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- PDB-8shb: Crystal Structure of PRMT3 with Compound YD1-208 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8shb
タイトルCrystal Structure of PRMT3 with Compound YD1-208
要素Protein arginine N-methyltransferase 3
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / PRMT3 / YD1-208 / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Structural Genomics Consortium / SGC / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of retinoic acid biosynthetic process / protein-arginine omega-N monomethyltransferase activity / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / histone H4R3 methyltransferase activity / protein-arginine N-methyltransferase activity / histone methyltransferase activity / positive regulation of osteoblast differentiation / Protein methylation / negative regulation of protein ubiquitination ...negative regulation of retinoic acid biosynthetic process / protein-arginine omega-N monomethyltransferase activity / type I protein arginine methyltransferase / protein-arginine omega-N asymmetric methyltransferase activity / histone H4R3 methyltransferase activity / protein-arginine N-methyltransferase activity / histone methyltransferase activity / positive regulation of osteoblast differentiation / Protein methylation / negative regulation of protein ubiquitination / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / methyltransferase activity / RMTs methylate histone arginines / ribosome binding / methylation / chromatin remodeling / regulation of DNA-templated transcription / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Protein arginine N-methyltransferase 3, C2H2 zinc finger domain / Protein arginine N-methyltransferase 3, C2H2 zinc finger / Ribosomal protein L11 methyltransferase (PrmA) / : / Arginine methyltransferase oligomerization subdomain / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily ...: / : / Protein arginine N-methyltransferase 3, C2H2 zinc finger domain / Protein arginine N-methyltransferase 3, C2H2 zinc finger / Ribosomal protein L11 methyltransferase (PrmA) / : / Arginine methyltransferase oligomerization subdomain / Protein arginine N-methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase PRMT-type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Protein arginine N-methyltransferase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Song, X. / Dong, A. / Deng, Y. / Huang, R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Other private カナダ
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal Structure of PRMT3 with Compound YD1-208
著者: Song, X. / Dong, A. / Deng, Y. / Huang, R. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Min, J. / Structural Genomics Consortium (SGC)
履歴
登録2023年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein arginine N-methyltransferase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7402
ポリマ－38,2821
非ポリマー4591
水1,54986
1
A: Protein arginine N-methyltransferase 3
ヘテロ分子

A: Protein arginine N-methyltransferase 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,4814
ポリマ－76,5642
非ポリマー9172
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area3350 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area24910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.140, 70.140, 172.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
詳細This construct only comprises the methyltransferase domain of Protein arginine N-methyltransferase 3. The authors do not know the quaternary structure of this domain in isolation. However, the software PISA predicts it to be a dimer.

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要素

#1: タンパク質 Protein arginine N-methyltransferase 3 / Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein methyltransferase-like protein 3


分子量: 38281.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRMT3, HRMT1L3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O60678, type I protein arginine methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-GV3 / 5'-S-[3-(N'-phenylcarbamimidamido)propyl]-5'-thioadenosine


分子量: 458.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H26N8O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.58 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG3350, 0.3 M Sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→50 Å / Num. obs: 25025 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 14.4 % / CC1/2: 0.992 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.136 / Χ2: 1.6 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 360421
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2CC starRpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.08-2.1214.30.94912390.8060.9450.2480.9830.70995.7
2.12-2.1514.70.83812440.8680.9640.2180.8670.72697.1
2.15-2.215.20.73112560.9080.9760.1890.7560.73897.7
2.2-2.2415.10.65912630.9230.980.1710.6820.80197.9
2.24-2.2914.60.57912300.9280.9810.150.5990.83395.6
2.29-2.34170.49612700.9560.9890.1220.5110.8598.3
2.34-2.417.90.42812870.9680.9920.1040.4410.89298.8
2.4-2.4717.90.37612660.9780.9940.0910.3870.93398.7
2.47-2.5417.60.33112800.9760.9940.0810.3411.05298.7
2.54-2.62170.28312590.9810.9950.0710.2921.22198.8
2.62-2.7116.50.23512950.9860.9960.060.2431.43398.9
2.71-2.8215.80.20112930.9880.9970.0520.2081.62798.3
2.82-2.95150.17712720.9860.9960.0480.1841.91797.5
2.95-3.1113.90.15212730.9890.9970.0430.1582.31396.8
3.11-3.311.30.13112150.9910.9980.0410.1383.02791.1
3.3-3.56120.10511990.9930.9980.0320.113.48491.6
3.56-3.9110.80.08511780.9940.9980.0280.093.70987.8
3.91-4.489.40.07111220.9960.9990.0250.0753.87582.9
4.48-5.649.50.05911720.9950.9990.0210.0633.39784.9
5.64-5011.20.04714120.99810.0150.052.68193.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.09→49.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 4.543 / SU ML: 0.118 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.164 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23776 979 3.9 %RANDOM
Rwork0.20525 ---
obs0.20652 24023 94.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.853 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.88 Å20 Å20 Å2
2---0.88 Å20 Å2
3---1.76 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.09→49.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2344 0 32 86 2462
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0132439
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172263
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4391.6333306
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2811.5875243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3815302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.57723.431102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.29615420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.145157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2335
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022774
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02495
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7594.1431211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7494.1381210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8056.1941512
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.8066.1991513
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1274.451228
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1254.451229
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.6156.5431795
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.82348.2152606
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.82448.1662593
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.09→2.143 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 67 -
Rwork0.276 1644 -
obs--89.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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