PDB-8sfy: Crystal structure of TuUGT202A2 (Tetur22g00270) in complex with U...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8sfy

タイトル

Crystal structure of TuUGT202A2 (Tetur22g00270) in complex with UDP-glucose

要素

UDP-glycosyltransferase 202A2

キーワード

TRANSFERASE / glycosylation / xenobiotic detoxification

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-glycosyltransferase activity / nucleotide binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Tetranychus urticae (なみはだに)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Arriaza, R.H. / Daneshian, L. / Dermauw, W. / Wybouw, N. / Van Leeuwen, T. / Chruszcz, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of TuUGT202A2 (Tetur22g00270) in complex with UDP-glucose
著者: Arriaza, R.H. / Daneshian, L. / Dermauw, W. / Wybouw, N. / Van Leeuwen, T. / Chruszcz, M.

履歴

登録	2023年4月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8sfy.cif.gz	171.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8sfy.ent.gz	129.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8sfy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/8sfy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/sf/8sfy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: UDP-glycosyltransferase 202A2

ヘテロ分子

49.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.231, 77.231, 164.197
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-748- HOH
2	1	A-755- HOH

#1: タンパク質	UDP-glycosyltransferase 202A2 分子量: 48950.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Tetranychus urticae (なみはだに) 遺伝子: 107367435, UGT202A2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: T1KUK4
#2: 化合物	ChemComp-UPG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE GLUCOPYRANOSYL-MONOPHOSPHATE ESTER / UDP-グルコ-ス分子量: 566.302 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₄N₂O₁₇P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 5% Tacsimate pH 7, 0.1 M HEPES pH 7, 10% PEG 5000. Protein soaked in UDP-glucose

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→40 Å / Num. obs: 20661 / % possible obs: 95.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / R_pim(I) all: 0.046 / R_rim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 18.6
反射シェル	解像度: 2.35→2.39 Å / 冗長度: 5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 1016 / R_pim(I) all: 0.319 / R_rim(I) all: 0.749 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
SERGUI		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.35→38.688 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.918 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.883 / SU B: 16.284 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.425 / ESU R Free: 0.277 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2688	1047	5.096 %
R_work	0.2178	19497	-
all	0.22	-	-
obs	-	20544	95.651 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.852 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.703 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.703 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.405 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→38.688 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3323	0	36	157	3516

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	3439
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3326
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.453	1.639	4660
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.261	1.577	7707
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.996	5	420
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.464	23.248	157
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.753	15	608
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.736	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.069	0.2	447
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3785
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	723
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	690
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	2985
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	1652
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	1497
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.149	0.2	143
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.024	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.253	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.234	0.2	54
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.096	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.334	2.681	1686
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.331	2.679	1685
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.236	4.012	2104
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.236	4.014	2105
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.519	2.892	1753
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.518	2.893	1754
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.567	4.244	2556
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.566	4.245	2557
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.357	31.412	3757
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.337	31.353	3743

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.411	0.31	96	0.249	1426	X-RAY DIFFRACTION	98.3204
2.411-2.477	0.285	76	0.235	1396	X-RAY DIFFRACTION	98.1333
2.477-2.548	0.295	67	0.228	1369	X-RAY DIFFRACTION	98.0874
2.548-2.626	0.305	54	0.26	1355	X-RAY DIFFRACTION	97.8472
2.626-2.712	0.33	76	0.304	1254	X-RAY DIFFRACTION	96.5167
2.712-2.807	0.252	66	0.21	1231	X-RAY DIFFRACTION	96.791
2.807-2.912	0.236	58	0.196	1210	X-RAY DIFFRACTION	97.6135
2.912-3.03	0.255	75	0.206	1150	X-RAY DIFFRACTION	96.4567
3.03-3.164	0.272	53	0.208	1108	X-RAY DIFFRACTION	97.0736
3.164-3.318	0.242	52	0.214	1062	X-RAY DIFFRACTION	95.7868
3.318-3.496	0.303	54	0.243	993	X-RAY DIFFRACTION	94.1547
3.496-3.706	0.456	50	0.4	741	X-RAY DIFFRACTION	75.7663
3.706-3.96	0.315	32	0.245	815	X-RAY DIFFRACTION	85.3831
3.96-4.274	0.214	44	0.161	834	X-RAY DIFFRACTION	93.9037
4.274-4.676	0.235	44	0.147	789	X-RAY DIFFRACTION	96.6357
4.676-5.219	0.175	43	0.159	736	X-RAY DIFFRACTION	98.7326
5.219-6.009	0.253	37	0.192	670	X-RAY DIFFRACTION	99.7179
6.009-7.319	0.251	34	0.174	577	X-RAY DIFFRACTION	99.8366
7.319-10.181	0.076	17	0.128	479	X-RAY DIFFRACTION	100
10.181-38.688	0.248	19	0.246	302	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.826	-0.4164	-0.3992	1.1688	0.263	0.7952	0.0113	-0.0552	-0.005	-0.0461	0.0077	-0.0472	-0.0461	0.0309	-0.019	0.1347	-0.0074	0.0075	0.0586	-0.0115	0.0062	-13.304	7.439	19.725
2	1.7886	0.4033	-0.3599	1.8226	-0.2235	0.6802	-0.0137	0.1526	-0.0953	-0.2447	-0.0481	0.3325	-0.0035	-0.1998	0.0618	0.1722	0.0033	-0.048	0.0826	-0.0498	0.087	-34.882	8.467	13.629

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	11 - 258
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	A	259 - 437

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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