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万見
- PDB-8sha: CCT-G beta 5 complex closed state 4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sha
タイトルCCT-G beta 5 complex closed state 4
要素
  • (T-complex protein 1 subunit ...) x 8
  • Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-5
  • Phosducin-like protein
キーワードCHAPERONE / CCT / Gb5 / complex / open
機能・相同性
機能・相同性情報


heterotrimeric G-protein complex assembly / GTPase activator complex / light adaption / dark adaptation / G-protein gamma-subunit binding / negative regulation of voltage-gated calcium channel activity / zona pellucida receptor complex / scaRNA localization to Cajal body / chaperone mediated protein folding independent of cofactor / positive regulation of establishment of protein localization to telomere ...heterotrimeric G-protein complex assembly / GTPase activator complex / light adaption / dark adaptation / G-protein gamma-subunit binding / negative regulation of voltage-gated calcium channel activity / zona pellucida receptor complex / scaRNA localization to Cajal body / chaperone mediated protein folding independent of cofactor / positive regulation of establishment of protein localization to telomere / positive regulation of protein localization to Cajal body / tubulin complex assembly / BBSome-mediated cargo-targeting to cilium / chaperonin-containing T-complex / binding of sperm to zona pellucida / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / Folding of actin by CCT/TriC / Formation of tubulin folding intermediates by CCT/TriC / cell projection organization / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / positive regulation of smoothened signaling pathway / RHOBTB1 GTPase cycle / intermediate filament cytoskeleton / WD40-repeat domain binding / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / pericentriolar material / beta-tubulin binding / : / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / chaperone-mediated protein complex assembly / RHOBTB2 GTPase cycle / heterochromatin / chaperone-mediated protein folding / protein folding chaperone / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / visual perception / GTPase activator activity / acrosomal vesicle / positive regulation of GTPase activity / cell projection / mRNA 3'-UTR binding / ATP-dependent protein folding chaperone / response to virus / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / cilium / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / mRNA 5'-UTR binding / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / azurophil granule lumen / GPER1 signaling / G-protein beta-subunit binding / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / heterotrimeric G-protein complex / unfolded protein binding / G alpha (12/13) signalling events / melanosome / protein folding / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / presynapse / protein-folding chaperone binding / Ca2+ pathway / cell body / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / microtubule / Extra-nuclear estrogen signaling / cytoskeleton / protein stabilization / cadherin binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activity / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / Golgi apparatus / signal transduction / ATP hydrolysis activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Phosducin / Phosducin, N-terminal domain superfamily / : / Phosducin, thioredoxin-like domain / Phosducin / T-complex protein 1, alpha subunit / T-complex protein 1, eta subunit / T-complex protein 1, theta subunit / T-complex protein 1, zeta subunit / T-complex protein 1, delta subunit ...Phosducin / Phosducin, N-terminal domain superfamily / : / Phosducin, thioredoxin-like domain / Phosducin / T-complex protein 1, alpha subunit / T-complex protein 1, eta subunit / T-complex protein 1, theta subunit / T-complex protein 1, zeta subunit / T-complex protein 1, delta subunit / T-complex protein 1, gamma subunit / T-complex protein 1, epsilon subunit / T-complex protein 1, beta subunit / Chaperonins TCP-1 signature 1. / : / Chaperonins TCP-1 signature 2. / Chaperonin TCP-1, conserved site / Chaperonins TCP-1 signature 3. / Chaperone tailless complex polypeptide 1 (TCP-1) / GroEL-like equatorial domain superfamily / TCP-1-like chaperonin intermediate domain superfamily / GroEL-like apical domain superfamily / TCP-1/cpn60 chaperonin family / Chaperonin Cpn60/GroEL/TCP-1 family / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / Thioredoxin-like superfamily / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ALUMINUM FLUORIDE / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-5 / T-complex protein 1 subunit alpha / T-complex protein 1 subunit zeta / T-complex protein 1 subunit epsilon / T-complex protein 1 subunit gamma / T-complex protein 1 subunit theta / T-complex protein 1 subunit delta / T-complex protein 1 subunit beta ...ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ALUMINUM FLUORIDE / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-5 / T-complex protein 1 subunit alpha / T-complex protein 1 subunit zeta / T-complex protein 1 subunit epsilon / T-complex protein 1 subunit gamma / T-complex protein 1 subunit theta / T-complex protein 1 subunit delta / T-complex protein 1 subunit beta / Phosducin-like protein / T-complex protein 1 subunit eta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Wang, S. / Sass, M. / Willardson, B.M. / Shen, P.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)R01 EY012287 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: Visualizing the chaperone-mediated folding trajectory of the G protein β5 β-propeller.
著者: Shuxin Wang / Mikaila I Sass / Yujin Kwon / W Grant Ludlam / Theresa M Smith / Ethan J Carter / Nathan E Gladden / Margot Riggi / Janet H Iwasa / Barry M Willardson / Peter S Shen /
要旨: The Chaperonin Containing Tailless polypeptide 1 (CCT) complex is an essential protein folding machine with a diverse clientele of substrates, including many proteins with β-propeller domains. Here, ...The Chaperonin Containing Tailless polypeptide 1 (CCT) complex is an essential protein folding machine with a diverse clientele of substrates, including many proteins with β-propeller domains. Here, we determine the structures of human CCT in complex with its accessory co-chaperone, phosducin-like protein 1 (PhLP1), in the process of folding Gβ, a component of Regulator of G protein Signaling (RGS) complexes. Cryoelectron microscopy (cryo-EM) and image processing reveal an ensemble of distinct snapshots that represent the folding trajectory of Gβ from an unfolded molten globule to a fully folded β-propeller. These structures reveal the mechanism by which CCT directs Gβ folding through initiating specific intermolecular contacts that facilitate the sequential folding of individual β sheets until the propeller closes into its native structure. This work directly visualizes chaperone-mediated protein folding and establishes that CCT orchestrates folding by stabilizing intermediates through interactions with surface residues that permit the hydrophobic core to coalesce into its folded state.
履歴
登録2023年4月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
N: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-5
A: T-complex protein 1 subunit alpha
B: T-complex protein 1 subunit beta
D: T-complex protein 1 subunit delta
E: T-complex protein 1 subunit epsilon
G: T-complex protein 1 subunit gamma
H: T-complex protein 1 subunit eta, N-terminally processed
Q: T-complex protein 1 subunit theta
Z: T-complex protein 1 subunit zeta
a: T-complex protein 1 subunit alpha
b: T-complex protein 1 subunit beta
d: T-complex protein 1 subunit delta
e: T-complex protein 1 subunit epsilon
g: T-complex protein 1 subunit gamma
h: T-complex protein 1 subunit eta, N-terminally processed
q: T-complex protein 1 subunit theta
z: T-complex protein 1 subunit zeta
P: Phosducin-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,013,54966
ポリマ－1,004,98118
非ポリマー8,56848
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 NP

