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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8sh7 | ||||||||||||
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タイトル | TUBB4B and TUBA1A Heterodimer from Human Respiratory Doublet Microtubules | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Cilia (繊毛) / Axoneme / Microtubule (微小管) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Post-chaperonin tubulin folding pathway / axonemal microtubule / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / organelle transport along microtubule / glial cell differentiation / forebrain morphogenesis / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Intraflagellar transport ...Post-chaperonin tubulin folding pathway / axonemal microtubule / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Cilium Assembly / organelle transport along microtubule / glial cell differentiation / forebrain morphogenesis / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Intraflagellar transport / neuron projection arborization / cytoskeleton-dependent intracellular transport / cerebellar cortex morphogenesis / Formation of tubulin folding intermediates by CCT/TriC / Gap junction assembly / dentate gyrus development / COPI-independent Golgi-to-ER retrograde traffic / pyramidal neuron differentiation / natural killer cell mediated cytotoxicity / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / Assembly and cell surface presentation of NMDA receptors / Kinesins / centrosome cycle / motor behavior / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / response to L-glutamate / smoothened signaling pathway / 細胞結合 / regulation of synapse organization / startle response / locomotory exploration behavior / 微小管 / Recycling pathway of L1 / MHC class I protein binding / RHO GTPases activate IQGAPs / microtubule-based process / Hedgehog 'off' state / response to tumor necrosis factor / COPI-mediated anterograde transport / Activation of AMPK downstream of NMDARs / response to mechanical stimulus / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / condensed chromosome / homeostasis of number of cells within a tissue / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / cellular response to calcium ion / MHC class II antigen presentation / AURKA Activation by TPX2 / adult locomotory behavior / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / RHO GTPases Activate Formins / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / synapse organization / intracellular protein transport / neuron migration / visual learning / PKR-mediated signaling / neuromuscular junction / recycling endosome / structural constituent of cytoskeleton / 紡錘体 / cerebral cortex development / 記憶 / microtubule cytoskeleton organization / Aggrephagy / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / HCMV Early Events / Separation of Sister Chromatids / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / microtubule cytoskeleton / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / azurophil granule lumen / double-stranded RNA binding / extracellular vesicle / unfolded protein binding / mitotic cell cycle / 遺伝子発現 / neuron apoptotic process / 微小管 / 細胞骨格 / hydrolase activity / protein heterodimerization activity / 細胞分裂 / GTPase activity / Neutrophil degranulation / protein-containing complex binding / GTP binding / structural molecule activity / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / metal ion binding / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Anderson, J.R. / Gui, M. / Brown, A. | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: TUBB4B variants specifically impact ciliary function, causing a ciliopathic spectrum 著者: Anderson, J.R. / Gui, M. / Brown, A. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8sh7.cif.gz | 178.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8sh7.ent.gz | 139 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8sh7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/8sh7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sh/8sh7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 40480MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50188.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Respiratory epithelial cells / 参照: UniProt: Q71U36 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 49877.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: Respiratory epithelial cells / 参照: UniProt: P68371 |
#3: 化合物 | ChemComp-GTP / |
#4: 化合物 | ChemComp-MG / |
#5: 化合物 | ChemComp-GDP / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: TUBB4B and TUBA1A Heterodimer from Human Respiratory Doublet Microtubules タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 0.0996 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.3 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 64000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.5/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: Linux / タイプ: package | |||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | |||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 208558 / 対称性のタイプ: POINT |