PDB-8shj: Crystal structure of the WD-repeat domain of human WDR91 in compl...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8shj

タイトル

Crystal structure of the WD-repeat domain of human WDR91 in complex with MR45279

要素

WD repeat-containing protein 91

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / WD-repeat / WDR / WDR91 / SGC / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Structural Genomics Consortium

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphatidylinositol 3-kinase inhibitor activity / phosphatidylinositol 3-kinase regulator activity / early endosome to late endosome transport / regulation of protein catabolic process / CDC42 GTPase cycle / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / late endosome membrane / early endosome membrane / endosome membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.21 Å

データ登録者

Ahmad, H. / Zeng, H. / Dong, A. / Li, Y. / Hutchinson, A. / Seitova, A. / Xu, J. / Feng, J.W. / Brown, P.J. / Ackloo, S. ...

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Discovery of a First-in-Class Small-Molecule Ligand for WDR91 Using DNA-Encoded Chemical Library Selection Followed by Machine Learning.
著者: Ahmad, S. / Xu, J. / Feng, J.A. / Hutchinson, A. / Zeng, H. / Ghiabi, P. / Dong, A. / Centrella, P.A. / Clark, M.A. / Guie, M.A. / Guilinger, J.P. / Keefe, A.D. / Zhang, Y. / Cerruti, T. / ...

履歴

登録	2023年4月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8shj.cif.gz	382.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8shj.ent.gz	309.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8shj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8shj_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8shj_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	8shj_validation.xml.gz	36.6 KB	表示
CIF形式データ	8shj_validation.cif.gz	51.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/8shj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/8shj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6vycC 8t55C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: WD repeat-containing protein 91

B: WD repeat-containing protein 91

C: WD repeat-containing protein 91

ヘテロ分子

120 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: WD repeat-containing protein 91

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: 1
39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: WD repeat-containing protein 91

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: WD repeat-containing protein 91

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
39.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.859, 121.374, 131.804
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	WD repeat-containing protein 91 分子量: 39515.785 Da / 分子数: 3 / 断片: WD repeat domains / 変異: 15-residue deletion within the WD3 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR91, HSPC049 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A4D1P6
#2: 化合物	ChemComp-ZI8 / N-[3-(4-chlorophenyl)oxetan-3-yl]-4-[(3S)-3-hydroxypyrrolidin-1-yl]benzamide 分子量: 372.845 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₁ClN₂O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.56 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 12% (w/v) PEG3350, 0.2 M KCl, 0.1 M MES pH 6.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年9月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.21→50 Å / Num. obs: 62725 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.4 % / CC_1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.099 / R_pim(I) all: 0.039 / R_rim(I) all: 0.106 / Χ²: 0.778 / Net I/σ(I): 5.7 / Num. measured all: 463068

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	CC star	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.21-2.25	7.3	0.992	3080	0.744	0.924	0.391	1.068	0.533	99.5
2.25-2.29	7.5	0.864	3056	0.815	0.948	0.336	0.928	0.534	99.6
2.29-2.33	7.5	0.756	3137	0.877	0.967	0.293	0.811	0.542	99.7
2.33-2.38	7.5	0.681	3047	0.894	0.971	0.265	0.732	0.551	99.7
2.38-2.43	7.3	0.627	3116	0.902	0.974	0.247	0.675	0.547	99.7
2.43-2.49	6.9	0.534	3121	0.924	0.98	0.216	0.577	0.56	99.9
2.49-2.55	6.6	0.421	3052	0.95	0.987	0.175	0.457	0.571	98.7
2.55-2.62	7.7	0.387	3126	0.963	0.99	0.148	0.415	0.587	100
2.62-2.7	7.9	0.317	3104	0.979	0.995	0.12	0.339	0.615	100
2.7-2.78	7.9	0.254	3122	0.986	0.996	0.096	0.272	0.64	100
2.78-2.88	7.8	0.208	3139	0.99	0.998	0.079	0.222	0.678	100
2.88-3	7.7	0.172	3124	0.992	0.998	0.066	0.185	0.707	99.9
3-3.14	7.6	0.13	3126	0.996	0.999	0.05	0.139	0.768	99.8
3.14-3.3	7.4	0.1	3114	0.996	0.999	0.039	0.108	0.828	99.6
3.3-3.51	7.1	0.076	3169	0.998	0.999	0.03	0.082	0.958	99.7
3.51-3.78	6.6	0.065	3106	0.998	1	0.027	0.07	1.015	98.9
3.78-4.16	7.8	0.055	3175	0.999	1	0.021	0.059	1.066	99.9
4.16-4.76	7.6	0.045	3196	0.999	1	0.017	0.048	1.241	99.9
4.76-6	7.4	0.041	3241	0.999	1	0.016	0.044	1.196	100
6-50	6.8	0.042	3374	0.999	1	0.017	0.046	1.397	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.21→46.25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU R Cruickshank DPI: 0.224 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.225 / SU R_free Blow DPI: 0.195 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.196

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.257	1224	1.95 %	RANDOM
R_work	0.211	-	-	-
obs	0.212	62656	99.4 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.54 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.492 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.2548 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.7468 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.31 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.21→46.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7168	0	78	263	7509

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	7472	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.13	10168	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		2466	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1315	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		7472	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.52
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	17.62
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		988	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		8152	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.21→2.22 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3136	-	1.44 %
R_work	0.2179	1236	-
obs	-	-	86.92 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0478	-0.0292	-0.1707	1.5253	-0.2172	0.9445	-0.1007	-0.0511	0.1648	-0.0583	0.1034	-0.0284	0.1149	0.0851	-0.0027	-0.0279	0.0144	-0.0303	0.0002	-0.0382	-0.0942	81.8347	37.5365	11.9616
2	2.186	0.3271	0.5421	1.8259	-0.2959	1.1504	-0.093	0.0204	-0.1193	0.1178	0.1223	-0.0169	-0.203	0.0995	-0.0293	-0.0576	0.005	0.0105	-0.0491	-0.0445	-0.1258	81.6779	22.9099	53.84
3	5.4778	-0.7103	1.355	1.1985	-0.6377	2.54	0.1161	-0.1216	-0.613	0.0971	-0.0029	0.1929	0.0223	-0.3714	-0.1132	-0.241	0.0282	-0.0008	-0.0134	-0.0147	-0.1906	46.3205	20.4249	28.3015

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|394 - A\|729 }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|394 - B\|729 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|395 - C\|728 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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