 4分子 LAHC

-
タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 653分子 QB

-
糖 , 2種, 2分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-抗体 , 2種, 4分子 LAHC

-タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 653分子 QB

-糖 , 2種, 2分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
抗体 , 2種, 4分子 LAHC

-
タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 653分子 QB

-
糖 , 2種, 2分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)