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- PDB-8sgd: Crystal Structure of CDC3(G) - CDC10(Delta 1-10) heterocomplex fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8sgd
タイトルCrystal Structure of CDC3(G) - CDC10(Delta 1-10) heterocomplex from Saccharomyces cerevisiae
要素
  • CDC10 isoform 1
  • CDC3 isoform 1
キーワードCELL CYCLE / Septin
機能・相同性
機能・相同性情報


cell cycle / septin complex / cellular bud neck / GTP binding
類似検索 - 分子機能
Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Septin / Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Septin / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / CDC10 isoform 1 / CDC3 isoform 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.66 Å
データ登録者Saladino, G.C.R. / Leonardo, D.A. / Pereira, H.M. / Garratt, R.C.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号国
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2020/02897-1 ブラジル
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2023
タイトル: A key piece of the puzzle: The central tetramer of the Saccharomyces cerevisiae septin protofilament and its implications for self-assembly.
著者: Marques da Silva, R. / Christe Dos Reis Saladino, G. / Antonio Leonardo, D. / D'Muniz Pereira, H. / Andrea Sculaccio, S. / Paula Ulian Araujo, A. / Charles Garratt, R.
履歴
登録2023年4月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年6月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CDC10 isoform 1
B: CDC3 isoform 1
C: CDC10 isoform 1
D: CDC3 isoform 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,02323
ポリマ－143,7434
非ポリマー2,28019
水2,846158
1
A: CDC10 isoform 1
B: CDC3 isoform 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,00011
ポリマ－71,8722
非ポリマー1,1299
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6630 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area25020 Å2
手法PISA
2
C: CDC10 isoform 1
D: CDC3 isoform 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,02312
ポリマ－71,8722
非ポリマー1,15210
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6420 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area25170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.277, 154.271, 156.264
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 CDC10 isoform 1


分子量: 36175.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CDC10 / プラスミド: pET-Duet / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8H4BSX4
#2: タンパク質 CDC3 isoform 1


分子量: 35695.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CDC3 / プラスミド: pET-Duet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: A0A8H4BZN9

-
非ポリマー , 5種, 177分子

#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C10H16N5O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 27% polyethylene glycol 3,350, 100 mM BIS-TRIS pH 6,5 and 270 mM sodium iodide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS SIRIUS / ビームライン: MANACA / 波長: 0.97718 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年3月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97718 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→50 Å / Num. obs: 40940 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 10.03 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.421 / Rrim(I) all: 0.438 / Net I/σ(I): 8.23
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) allDiffraction-ID% possible all
2.66-2.822.90164350.4713.018198.5
2.82-3.021.98261320.6782.0671
3.02-3.261.29957230.8411.3531
3.26-3.570.81852680.9590.8491
3.57-3.990.5448200.9820.5611
3.99-4.60.33843020.9910.3521
4.6-5.620.2336150.990.2421
5.62-7.90.17529030.9930.1821
7.9-500.06817420.9980.0711

