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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8sh7 | ||||||||||||
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タイトル | TUBB4B and TUBA1A Heterodimer from Human Respiratory Doublet Microtubules | ||||||||||||
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![]() | STRUCTURAL PROTEIN / Cilia / Axoneme / Microtubule | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() Post-chaperonin tubulin folding pathway / axonemal microtubule / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / organelle transport along microtubule / glial cell differentiation / forebrain morphogenesis / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / neuron projection arborization ...Post-chaperonin tubulin folding pathway / axonemal microtubule / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / organelle transport along microtubule / glial cell differentiation / forebrain morphogenesis / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / neuron projection arborization / Intraflagellar transport / cytoskeleton-dependent intracellular transport / cerebellar cortex morphogenesis / Formation of tubulin folding intermediates by CCT/TriC / Gap junction assembly / dentate gyrus development / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / natural killer cell mediated cytotoxicity / pyramidal neuron differentiation / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / Kinesins / centrosome cycle / motor behavior / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / response to L-glutamate / smoothened signaling pathway / intercellular bridge / regulation of synapse organization / startle response / MHC class I protein binding / locomotory exploration behavior / Recycling pathway of L1 / microtubule polymerization / microtubule-based process / RHO GTPases activate IQGAPs / response to tumor necrosis factor / Hedgehog 'off' state / COPI-mediated anterograde transport / Activation of AMPK downstream of NMDARs / response to mechanical stimulus / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / condensed chromosome / homeostasis of number of cells within a tissue / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / cellular response to calcium ion / MHC class II antigen presentation / AURKA Activation by TPX2 / adult locomotory behavior / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / RHO GTPases Activate Formins / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / synapse organization / intracellular protein transport / neuron migration / visual learning / PKR-mediated signaling / neuromuscular junction / recycling endosome / structural constituent of cytoskeleton / mitotic spindle / cerebral cortex development / memory / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / Aggrephagy / microtubule cytoskeleton organization / HCMV Early Events / Separation of Sister Chromatids / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / microtubule cytoskeleton / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / azurophil granule lumen / double-stranded RNA binding / extracellular vesicle / unfolded protein binding / mitotic cell cycle / gene expression / neuron apoptotic process / microtubule / cytoskeleton / hydrolase activity / protein heterodimerization activity / cell division / GTPase activity / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / GTP binding / structural molecule activity / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | ||||||||||||
![]() | Anderson, J.R. / Gui, M. / Brown, A. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: TUBB4B variants specifically impact ciliary function, causing a ciliopathic spectrum 著者: Anderson, J.R. / Gui, M. / Brown, A. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 178.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 139 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 47 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 68.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 40480MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50188.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 49877.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
#3: 化合物 | ChemComp-GTP / |
#4: 化合物 | ChemComp-MG / |
#5: 化合物 | ChemComp-GDP / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: TUBB4B and TUBA1A Heterodimer from Human Respiratory Doublet Microtubules タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.0996 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: ![]() |
緩衝液 | pH: 7.3 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 64000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
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解析
ソフトウェア | 名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.5/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: Linux / タイプ: package | |||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 208558 / 対称性のタイプ: POINT |