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-5 / Gbeta5 / Transducin beta chain 5


分子量: 43619.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T / 組織: Kidney / 参照: UniProt: O14775
#10: タンパク質 Phosducin-like protein / PHLP


分子量: 34322.527 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T / 組織: Kidney / 参照: UniProt: Q13371

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T-complex protein 1 subunit ... , 8種, 16分子 AaBbDdEeGgHhQqZz

#2: タンパク質 T-complex protein 1 subunit alpha / TCP-1-alpha / CCT-alpha


分子量: 58243.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T / 組織: Kidney / 参照: UniProt: P17987
#3: タンパク質 T-complex protein 1 subunit beta / TCP-1-beta / CCT-beta


分子量: 56490.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T / 組織: Kidney / 参照: UniProt: P78371
#4: タンパク質 T-complex protein 1 subunit delta / TCP-1-delta / CCT-delta / Stimulator of TAR RNA-binding


分子量: 56242.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T / 組織: Kidney / 参照: UniProt: P50991
#5: タンパク質 T-complex protein 1 subunit epsilon / TCP-1-epsilon / CCT-epsilon


分子量: 59618.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T / 組織: Kidney / 参照: UniProt: P48643
#6: タンパク質 T-complex protein 1 subunit gamma / TCP-1-gamma / CCT-gamma / hTRiC5


分子量: 58837.996 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T / 組織: Kidney / 参照: UniProt: P49368
#7: タンパク質 T-complex protein 1 subunit eta, N-terminally processed


分子量: 57939.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T / 組織: Kidney / 参照: UniProt: Q99832
#8: タンパク質 T-complex protein 1 subunit theta / TCP-1-theta / CCT-theta / Chaperonin containing T-complex polypeptide 1 subunit 8 / Renal carcinoma ...TCP-1-theta / CCT-theta / Chaperonin containing T-complex polypeptide 1 subunit 8 / Renal carcinoma antigen NY-REN-15


分子量: 58427.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T / 組織: Kidney / 参照: UniProt: P50990
#9: タンパク質 T-complex protein 1 subunit zeta / TCP-1-zeta / Acute morphine dependence-related protein 2 / CCT-zeta-1 / HTR3 / Tcp20


分子量: 57719.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293T / 組織: Kidney / 参照: UniProt: P40227

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非ポリマー , 4種, 67分子

#11: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#12: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#13: 化合物
ChemComp-AF3 / ALUMINUM FLUORIDE / トリフルオロアルミニウム


分子量: 83.977 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF3
#14: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CCT-Gb5-PhLP1 in closed state 4 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#10 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Kidney / 組織: Kidney
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK 293T
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMsodium chlorideNaCl1
220 mMN-2-hydroxyethylpiperazine-N'-2-ethanesulfonic acidHEPES1
310 %3-[(3-cholamidopropyl)dimethylammonio]-1-propanesulfonateCHAPS1
410 mMD-desthiobiotinD-desthiobiotin1
51 mMTris Carboxy Ethyl PhospheneTCEP1
65 mMmagnesium chlorideMgCl21
試料濃度: 1.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: The sample was monodisperse
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 40.42 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.2_4158: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
10cryoSPARC4.2.1初期オイラー角割当
11cryoSPARC4.2.1最終オイラー角割当
13cryoSPARC4.2.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 29630 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00567915
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.58191690
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.7129422
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04310920
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00311702

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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