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20.1_4487: ???)精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.66→49.35 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2554 2047 5 %
Rwork0.206 --
obs0.2085 40926 99.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.66→49.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8800 0 135 158 9093
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0029089
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.50212309
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.923422
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0421388
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041564
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.66-2.720.37981320.31142507X-RAY DIFFRACTION98
2.72-2.790.34751330.29432529X-RAY DIFFRACTION98
2.79-2.870.29131340.28012551X-RAY DIFFRACTION100
2.87-2.950.36181350.27982562X-RAY DIFFRACTION98
2.95-3.050.36231350.27182566X-RAY DIFFRACTION100
3.05-3.160.33751330.26962533X-RAY DIFFRACTION99
3.16-3.280.35121360.24472582X-RAY DIFFRACTION99
3.28-3.430.28971360.21622584X-RAY DIFFRACTION99
3.43-3.610.24781370.20112591X-RAY DIFFRACTION100
3.61-3.840.24931360.18622586X-RAY DIFFRACTION99
3.84-4.140.22071370.16492602X-RAY DIFFRACTION100
4.14-4.550.16491370.14672608X-RAY DIFFRACTION99
4.55-5.210.2031390.15392641X-RAY DIFFRACTION100
5.21-6.560.25321390.21222630X-RAY DIFFRACTION98
6.56-49.350.23331480.20262807X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.90280.41421.42632.98821.06792.0019-0.34770.35430.2365-0.2229-0.4507-0.1116-0.16780.79010.72360.5969-0.049-0.07640.65750.06080.45936.629621.0369-23.1838
21.94010.21151.01781.70090.847.61220.0606-0.15110.18580.14910.1078-0.24630.1207-0.55490.11970.340.0551-0.05360.31830.01160.40959.441423.16148.9129
32.1370.7086-1.09981.0564-0.96823.95960.55010.13050.30170.35740.26310.1497-0.431-0.2268-0.64660.68990.0183-0.02940.5764-0.0610.40816.605430.168618.5383
41.5190.1150.0391.3149-0.59082.37480.0058-0.0960.136-0.01-0.05540.179-0.1179-0.26510.05380.48020.045-0.05550.4504-0.04040.4798-0.769823.93148.2944
51.35740.34660.30710.6672-0.80061.8575-0.0068-0.1427-0.1441-0.27430.05090.10360.107-0.3277-0.04780.4605-0.0152-0.07920.4009-0.06020.36873.061215.245110.0314
63.72824.4742-0.57175.471-0.08922.13620.173-0.1185-0.88360.4975-0.2612-0.3870.45610.3631-0.04970.54980.1123-0.06280.4295-0.05860.537115.052.817117.0019
74.8952-1.302-1.91162.9086-1.03234.6133-0.03410.8263-0.7144-0.3421-0.3942-0.08260.0893-0.21810.39150.528-0.0718-0.02180.4758-0.09570.48089.77923.2717-0.2134
81.3201-1.56032.16458.26491.56746.29690.07350.70630.1503-0.0792-0.0395-0.9215-0.70350.0068-0.07170.3607-0.01030.01560.4984-0.02040.388227.052423.453910.4282
94.1314-0.92131.54960.8244-0.19312.2610.72850.4595-0.42760.0831-0.3125-0.07170.22590.1793-0.36170.53180.0012-0.0270.34970.02980.35669.98315.05263.3689
104.944-0.6117-0.54652.1861-0.63792.7179-0.3886-0.54150.11430.00490.0899-0.30740.14180.02740.29740.51770.012-0.1320.47620.02620.420720.04597.911341.2872
111.31150.00740.47763.019-1.2496.5796-0.0319-0.2979-0.08140.1936-0.3356-0.48690.20480.34950.25410.4631-0.0416-0.09170.46390.04840.571512.66289.991347.2235
121.0236-0.0417-1.16170.20320.57253.92740.0249-0.23310.12370.1236-0.0571-0.1372-0.27930.42740.01840.4291-0.018-0.10250.35960.00190.398321.537620.682241.0633
130.64370.1208-0.95280.3057-0.04413.22840.15460.06230.13210.05320.0572-0.0007-0.37450.0973-0.21380.43160.00840.07270.3720.01390.4189-20.2951-12.192546.5683
141.8436-0.1090.26810.83290.38024.7012-0.0796-0.0925-0.11670.1570.07620.07320.642-0.4152-0.01010.4502-0.04770.08460.43370.06480.4253-24.0334-25.199839.3931
153.5121.1408-0.32142.1888-0.23821.2470.1241-0.1147-0.21320.217-0.09010.34430.528-0.3403-0.06360.4599-0.08690.05970.4885-0.01290.4555-8.4914-28.97899.1328
164.2696-0.03891.26986.50314.33983.3302-0.0656-0.2345-0.2838-0.043-0.46150.70940.4589-0.48670.43930.4186-0.0610.04320.4792-0.06490.4852-3.9122-27.8649.0681
175.5371-0.2423-3.88861.9146-1.24188.2061-0.2951-0.6405-0.02660.0557-0.3625-0.12480.12971.19920.55060.418-0.07970.050.52510.09930.49417.5728-20.4779.373
184.28470.465-1.22541.2843-0.12942.11420.05320.4150.1407-0.20790.0735-0.07160.0505-0.2366-0.13470.42630.00330.0420.40620.03570.3458-12.3839-16.70859.6657
198.481.1149-1.93971.23750.14173.44430.01871.1281-0.0226-0.24770.08970.02430.4261-0.2207-0.10710.49570.04160.02780.47830.01550.3513-6.4385-16.5487-0.2789
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 12 through 29 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 30 through 52 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 53 through 75 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 76 through 129 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 130 through 185 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 186 through 203 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 204 through 229 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 230 through 252 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 253 through 302 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 118 through 182 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 183 through 237 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 238 through 409 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 12 through 158 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 159 through 302 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 118 through 182 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 183 through 215 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 216 through 235 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 236 through 368 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 369 through 412 )

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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